一、分子标记辅助选择在植物育种中的应用与前瞻（论文文献综述）
刘梦煜[1]（2021）在《标记辅助选择培育水稻抗稻褐飞虱、稻白叶枯病、稻瘟病和香味聚合系》文中指出在为害水稻的主要病虫害研究中,对稻褐飞虱、稻白叶枯病和稻瘟病的研究不容小觑,而香味作为能够最为直观地为大众反映水稻品质的一项重要性状基因,也具有极高的研究价值。通过生物技术手段,利用优良基因来培育出同时具备对多种病虫害的抗性并且兼具香味特性的水稻聚合系不仅可以提高稻米品质,更重要的是在生态环境保护、水稻安全生产、降低生产成本、提高生产效率等方面都具有不可估量的意义。本研究通过杂交、回交的常规育种手段,结合分子标记辅助选择（MAS）的科技方法,针对三种抗褐飞虱基因——Bph36、Bph3、Bph24（t）,一种抗稻瘟病基因——Pita,一种抗稻白叶枯病基因——Xa23以及一种香味基因——badh2进行研究,分别导入主栽水稻品种中,从而获得了具有稳定遗传特性的Bph24（t）导入系十七份、Bph36导入系一份、Bph3导入系十二份,Pita导入系二十一份、Xa23导入系十四份,badh2导入系一份,培育出Bph24（t）+Bph36聚合系一份,Bph24（t）+Xa23聚合系一份,Bph36+Pita聚合系九份,Xa23+Pita聚合系三份,Pita+badh2聚合系两份,Bph24（t）+Xa23+Pita三基因聚合系一份,Bph24（t）+Bph36+Pita三基因聚合系两份,Bph36+Pita+badh2三基因聚合系一份,本研究的BC3F1代及之前的工作由亚热带农业作物资源与利用国家重点实验室野生稻课题组完成并提供,F2及F3由本人完成。。在经过人工接菌和人工接虫抗性鉴定后,结果显示出,含有基因Bph36和Bph24（t）的株系,在抗褐飞虱的抗性上均达到抗（R）以上等级,部分植株抗性水平接近高抗（HR）等级;含有目标基因Xa23的株系,不论聚合系还是导入系都能够对稻白叶枯病达高抗（HR）等级;含有目标基因Pita的株系,不论聚合系还是导入系都能够对稻瘟病达抗（R）等级。含有目标基因Bph24（t）+Bph36聚合系的抗性水平要比单独导入Bph24（t）或Bph36的单基因导入系的抗性水平高,目标基因badh2的导入系和聚合系呈现不同程度的香味性状。聚合系性状的表现表明,多基因的聚合对水稻抗稻褐飞虱的抗性水平显着提升,表明多目标基因聚合后相互间的功能效应不干扰且具有累加效应。农艺性状分析表明,所选的聚合系农艺性状优良,多抗性和香味基因聚合后仍可以选育出经济性状优良的聚合系,研究所获得的基因导入系和聚合系对培育新型的高效、优质、绿色水稻品种有重要的应用前景,可为水稻育种提供良好的基础材料。
崔傲[2]（2021）在《江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用》文中提出水稻是江苏最重要的粮食作物,其中粳稻约占总面积的90%。选育和推广优良的粳稻品种对江苏水稻生产具有重要意义。据不完全统计,目前在江苏可推广种植的粳稻品种至少有200个,品种间的同质化问题严重。另外,众多的品种也给市场监管带来了巨大挑战,导致种子市场上经常出现套牌侵权、假冒伪劣等违规违法事件,影响优良品种的推广应用和种业的健康发展。近年来,SSR指纹检测技术在品种鉴定中的有效应用,极大约束了种子市场上的各种违规违法事件。然而,由于SSR标记本身的局限性,使得这一技术已不能满足当前的种业发展需求。竞争性等位基因特异性PCR（kompetitive allele specific PCR,KASP）技术具有检测结果准确、二等位、检测位点数灵活,且可在不同通量化程度的检测平台上使用,使得其已成为未来作物品种鉴定和分子标记辅助育种的最重要标记之一。为加速该标记技术在江苏水稻尤其是粳稻品种鉴定和分子育种中的应用,本研究开发了一批在江苏粳稻品种间多态性丰富的KASP标记并进行了初步应用分析。主要结果如下:1、对武陵粳1号、淮稻5号、武运粳7号等11个江苏代表性粳稻品种进行了 10X测序,筛选到品种间的SNP位点681个;利用水稻3000份品种重测序信息,筛选江苏粳稻品种间的SNP位点7179个。最终获得在江苏粳稻品种间具备潜在多态性的SNP位点7860个,其在水稻基因组中的平均分布密度为17.5个/Mb。2、从LGC公司开发的2053个水稻商业化KASP标记库中,选择了 583个对24个江苏代表性粳稻品种进行多态性分析,获得了 156个多态性标记,多态率为26.7%。从上述构建的7860个SNP位点库中,随机选择300个位点开发了300个KASP标记,在24个代表性粳稻品种群体中有190个具有多态性,多态率为63.3%,表明本研究筛选的多态性SNP位点库具有较高可靠性。最终获得在江苏代表性粳稻品种间的多态性KASP标记346个,相对均匀分布在水稻不同染色体上。3、选择93个多态性KASP标记,对7个不同省区的252个粳稻品种和16个籼稻品种进行基因分型,发现有5个标记在群体中检测到超过20%的杂合基因型,有76个检测到杂合基因型比例低于5%,其余均介于5-20%之间。进一步比较了 76个标记在不同区域品种及籼稻品种中的分型效果,发现绝大大多数标记在不同区域的粳稻品种群体内均具有较好多态性,标记PIC（多态性信息含量）值在0.24-0.59之间;但是在籼稻品种群体中只有9个标记具备多态性,其余67个均无多态性,表明这些SNP位点存在明显的籼、粳特异性差异。4、构建了 141个江苏粳稻品种在76个KASP标记位点上的DNA指纹,发现有7对品种的彼此间差异位点数在1-4个,其余均大于5个;进一步利用之前建立的60个SSR标记对这7对品种进行SSR指纹比较,发现仅有1对品种间的差异位点数超过2个,其余均小于或等于1个差异位点。随后对本实验室在60个SSR指纹比对中发现的小于等于4个差异位点的7对品种,采用76个KASP标记进行指纹分析,发现各对品种间的差异位点数最少为15个,最高达56个。综合比较显示,76个KASP标记对江苏粳稻品种的鉴别力更强,可以初步用于江苏粳稻品种DNA指纹库的构建。5、收集并初步测定了来自国内外不同区域以粳稻为主的530份种质资源在穗长、一次枝梗数等10个性状上的变异特征,发现品种间在多数性状上的变异还是比较丰富的,籼、粳群体间明显差异。随机选择了 100个KASP标记对所有530个品种进行了基因分型分析,发现有7个没有多态性,另外分别有38个和39个在该品种群体中检测到杂合位点率的比例超过20%和低于10%。利用杂合位点率较低的39个标记基因型数据对所有品种进行遗传相似性聚类分析,发现不同区域或类型品种间存在明显的遗传差异。6、开发了抗稻瘟病基因Pid3和金粳818中抗除草剂基因ALS627N的功能性KASP标记“KASP-Pid3”和“K-ALS-627”。验证结果显示,各标记不仅可广泛用于相应基因的选择、提高育种效率,而且可用于相应的实质性派生品种鉴定。
张鹏[3]（2021）在《FBI技术的开发及其在水稻育种中的应用》文中认为分子标记辅助选择（Molecular Marker-Assisted Selection,MAS）是育种家们在研究过程中提升育种筛选效率、增加目标基因筛选准确性、方便快捷得到优良品种的重要策略。随着分子检测技术的飞速发展,在大数据的时代背景下,高通量的单核苷酸多态性（SNP）标记凭借其数量多、通量高、规模大的特点,在育种过程中得到了广泛应用。本实验室前期通过改良转座子显示技术,发明了一种新的高通量SNP分子标记检测方法。该方法利用一条转座子引物和一个前景基因的特异引物,通过一步Tn5转座酶反应和两轮PCR扩增构建一个二代测序文库,分析其测序数据可以得知检测样品的前景基因型和遗传背景。在此基础上,本研究对其实验流程进行改良优化,利用特异引物在基因组模板上完全匹配的退火（primer-template perfect annealing,PTPA）扩增目标片段作为前景标记,同时利用引物在基因组模板上的不完全匹配的退火（primer-template mismatches annealing,PTMA）扩增出数以十万计的其它片段作为全基因组的背景标记,最终开发出可以一次性同时检测多个目标前景位点和全部遗传背景的FBI（Foreground and Background Integrated genotyping）技术,该技术不受物种限制,可为育种家的种质研究工作提供更多便利。具体来说,本研究共获得了以下结果:1.完成一个前景基因到多个前景基因筛选的实验方法优化,使引物的PTMA和PTPA扩增效应更强,通过Q-PCR检测最终确立了FBI方法的最优体系。2.完成了FBI技术不同引物在不同作物品种的通用性研究,证明了该方法不受物种的限制,任何一条引物都可以完成不同作物的遗传背景标记。3.利用高保真酶和非高保真酶对比实验,确定了FBI技术特异引物的PTMA效应的匹配模式是引物中间的5～7碱基完全匹配,并且是以滑窗式移动的结合扩增的方式。4.在FBI-seq的应用研究中,完成了同时对稻瘟病抗性基因Pi2、香味基因BADH2、育性恢复基因Rf3和Rf4、品质基因Waxy的5个前景的46个高世代株系的遗传前景和背景的育种筛选。这些实验结果表明,FBI-seq仅需要一条不需要特殊设计和优化的普通引物即可实现对前景标记和数十万个位点的背景标记的同时检测,且能够很方便的转换到不同的前景基因和不同的物种中,尤其是基因组信息积累较少的物种上。此外,该方法可以同时进行多达6种前景的分子标记检测,相比目前其它全基因组标记检测方法,本研究提出的基于LM-PCR和NGS测序相结合的FBI技术,实验流程简单,是一种简单快捷且符合潮流趋势的新型育种的全基因组分子标记方法,在育种研究的基因型检测中具有广泛的应用前景。
杨大兵[4]（2021）在《全基因背景分子选择改良水稻光温敏核不育系丰39S的病虫抗性》文中认为水稻稻瘟病、白叶枯病、褐飞虱是我国乃至世界稻区最重要的病虫害,对水稻产量和品质造成严重的危害。两系法杂交水稻是我国南方稻区籼稻杂种优势利用的主要途径之一,也是世界水稻杂种优势利用的发展方向,光温敏核不育系的抗性表现往往直接影响其所配两系法杂交水稻组合的抗性水平。利用已有主效抗病虫基因的聚合进行水稻病虫害抗性的遗传改良是最经济有效而绿色友好的病虫害防控方式。丰39S是合肥丰乐种业股份有限公司培育的籼型光温敏核不育系,具有不育性稳定、株型紧凑、分蘖力强、米质优等诸多特点,所配组合已经大面积推广,但不抗稻瘟病、白叶枯病及褐飞虱。本研究利用以回交育种为主线的全基因组背景分子选择技术,将稻瘟病抗性基因Pi2、白叶枯病抗性基因Xa7和Xa23、褐飞虱抗性基因Bph14和Bph15精准地渗入到“丰39S”遗传背景中,首先创建携带不同抗性基因的单基因导入系,再通过基因聚合培育多抗的光温敏核不育系,获得了一系列以丰39S为遗传背景的抗稻瘟病、抗白叶枯病和抗褐飞虱的新不育系材料。主要研究结果如下:1、为了尽快改良丰39S对稻瘟病的抗性,首先利用回交和分子标记辅助选择技术,将供体亲本华1201S中的稻瘟病抗性基因Pi2快速地导入到丰39S的遗传背景中,创建出2个携带纯合Pi2基因的新株系DB16206-34和DB16206-38。用57个稻瘟病菌株进行的人工接种鉴定表明,DB16206-34和DB16206-38的苗瘟抗谱为94.70%,而受体亲本丰39S的苗瘟抗谱为18.30%;在湖北恩施和宜昌的稻瘟病病区自然诱发鉴定结果表明,新株系及所配的部分杂交组合的叶瘟和穗颈瘟抗性达到中抗以上,较丰39S及所配杂交组合的抗性明显提高。DB16206-34和DB16206-38的育性转换特性、主要农艺性状、稻米品质和所配组合的产量均与丰39S相似。其中DB16206-34被命名为“华634S”,作为抗稻瘟病不育系通过了湖北省农作物品种审定委员会组织的技术鉴定,所配组合“华634S/9311”和“华634S/丰香恢1号”作为抗稻瘟病两系杂交组合参加了湖北省和国家水稻区域试验。2、以携带Pi2基因的DB16206-172（DB16206-34的姐妹系）、携带Xa7基因的华1228S、携带Xa23基因的华1015S、携带Bph14和Bph15基因的华1165S为供体,与丰39S杂交、回交和全基因组背景分子选择,创建了Pi2基因位点插入片段567.0 kb、与丰39S遗传背景相似度99.85%的单基因导入系DBQ18071-414-3-3。用同样方法创建的Xa7、Xa23、Bph14、Bph15单基因导入系分别是DB17174-111-2、DB17207-217-244-8、DBQ18077-3-2-1和DBQ18080-61-407-1,插入片段长度688.4kb-1574.9 kb,与丰39S的遗传背景相似度99.82%-99.60%。抗性鉴定结果表明,DBQ18071-414-3-3（Pi2）抗稻瘟病,DB17174-111-2（Xa7）和DB17207-217-244-8（Xa23）抗白叶枯病,DBQ18077-3-2-1（Bph14）和DBQ18080-61-407-1（Bph15）中抗褐飞虱。生育期、主要农艺性状、稻米品质、育性转换特性均与丰39S相似。因此,可以将建立的单基因系用于后面的多基因聚合系的创建。3、通过将单基因导入系的相互杂交和对目标基因的前景选择,创建了携带Pi2+Xa7+Bph14+Bph15基因的多基因聚合系2个,编号是DB18128-19-164-2和DB18128-19-361-1,4个抗性基因的插入片段累加长度为3689 kb,与丰39S的遗传背景相似度为99.05%;携带Pi2+Xa23+Bph14+Bph15基因的多基因聚合系2个,编号是DB18129-34-268-38和DB18129-34-303-6,4个抗性基因的插入片段累加长度为3974 kb,与丰39S的遗传背景相似度为98.98%。将创建的多基因系用于后面的性状鉴定和组合测配。4、广东省农业科学院植保所的鉴定结果表明,DB18128-19-164-2、DB18128-19-361-1、DB18129-34-268-38和DB18129-34-303-6的苗瘟抗谱是94.12%-97.06%,受体亲本丰39S的苗瘟抗谱是35.29%。在湖北宜昌市远安县望家村稻瘟病区自然诱发鉴定表明,4个多基因聚合系的叶瘟是0级-2级、穗瘟发病率是0%-6%,丰39S的叶瘟是7级、穗瘟发病率是76%。以黄华占为父本与4个多基因聚合系配组的组合,叶瘟是0级-3级、穗瘟发病率是4%-9%,对照组合“丰39S/黄华占”的叶瘟是5级、穗瘟发病率是51%。在湖北恩施州两河村稻瘟病区自然诱发鉴定表明,4个多基因聚合系的叶瘟都是2级,穗瘟发病率是9%-15%,丰39S的叶瘟是8级,穗瘟发病率是100%。5、华中农业大学病圃人工接种PXO61、PXO99、ZHE173、GD1358、Fu J、YN24和He N11等7个白叶枯病菌株的鉴定表明,携带Pi2+Xa23+Bph14+Bph15基因的2个聚合系DB18129-34-268-38和DB18129-34-303-6以及它们与黄华占、五山丝苗配制的组合都高抗7个菌株。携带Pi2+Xa7+Bph14+Bph15基因的2个聚合系DB18128-19-164-2和DB18128-19-361-1抗PXO61、ZHE173、GD1358、Fu J和He N11等5个菌株,不抗其他2个菌株,它们所配的组合抗PXO61、ZHE173、Fu J和He N11等4个菌株,不抗其他3个菌株。而丰39S感6个菌株、中抗1个菌株He N11,丰39S与黄华占、五山丝苗配制的组合对7个菌株均表现感病。6、苗期褐飞虱鉴定结果表明,导入系DBQ18077-3-2-1（Bph14）表现为中抗褐飞虱,导入系DBQ18080-61-407-1（Bph15）和4个聚合株系DB18128-19-164-2、DB18128-19-361-1、DB18129-34-268-38和DB18129-34-303-6对褐飞虱表现为抗级。4个多基因聚合系与同时携带Bph14和Bph15基因的父本配制的杂交组合是抗褐飞虱的,但是与不携带Bph14和Bph15基因的父本配制的杂交组合表现为中抗褐飞虱。成株期褐飞虱鉴定结果表明,2个单基因导入系DBQ18077-3-2-1和DBQ18080-61-407-1、4个多基因聚合系以及它们所配的组合都是抗褐飞虱的。7、人工气候箱和武汉自然条件下分期播种的育性转换特性鉴定表明,单基因导入系和多基因聚合系的育性转换临界温度都是日平均温度22℃-23℃,稳定不育期81 d-86 d,与丰39S的育性转换特性完全一致。8、海南可育期的生育特性、产量、主要农艺性状和稻米品质鉴定表明,创建的导入系的平均播始历期99 d-101 d、单株粒重20.9 g-24.8 g、株高82 cm-88 cm、单株有效穗数9个-10个、平均穗长19 cm-20 cm、每穗总粒数138粒-162粒、结实率60%-73%、千粒重25 g-26 g、整精米率66%-69%、垩白粒率0.0%-0.5%、长宽比2.7-2.9、直链淀粉含量12%-13%、胶稠度89 mm-91 mm,经方差分析比较,各项指标与受体亲本丰39S都没有显着差异。在武汉不育期的生育特性观察表明,导入系的平均播始历期84 d-86 d、主茎叶片数14.0片-14.4片,株高85 cm-87 cm、单株有效穗数8个-9个、平均穗长24 cm-25 cm、每穗总颖花数175朵-192朵,柱头外露率24%-39%,也经方差分析比较,各项指标与受体亲本丰39S都没有显着差异。9、以4个多基因聚合株系DB18128-19-164-2、DB18128-19-361-1、DB18129-34-268-38和DB18129-34-303-6及丰39S为母本、4个两系恢复系五山丝苗、HB17004-7-88、黄华占和HB17010-180-171-1为父本配制了杂交组合,分别在海南和武汉育种试验站进行了3次重复的比产试验结果表明,在海南的小区平均单株产量33 g-39 g,在武汉的小区平均单株产量49 g-51 g。方差分析结果表明,多基因聚合系所配组合的产量与丰39S所配组合的产量没有显着差异。导入系的产量一般配合力与受体亲本丰39S没有差异。综上,通过全基因组背景分子选择育种策略,已经将Pi2、Xa7、Xa23、Bph14和Bph15等不同抗性类型的基因精准地导入到丰39S遗传背景中。培育出来的多基因聚合系的遗传背景与丰39S高度相似,稻瘟病、白叶枯病和褐飞虱抗性明显提高,育性转换特性、生育特性、开花习性、主要农艺性状、稻米品质、产量配合力都与受体亲本丰39S没有显着差异。实现了本研究提出的研究目标,创建的多基因导入系可以替代丰39S用于培育“三抗”的两系杂交水稻新组合。本研究是第一个利用全基因组背景分子选择技术、精准地进行多基因渗入、定向改良多个性状的育种案例。
鄢柳慧[5]（2021）在《两个水稻材料抗褐飞虱主效基因精细定位与候选基因初步分析》文中提出水稻（Oryza sativa L.）不仅是单子叶植物分子生物学研究的理想模式植物,还是我国以及世界最重要的粮食作物之一。褐飞虱（Nilaparvata lugens St?l;BPH）是为害水稻生产最严重的虫害之一,防治褐飞虱最经济安全的途径是从水稻种质资源中发掘褐飞虱抗性基因,培育抗虫水稻品种。本研究以抗褐飞虱籼稻品种CL48和CL123为抗源,通过分别与籼稻品系抗蚊青占（KW）和9311杂交、回交构建遗传连锁作图群体和遗传连锁图谱,精细定位抗褐飞虱基因并对抗性候选基因进行分析。前人利用CL48与KW杂交构建F2群体,将抗性基因初步定位于日本晴基因组第11染色体11M16.89和11M18.41之间。基于前人的定位结果,本研究利用分子标记从8,674个F3单株中筛选得到100个重组单株,并利用这些重组单株将抗性基因定位在日本晴基因组第11染色体YL5和YL12之间,片段长度约为55kb。该区段内的4个候选基因（G1/G2/G3/G4）的荧光定量结果表明,在褐飞虱取食各个时间点中,G2、G3和G4在抗、感植株中的表达量水平均存在显着差异。结合生物信息学分析,我们将G4作为重点研究对象。基于G4的基因组序列,我们构建了G4的互补载体并获得16株阳性T0代转基因植株。同时,基于CRISPR/Cas9系统,我们构建了G4的双元表达载体pYL-Cas9-g G4。此外,从抗虫的抗生性、趋避性和耐虫性三种抗性机制对CL48的抗性机制进行了全面研究。抗虫效应实验结果表明,抗性材料CL48携带的抗性基因介导了对褐飞虱的抗生性,但不表现趋避性和耐虫性。前人利用CL123与9311杂交构建F2群体,将抗性基因定位在第4染色体RM3.688与RM11.353之间。基于前人的定位结果,本研究通过回交构建BC4F3群体,将抗性基因精细定位于日本晴基因组第4染色体RM3.688与RM4.487之间,片段长度约为0.799Mb。同时,我们考察了BC5F2:3家系的农艺性状,统计结果表明BC5F2:3家系的粒长、粒宽和千粒重与轮回亲本9311均无显着差异,说明BC5F2:3家系的遗传背景与9311具有极高的相似度。本研究为抗褐飞虱基因的定位、克隆以及抗性机制研究奠定基础。
赵越[6]（2021）在《作物杂交种表型的全基因组选择模型研究》文中研究表明全基因组选择（GS）育种技术能够在得到个体基因型时即对其育种值进行评估,可大大缩短育种周期,已成为动植物育种的一项新技术,尤其在作物的杂交育种中,GS的优势更为突出,因为杂交种的基因型可由亲本基因型推断,只需获取亲本的基因型和少部分杂交种的表型,即可对其它尚未组配的杂交种进行预测。准确的基因组预测是GS成功的前提。然而,对于一些复杂性状,尤其是对受环境影响较大的产量性状而言,基因组预测的准确性往往比较低。为进一步提高杂交种预测的准确性,本文提出将亲本表型信息整合到杂交水稻表型预测的新策略,阐明了该策略的实现方法及最优模型,同时提出了基于辅助性状的杂交种表型预测新方法,从而实现更加全面、可靠的预测并选择。研究结果为水稻和玉米的精准育种提供了重要的理论与技术支撑。研究内容包括以下两个部分:1、整合亲本表型预测水稻杂交种产量相关性状的基因组选择方法本研究基于210份水稻重组自交系的基因组信息以及278份杂交种的表型数据,探讨结合亲本表型的预测能否提高杂交种产量相关性状的预测准确性,同时开展GS方法的比较研究,利用交叉验证比较13种参数、半参数及非参数方法的预测准确性,探讨不同方法对不同性状预测准确性的影响。参数方法包括:基因组最佳线性无偏预测（Genomic Best Linear Unbiased Prediction,GBLUP）、最小绝对收缩与选择算子（Least Absolute Shrinkage Selection Operator,LASSO）、贝叶斯方法（BayesA,BayesB,BayesC）、偏最小二乘法（Partial Least Squares,PLS）、弹性网（Elastic Net,EN）、岭回归（Ridge Regression,RR）;半参数方法主要有:再生核希尔伯特空间（Reproducing Kernel Hilbert Space,RKHS）;非参数方法有:支持向量机（Support Vector Machine,SVM）、随机森林（Random Forest,RF）。研究结果表明,结合亲本表型能显着提高杂交种预测的准确性,此外不同方法的预测力存在极显着差异,总体而言,13种方法中GBLUP和BayesB两种方法的预测力较好,而SVM和PLS方法的预测力较差。此外,不同性状的预测力也存在极显着差异,四个性状中千粒重的预测力最高,产量的预测力最低,表现出性状遗传力越高其预测能力越大的趋势。结合亲本表型后,产量、分蘖数、每穗粒数以及千粒重四个性状的平均预测力分别提升了12.5%、24%、7.4%、5.8%,此项研究有益于提高产量相关性状的预测准确性,为水稻杂交种表型的精准预测奠定了理论基础。2、结合辅助性状的玉米杂交种基因组选择策略生物性状间通常具有一定的相关性,多性状联合分析能够利用性状间的遗传相关或环境信息,有效提高预测的准确性。本研究利用与目标性状相关的已知辅助性状和预测辅助性状对目标性状的表型值进行预测,探讨基于辅助性状的杂交种GS新策略。利用一套玉米数据集,以257份自交系为亲本材料,组配了 846份杂交种,性状包括株高、穗位高、穗重和粒重,获取亲本材料的基因型及表型数据,结合已知辅助性状和预测辅助性状两种策略对玉米杂交种进行基因组预测。结果表明,结合已知辅助性状的杂交种基因组预测能显着提高目标性状的预测力,采用不同的辅助性状组合,所有组合预测力较株高、穗位高、穗重和粒重四个性状本身预测力分别提高了 20.5%、32.0%、50.2%和81.2%。与已知辅助性状的预测相比,结合预测性状的辅助预测优势较小,但依然使预测力得到了提升,株高、穗位高、穗重和粒重四个性状的预测力最高提升了 1%、1.4%、3.4%和4.3%。此外,根据已经鉴定的杂交种预测了所有可能杂交组合的表型值,穗重最高的100个杂交种的平均值比所有杂交种平均穗重提高了 17.8%。四个性状预测的Top100和Bottom100的杂交组合间均具有极显着差异。本研究为利用GS技术开展玉米等作物杂交种选育工作提供了新的思路。
康从彬[7]（2021）在《玉米耐盐基因主效位点挖掘及连锁分子标记的开发》文中研究表明将广袤的盐碱地纳入耕地后备资源,扩大我国的可用耕地面积,是解决土地资源紧缺的有效办法之一。但是大多数作物不耐盐碱,包括玉米也是盐敏感型植物,因此需要研究玉米的耐盐机理,挖掘耐盐有关基因,为培育耐盐新品种提供理论基础。本研究利用258份IBM（B73×Mo17）Syn10双单倍体（DH）群体材料,对耐盐相关性状进行鉴定,结合由6618个bin标记构建的高分辨率遗传图谱进行QTL分析。同时利用392份GWAS群体材料和平均分布在全基因组的168万个单核苷酸多态性（SNP）标记,对玉米耐盐相关性状进行全基因组关联分析。结果表明,在150 mmol/L的NaCl盐处理和无NaCl的对照处理下,两群体内不同材料之间的耐盐相关性状存在显着差异。在IBM Syn10 DH群体中,根长、中胚轴长和苗长共检测到了4个QTL,这4个QTL的LOD值在2.66-4.15之间,解释了4.7-7.2%的表型变异。在GWAS群体中,我们在10条染色体上共检测到了2489个与耐盐性状显着相关的SNP位点(P<1×10-5)。为了进一步筛选可能的与耐盐相关联的基因,将染色体1Mb区间内包含3个及以上显着耐盐相关的SNP位点的区域定义为耐盐候选区间,在耐盐候选区间内共检测到了579个基因。此外,我们选择一份IBM Syn10 DH群体中耐盐表现较好的株系,使用150 mmol/L的NaCl处理10天后取样,提取RNA进行转录组测序分析后得到了3623个差异表达基因,其中1598个基因发生了上调,另外2025个基因显示表达量降低。针对全基因组关联分析结果,寻找坐落在QTL区间内耐盐性状相关的显着性SNP位点,共检测到139个SNP位点与耐盐相关QTL区间（q ML-1、q RL-1、q SL-1、q SL-2）一致。最后将QTL和全基因组关联分析鉴定到的耐盐候选区间内的基因与差异表达基因共定位,分别检测到了266和59个基因。将基因对应的蛋白序列通过SMART网站搜索功能并进行注释,分析其保守结构域,预测编码蛋白可能发挥的功能,最终筛选出12个可能与玉米耐盐能力相关的候选基因。这12个基因主要编码转运蛋白、蛋白激酶以及离子通道相关蛋白,可能参与盐胁迫下的信号转导、离子转运等通路以响应盐胁迫。同时,在7号染色体106Mb处,对与表型显着相关的SNP位点进行连锁不平衡分析,检测到了候选基因单体型。研究结果为玉米耐盐能力相关的分子标记辅助育种和功能研究提供了依据。
黄硕[8]（2021）在《三个小麦品种（系）条锈病抗性遗传解析以及成株期抗条锈病基因YrXZ9104的精细定位》文中认为小麦（Triticum aestivum L.）是中国重要粮食作物之一。小麦条锈病（Puccinia striiformis f.sp tritici Erikss）在世界各地的小麦种植区均有发生。由条锈病导致的病害管理负担加大和小麦减产对经济发展造成了巨大的损失。小麦条锈病作为破环性极大的病害之一,几乎在所有中国冬小麦产区都有周期性发生。化学药品虽可用于防治条锈病,但化学药品的使用会大幅增加小麦生产成本,污染生态环境。因此,种植抗病品种是防治小麦条锈病最经济、最环保、最有效的措施。陕西省作为中国小麦条锈流行区的越冬区和桥梁区,在防控小麦条锈病流行中具有重要的作用。为了了解陕西省的抗条锈病性遗传组成,本研究选择了其中一部分成株期条锈病抗性好以及农艺性状表现良好的小麦品种（系）,对其进行了抗病遗传解析。除此之外,还开展了小麦条锈病抗源兴资9104中2BL染色体上QYrxz.nwafu-2BL（Yr XZ9104）基因的精细定位工作。主要研究结果如下:1.为了揭示陕西小麦品种陕农33对条锈病的遗传抗性,利用条锈菌的两个分离菌株（PST-Lab.1和PST-Lab.2）对161个重组自交系（RILs）进行了苗期和田间接种鉴定,结合小麦55K（SNP）芯片对RILs及其亲本进行基因分型。结果表明,在1DS、2AS和3DS染色体上定位了3个与苗期抗性有关的位点,并在1BL、2AS、3DL和6BS上检测到了4个稳定的成株期抗性QTL（Quantitative trait loci）。其中,2AS上的抗性位点来源于外源易位片段2NS上的抗性基因Yr17。1BL和6BS上的QTL可能分别对应已知抗病基因Yr29和Yr78。3DL上的QTL解释了5.8-12.2%的表型变异,可能是新定位到的抗病位点。利用2NS片段（Yr17）、Yr29、Yr78和QYrsn.nwafu-3DS的分子标记对420份中国小麦品种（系）的检测结果表明,这些基因所占比例分别为11.4%、7.6%、14.8%和7.4%。而且这些基因之间存在加性效应,这表明它们应用在抗条锈病育种中。此外,我们还鉴定到两个由于互作导致小麦叶片黄化/坏死的基因Ne1和Ne2。2.为了对陕西小麦品种西农3517条锈病抗性进行遗传解析,利用Geno Baits小麦16K芯片对RILs及其亲本进行基因分型,结合多年多点的田间鉴定,分别在1BL、2AL和6BS上定位到了4个稳定的成株期抗性QTL,并在2BL上定位到了一个全生育期抗性QTL。其中1BL上的QTL为主效抗病位点,其它三个QTL具有中等抗病效应。经过等位性测验证明1BL上的QTL很可能是Yr29。2AL上的QTL与中麦892和秦农142中2AL上的QTL位于同一区间,应该是一个位点。2BL上的全生育期抗病QTL对V26小种具有抗性,很可能是一个新的抗病位点。6BS上的QTL被证明是Yr78。最后,利用抗性位点的连锁SNP标记,开发成高通量标记,有助于分子标记辅助选择技术在小麦育种中应用。3.为了丰富抗性育种基因库,以中国本土小麦品种明贤169和CIMMTY衍生小麦品系P9936为杂交组合构建了186份重组自交系的双亲群体。利用小麦55K芯片对每个重组自交系和亲本进行基因分型,构建了一个包含8225个SNP多态性标记、总长3593.37c M的遗传连锁图谱,定位出2个主效QTL和2个微效QTL;其中位于3BS、7BL上的主效QTLQYr.nwafu-3BS.2和QYr.nwafu-7BL在所有田间环境中均能够被检测到,分别解释了20.4%和38.9%的条锈病表型变异。QYr.nwafu-3BS.2可能与Yr30/Sr2相同,而QYr.nwafu-7BL可能是在CIMMYT种质中已被发现的一个抗性位点。虽然微效QTL对于植株抗病效果不明显,但是当与其它QTL聚合后也可以增加抗性水平。除此之外,进一步开发了与QYr.nwafu-7BL紧密连锁的分子标记,可用于分子辅助选择育种。4.在本实验室前期研究的基础上,为了精细定位主效基因Yr XZ9104,利用90K SNP芯片数据,开发了3个（XZ2B.k3、XZ2B.k7和XZ2B.k8）与该位点紧密连锁且间隔约为12c M的竞争性等位基因特异性PCR标记（Kompetitive Allele Specific PCR,KASP）。利用前期Avocet S和兴资9104为亲本构建的群体,结合表型和基因型,选取包含Yr XZ9104的抗病RILs（RIL32、RIL59、RIL66）分别与感病RILs（RIL43、44、53）杂交,构建了5800个大F2群体。利用3个KASP标记,筛选出535个F2基因型发生交换的单株。将这535个交换单株,通过严格自交得到535个F5家系,并进行条锈病表型鉴定。结合90K和660K芯片的整合图谱,利用亲本和抗感池差异SNP在目标区间内新设计7对引物,在535个F5重组单株家系的群体中,筛选出在目标区间杂合的25个剩余杂合体,并选取其中的两个构建了HIF群体,即RIL182和RIL476。综上所述,本研究通过温室及田间多年鉴定,发现陕西小麦品种陕农33、西农3517、CIMMYT小麦材料P9936和贵州小麦品系兴资9104具有典型的成株期抗性;除此之外,陕农33和西农3517还表现出全生育期抗性。利用16K、55K或90K芯片,对Avocet S/陕农33、Avocet S/西农3517、Avocet S/兴资9104和明贤169/P9936群体进行全基因组扫描,筛选出与抗病相关的SNP用于基因分型,并采用完备区间作图法成功的定位了与条锈病抗性有关的主效QTL:QYrsn.nwafu-2AS、QYrxn.nwafu-1BL、Yr XZ9104、QYr.nwafu-3BS.2和QYr.nwafu-7BL;中等抗性QTL:QYrsn.nwafu-1BL、QYrsn.nwafu-3DS、QYrsn.nwafu-6BS、QYrxn.nwafu-2AL、QYrxn.nwafu-2BL、QYrxn.nwafu-6BS。通过等位性测验、系谱追踪以及对比分析结果表明,1BL上的QTL可能与Yr29有关,2AS上是Yr17,3BS上的QTL可能与Yr30有关,6BS可能与Yr78有关,7BL上的位点也与已知位点一致,而且这些位点很可能都来自于CIMMYT;2AL上的QTL与中麦892和秦农142中2AL上的QTL位于同一区间,说明该位点在我们国家早已被应用;2BL和3DS上的QTL可能是新的抗病位点,需要进一步分析研究。通过单倍型分析结果表明,Yr17、Yr29和Yr78在陕西小麦材料中都有广泛存在。除此之外,我们选择对兴资9104中定位到的主效抗病基因进行了精细定位的研究,这也为后续该基因克隆和成株期抗病机制的解析奠定了基础。
张亚妮[9]（2021）在《甘蓝型油菜桔红花色基因Bnpc2的精细定位及桔红花色基因连锁标记的应用》文中研究表明花色是油菜的重要表型性状之一,由于其易于肉眼辨别,且受环境影响较小等特性,可作为指示性状,在农业研究和应用方面发挥重要作用。本课题组前期研究结果表明桔红花色性状是由两对隐性基因Bnpc1和Bnpc2控制的,并且对Bnpc1基因进行了精细定位,将Bnpc1基因定位在甘蓝型油菜C09染色体151kb的区间范围内。本研究主要是对Bnpc2基因进行精细定位,且对候选基因进行了q PCR表达分析以及对甘蓝型油菜花瓣中的类胡萝卜素成分含量进行了测定,证明了Bna A09.ZEP可能是Bnpc2的候选基因。另外,利用与桔红花色基因Bnpc1和Bnpc2紧密连锁的分子标记对118份春性甘蓝型油菜恢复系的桔红花色位点进行鉴定,且利用该标记进行了分子标记辅助育种,证明了与Bnpc1和Bnpc2基因紧密连锁的分子标记在辅助选择中的有效性。主要研究结果如下:1.以BC5 Ⅱ群体为材料,将Bnpc2基因定位到约0.049 c M和27 kb（A09:3.721–3.748Mb）的区间内,同时筛选到一个与Bnpc2紧密连锁的共显性标记BnA09-22。对3.721-3.748Mb区间内的8个候选基因进行比较分析,其中有1个基因（Bna A09g07610D）与拟南芥上的玉米黄质环氧酶（ZEP）基因同源,命名为Bna A09.ZEP,该基因与类胡萝卜素的生物合成途径有关。2.对Bna A09.ZEP进行qPCR分析,结果Bna A09.ZEP主要在蕾和花瓣中表达,并且从3mm蕾到花瓣的整个发育过程中该基因的转录水平不断增加。另外,在3mm蕾、5mm蕾、7.5mm蕾和花瓣中,Bna A09.ZEP在BC5 ⅡF2群体中的纯合黄花单株和桔红花单株间的表达量均存在极显着差异,且该基因在桔红花单株中均下调表达。因此,推测Bna A09.ZEP可能是Bnpc2的候选基因。3.对甘蓝型油菜桔红色花瓣和黄色花瓣中的类胡萝卜素成分进行分析,结果表明:桔红花瓣中的玉米黄质,β-胡萝卜素和叶黄素含量均高于黄色花瓣,分别比黄色花瓣中高约13倍,1.5倍和5倍,而黄花比桔红花瓣中的紫黄质含量高约1.5倍。因此,我们可以推测,可能是由于大量类胡萝卜素（尤其是叶黄素）的积累而使甘蓝型油菜的花瓣表现为桔红色。4.利用与桔红花色基因Bnpc1和Bnpc2紧密连锁的分子标记对118份春性甘蓝型油菜恢复系的桔红花色位点进行鉴定,结果两个位点均为显性（BnPC1BnPC1BnPC2BnPC2）的品系数量最多（85份）,占总材料的72.00%;Bnpc1位点为显性而Bnpc2位点为隐性（BnPC1BnPC1Bnpc2Bnpc2）的品系次之（31份）,占总材料的26.30%;Bnpc1位点为隐性而Bnpc2位点为显性（Bnpc1Bnpc1BnPC2BnPC2）的品系最少（1份）,占总材料的0.85%。另外,检测出1份纯合桔红花色（Bnpc1Bnpc1Bnpc2Bnpc2）品系R76。同时,选出检测的基因型为BnPC1BnPC1BnPC2BnPC2和BnPC1BnPC1Bnpc2Bnpc2的品系各2个以及1个基因型为Bnpc1Bnpc1BnPC2BnPC2的品系相互杂交并分别与桔红花色亲本进行回交,通过分析其后代的花色分离比来确定利用分子标记鉴定材料的花色基因型是否准确,与预期结果相符合,进一步印证了与桔红花色基因Bnpc1和Bnpc2紧密连锁的分子标记用于鉴定甘蓝型油菜桔红花色位点的基因型是准确可靠的。因此在以后育种中,可以选择利用分子标记鉴定出的基因型为BnPC1BnPC1BnPC2BnPC2和BnPC1BnPC1Bnpc2Bnpc2的优良品系相互杂交,来选育桔红花色优良恢复系。5.利用分别与Bnpc1和Bnpc2基因紧密连锁的共显性标记Indel-5和BnA09-22对优良亲本恢复系帐3660和帐3703进行鉴定,结果帐3660的基因型为AAbb,帐3703基因型为AABB。利用两个亲本恢复系分别与桔红花色亲本进行杂交,F1再与相应优良恢复系亲本进行回交,结果在帐3660的后代BC1群体中,基因型为AAbb的单株与基因型为Aabb的单株数量相近,实际分离比值为1:0.92,与理论分离比值1:1无显着差异;选择Aabb基因型单株进行套袋自交,其后代分离比符合3:1,与预期结果相符。帐3703的BC1后代群体中出现四种基因型（AABB,Aa BB,AABb和Aa Bb）,其中基因型为Aa Bb的单株占总单株数的比值近似等于四分之一,与其他三种基因型的实际比值为2.64:1,与理论比值3:1无显着差异;选择基因型为Aa Bb的单株进行套袋自交,其后代分离比符合15:1。因此,我们筛选到的共显性标记用于鉴定甘蓝型油菜桔红花色位点基因型是准确可靠的,同时证明了与Bnpc1和Bnpc2基因紧密连锁的分子标记在辅助育种中的有效性。
郭聚领[10]（2020）在《分子标记辅助选育甘蓝型油菜高油酸恢复系》文中提出油菜是我国第一大油料作物,约占我国自产食用植物油的50%以上。油酸（C18:1）是构成菜籽油的主要成分,其含量决定菜籽油的营养品质和经济价值。高油酸菜籽油具有较高的营养特性、食用品质及存储加工品质,在日常饮食、工业加工和医药领域都发挥重要作用,培育高油酸油菜已成为品质育种的重要目标之一。本研究以甘蓝型油菜自交系J-4008和L3为高油酸供体亲本,以甘蓝型油菜自交系6105R、ZY28和GCZS11为轮回亲本,采用传统回交育种与分子标记辅助选择育种（MAS）相结合的育种策略,选育出了综合农艺性状与轮回亲本6105R、ZY28和GCZS11相近的甘蓝型油菜高油酸恢复系。主要结果如下:1.基于5个甘蓝型油菜自交系J-4008、L3、6105R、ZY28和GCZS11的重测序数据开发出了与Bna A.FAD2.a基因紧密连锁的In Del标记FAD2-J-15、FAD2-J-38和FAD2-L-9、FAD2-L-2等,同时根据L3 Bna A.FAD2.a基因特异突变位点,开发出双等位基因检测标记L3-fad2a-1和L3-fad2A-1。其中L3-fad2a-1标记用于特异检测突变型基因Bna A.FAD2.a,L3-fad2A-1标记用于特异检测野生型基因Bna A.FAD2.A。本研究还根据高油酸供体亲本J-4008与轮回亲本Bna A.FAD2.A 478位C/T的差异,开发了一个KASP标记。2.分别以高油酸供体亲本J-4008和L3与轮回亲本构建了6105R×J-4008、ZY28×J-4008、GCZS11×J-4008和6105R×L3、ZY28×L3、GCZS11×L3六个组合的BC1F1、BC2F1、BC3F1、BC3F2世代群体。通过分子标记辅助选择,在以J-4008为供体的组合的BC3F2世代中,分别获得5株、4株和7株高油酸位点基因型纯合（Bna A.FAD2.a/Bna A.FAD2.a）的单株。在以L3为供体的组合的BC3F2世代中,分别获得6株、5株和4株高油酸含量位点基因型纯合（Bna A.FAD2.a/Bna A.FAD2.a）单株。3.利用气相色谱法检测24株中选单株自交种子和亲本种子的油酸含量并对其进行差异显着性分析。高油酸供体亲本种子的油酸含量为76.03%,轮回亲本种子的油酸含量在60.12%-64.58%之间,6份高油酸位点基因型杂合单株自交种的油酸含量在64.26%-68.42%之间,18份高油酸位点纯合单株自交种的油酸含量在66.14%-75.34%之间。通过差异显着性分析发现,中选单株自交种的油酸含量极显着高于轮回亲本的油酸含量。4.通过对各个组合BC3F2世代中高油酸位点纯合的单株产量相关性状（每角粒数、角果长和千粒重）进行考察并对其进行差异显着性分析,结果表明改良株系的主要产量性状与轮回亲本（6105R、ZY28和GCZS11）之间差异不显着。
二、分子标记辅助选择在植物育种中的应用与前瞻（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、分子标记辅助选择在植物育种中的应用与前瞻（论文提纲范文）
（1）标记辅助选择培育水稻抗稻褐飞虱、稻白叶枯病、稻瘟病和香味聚合系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 Abbreviations |
| 1 前言 |
| 1.1 水稻的概述 |
| 1.2 水稻生产面临的主要挑战 |
| 1.3 水稻抗性和香味基因 |
| 1.4 分子标记 |
| 1.4.1 分子标记的种类 |
| 1.4.2 RFLP |
| 1.4.3 RAPD |
| 1.4.4 AFLP |
| 1.4.5 SSR(SSLP) |
| 1.4.6 STS |
| 1.4.7 染色体原位杂交 |
| 1.4.8 In Del |
| 1.5 分子标记辅助选择 |
| 1.5.1 分子标记辅助选择的优点 |
| 1.5.2 分子标记辅助选择与水稻渊源 |
| 1.5.3 分子标记辅助选择(MAS)在水稻育种中的应用进展 |
| 1.6 研究目的和技术路线 |
| 1.6.1 研究目的 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 水稻材料 |
| 2.1.2 供试病源和虫源 |
| 2.2 试验所需仪器、试剂耗材 |
| 2.2.1 试验所需仪器及品牌型号 |
| 2.2.2 试验所需试剂耗材 |
| 2.2.3 试验所需制备的试剂及制备方法 |
| 2.3 目标基因导入系、聚合系的培育 |
| 2.4 抗病虫以及香味鉴定 |
| 2.4.1 抗病虫鉴定 |
| 2.4.2 香味鉴定 |
| 2.5 分子标记辅助选择 |
| 2.5.1 DNA提取 |
| 2.5.2 分子标记引物 |
| 2.5.3 PCR |
| 2.5.4 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.6 农艺性状的考察 |
| 3 结果和分析 |
| 3.1 抗稻褐飞虱基因导入系的抗性表现 |
| 3.2 抗稻白叶枯病基因导入系的抗性表现 |
| 3.3 抗稻瘟病基因导入系的抗性表现 |
| 3.4 香味基因导入系的培育 |
| 3.5 双目标基因聚合系的抗性和香味表现 |
| 3.6 三目标基因聚合系的抗性和香味表现 |
| 3.7 聚合系农艺性状的表现及差异 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 双基因聚合系培育 |
| 4.1.2 三基因聚合系培育 |
| 4.2 结论 |
| 4.3 创新点 |
| 4.3.1 香味基因和抗性基因的聚合 |
| 4.3.2 多抗性基因聚合系培育 |
| 4.4 问题与展望 |
| 4.4.1 分子标记辅助选择方面的问题与展望 |
| 4.4.2 水稻种植资源创新方面的问题与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 硕士在读期间发表的论文 |
（2）江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 DNA分子标记发展 |
| 1.2 SSR标记及检测技术 |
| 1.3 SNP标记及检测技术 |
| 1.3.1 SNP标记 |
| 1.3.2 SNP标记检测技术 |
| 1.3.3 几种SNP标记检测技术比较 |
| 1.4 DNA分子标记技术的应用 |
| 1.4.1 DNA指纹图谱构建及品种鉴定 |
| 1.4.2 水稻重要性状基因定位 |
| 1.4.3 作物遗传改良中的应用 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 水稻材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 水稻总DNA提取 |
| 2.2.2 KASP标记开发 |
| 2.2.3 KASP标记多态性验证 |
| 2.2.4 PCR、酶切及凝胶电泳检测 |
| 2.2.5 农艺性状调查 |
| 2.2.6 咪唑乙烟酸除草剂处理 |
| 2.2.7 统计分析 |
| 第3章 结果与分析 |
| 3.1 江苏粳稻品种间候选SNP位点筛选 |
| 3.2 江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发 |
| 3.3 KASP标记在不同区域或类型品种间的多态性分析 |
| 3.4 KASP标记在江苏粳稻品种鉴定中的应用 |
| 3.5 江苏粳稻品种间的遗传多样性分析 |
| 3.6 国内外不同区域种质资源主要农艺表型分析 |
| 3.7 收集的530份品种资源间的遗传相似性初步分析 |
| 3.8 抗稻瘟病基因Pid3的功能性KASP标记开发 |
| 3.9 金粳818中抗除草剂基因功能性KASP标记开发 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 KASP标记在水稻品种鉴定中具有更广泛的应用前景 |
| 4.2 江苏粳稻品种间高多态性的KASP标记开发 |
| 4.3 KASP标记指纹在粳稻品种鉴定中的应用及多样性分析 |
| 4.4 基因功能标记在品种鉴定中的应用 |
| 参考文献 |
| 附录一: 研究中涉及到的530份种质资源信息 |
| 附录二: 从3k品种序列中筛选SNP位点的R语言程序代码 |
| 附表三: 水稻3K品种中涉及的78份中国粳稻品种名 |
| 附录四: 江苏近年审定推广的141个粳稻品种在76个KASP标记位点的DNA指纹 |
| 附录五: 在76个KASP标记指纹检测中差异位点数在1-4个的9对品种信息及差异的标记位点 |
| 附录六: 在60个SSR标记指纹检测中差异位点数在1-4个的6对品种信息及差异的标记位点 |
| 附录七: 基于76个KASP标记指纹的141份品种的遗传相似系数 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（3）FBI技术的开发及其在水稻育种中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 分子标记与MAS育种 |
| 1.2 高通量的SNP标记方法 |
| 1.2.1 基于基因芯片杂交的分子标记 |
| 1.2.2 基于测序技术的分子标记 |
| 1.2.3 实验室已开发的高通量SNP分子标记方法 |
| 1.3 本研究的目的与意义 |
| 1.3.1 课题来源 |
| 1.3.2 本研究的目的与意义 |
| 1.3.3 FBI技术的设计原理 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料、主要仪器和试剂耗材 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要仪器及其在研究中的用途 |
| 2.1.3 重要实验试剂与耗材 |
| 2.1.4 引物序列及位点信息 |
| 2.2 实验研究方法 |
| 2.2.1 目标前景(特异位点)检测引物的设计 |
| 2.2.2 多引物(1条、2条、6条、12条)FBI-seq体系实验流程 |
| 2.2.3 生物信息学分析方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 FBI方法的开发 |
| 3.1.1 单个前景(单引物)的验证 |
| 3.1.2 多个前景(2、6、12 引物)尝试以及体系的摸索 |
| 3.1.3 多引物的Tag情况分析 |
| 3.1.4 不同引物在不同作物中的通用性研究 |
| 3.1.5 错配结合的规律分析—高保真 DNA 聚合酶和非高保真DNA聚合酶的对比 |
| 3.2 FBI-seq方法的应用-广东水稻所水稻株系与标记结果的分析 |
| 3.2.1 亲本及子代测序数据 |
| 3.2.2 子代株系的前景结果 |
| 3.2.3 背景分析--染色体重组断点分析 |
| 3.2.4 背景分析--黄华占核心基因组区段的分析 |
| 3.2.5 表型结果分析 |
| 4 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间论文发表情况 |
（4）全基因背景分子选择改良水稻光温敏核不育系丰39S的病虫抗性（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 水稻光温敏核不育系的研究进展 |
| 1.2.1 水稻光温敏不育系的发现与育性转换特性研究 |
| 1.2.2 水稻光温敏核不育系不育基因的定位与克隆 |
| 1.2.3 水稻光温敏雄性不育基因的分子机理研究 |
| 1.2.3.1 水稻光敏不育基因克隆与调控机理 |
| 1.2.3.2 水稻温敏不育基因的克隆与调控机理 |
| 1.2.4 其他类型的光温敏不育基因的分子机制 |
| 1.3 水稻稻瘟病研究进展 |
| 1.3.1 稻瘟病菌的生理小种鉴别体系的建立 |
| 1.3.2 水稻稻瘟病抗性基因的研究进展 |
| 1.4 水稻白叶枯病研究进展 |
| 1.4.1 白叶枯病发生的基本概况 |
| 1.4.2 水稻白叶枯病抗性基因的研究进展 |
| 1.5 水稻褐飞虱的研究进展 |
| 1.5.1 褐飞虱的生物型研究 |
| 1.5.2 水稻抗褐飞虱基因的研究进展 |
| 1.5.2.1 褐飞虱抗性资源概况与抗性基因的定位和克隆 |
| 1.5.2.2 褐飞虱抗性基因的功能及分子机制研究 |
| 1.6 水稻抗病虫基因聚合育种的研究进展 |
| 1.6.1 同类抗性基因的聚合育种研究 |
| 1.6.2 不同类抗性基因的聚合育种研究 |
| 1.7 全基因组选择策略及其在水稻遗传改良中的应用 |
| 1.7.1 全基因组背景分子选择策略 |
| 1.7.2 全基因组背景选择在水稻育种中的应用 |
| 1.8 本研究的目的与意义 |
| 第二章 分子标记选择改良丰39S的稻瘟病抗性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 试验材料与方法 |
| 2.2.1 供试水稻材料 |
| 2.2.2 回交和分子标记选择的技术路线 |
| 2.2.3 用于目标基因和背景选择的分子标记 |
| 2.2.4 DNA提取、PCR扩增和检测 |
| 2.2.5 稻瘟病抗性鉴定 |
| 2.2.6 人工气候箱育性转换特性鉴定 |
| 2.2.7 武汉自然条件下的花粉育性动态观察 |
| 2.2.8 生育特性观察、主要农艺性状考察和稻米品质分析 |
| 2.2.9 开花习性观察 |
| 2.2.10 组合测配及杂交组合的优势鉴定 |
| 2.2.11 数据分析与计算 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 受体亲本丰39S与供体亲本华1201S的遗传背景多态性分析 |
| 2.3.2 抗稻瘟病新不育系株系的选育过程 |
| 2.3.3 稻瘟病抗性鉴定结果 |
| 2.3.3.1 新不育系株系的稻瘟病自然诱发鉴定结果 |
| 2.3.3.2 新不育系株系所配杂交组合的稻瘟病自然诱发鉴定结果 |
| 2.3.3.3 新不育系株系和所配杂交组合的稻瘟病人工接种鉴定结果 |
| 2.3.4 新不育系株系的育性转换特性鉴定结果 |
| 2.3.4.1 人工气候箱不同温度处理条件下的育性表现 |
| 2.3.4.2 武汉田间自然条件下的育性表现 |
| 2.3.5 新不育系株系的主要农艺性状和稻米品质表现 |
| 2.3.6 新不育系株系所配杂交组合的产量及主要农艺性状表现 |
| 2.3.6.1 改良不育系所配杂交组合在海南的产量及主要农艺性状表现 |
| 2.3.6.2 改良不育系所配杂交组合在湖北5 个试验点的产量及主要农艺性状表现 |
| 2.3.7 新不育系株系所配杂交组合的稻米品质表现 |
| 2.3.7.1 改良不育系所配杂交组合在海南的稻米品质表现 |
| 2.3.7.2 改良不育系所配杂交组合在湖北5 个试验点的综合稻米品质表现 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 背景选择能显着提高回交育种的选择效率 |
| 2.4.2 育种芯片能有效用于背景分析和指导定向改良 |
| 2.4.3 新不育系及其所配组合的应用前景探讨 |
| 第三章 全基因组背景分子选择改良丰39S的稻瘟病、白叶枯病及褐飞虱抗性 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 试验材料与方法 |
| 3.2.1 试验水稻材料 |
| 3.2.2 供试的水稻白叶枯病菌株 |
| 3.2.3 供试的褐飞虱来源 |
| 3.2.4 目标基因的正向及负向选择标记的筛选 |
| 3.2.5 用于遗传背景选择的SNP育种芯片 |
| 3.2.6 单基因系创建和基因聚合的技术路线 |
| 3.2.7 白叶枯病抗性鉴定 |
| 3.2.8 褐飞虱抗性鉴定 |
| 3.2.8.1 苗期抗性鉴定 |
| 3.2.8.2 成株期抗性鉴定 |
| 3.2.9 一般配合力分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 目标抗性基因的正向选择和负向选择标记的筛选 |
| 3.3.2 用于单基因系创建的背景选择的SSR标记筛选 |
| 3.3.3 基于SNP育种芯片的亲本间多态性分析 |
| 3.3.4 Pi2 单基因导入系的创建 |
| 3.3.5 Xa7 单基因导入系的创建 |
| 3.3.6 Xa23、Bph14和Bph15 单基因导入系的创建 |
| 3.3.7 多基因聚合系的创建 |
| 3.3.8 基于重测序的遗传背景分析 |
| 3.3.9 创建的导入系及其所配组合抗性鉴定结果 |
| 3.3.9.1 稻瘟病抗性鉴定结果 |
| 3.3.9.2 白叶枯病抗性鉴定结果 |
| 3.3.9.3 褐飞虱抗性结果 |
| 3.3.10 创建的导入系的育性转换特性鉴定结果 |
| 3.3.11 创建的导入系的主要农艺性状表现 |
| 3.3.12 创建的导入系的稻米品质分析结果 |
| 3.3.13 多基因聚合系所配杂交组合的产量、主要农艺性状和稻米品质表现 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 全基因组背景分子选择技术是实现精准育种的有效方法 |
| 3.4.2 基于SNP育种芯片的背景检测能实现目标基因的高效导入 |
| 3.4.3 水稻光温敏核不育系改良策略的若干探讨 |
| 3.4.4 导入的抗性基因对主要农艺性状的影响 |
| 3.4.5 多基因聚合株系的应用前景 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 人工气候箱育性鉴定的光温参数设置条件 |
| 附录2 2017-2020 年稻瘟病人工接种抗性鉴定结果 |
| 附录3 Xa23、Bph14和Bph15 单基因导入系的具体创建过程 |
| 作者简介 |
| 在读期间的研究成果 |
| 致谢 |
（5）两个水稻材料抗褐飞虱主效基因精细定位与候选基因初步分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 褐飞虱研究概况 |
| 1.1.1 褐飞虱形态特征 |
| 1.1.2 褐飞虱生物型 |
| 1.1.3 褐飞虱的分布、危害及防治 |
| 1.2 水稻抗褐飞虱基因研究概况 |
| 1.2.1 作物基因定位群体 |
| 1.2.2 QTL定位方法 |
| 1.2.3 植物基因克隆方法 |
| 1.2.4 水稻抗褐飞虱基因的定位 |
| 1.2.5 水稻抗褐飞虱基因的克隆 |
| 1.2.6 水稻抗褐飞虱基因的育种应用 |
| 1.2.7 分子标记技术在基因聚合育种中的应用 |
| 1.3 植物与昆虫互作机理研究 |
| 1.3.1 植物生理抗性类型 |
| 1.3.2 植物抗虫机理研究 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 褐飞虱来源 |
| 2.3 分子标记种类与来源 |
| 2.4 主要试剂 |
| 2.5 主要仪器设备 |
| 2.6 实验方法 |
| 2.6.1 褐飞虱抗性鉴定方法 |
| 2.6.2 水稻叶片DNA提取 |
| 2.6.3 多态性分子标记的筛选 |
| 2.6.4 PCR扩增与电泳 |
| 2.6.5 抗褐飞虱基因精细定位方法 |
| 2.6.6 水稻叶鞘总RNA提取和反转录 |
| 2.6.7 RT-PCR |
| 2.6.8 基因组序列扩增 |
| 2.6.9 CRISPR/Cas9载体构建方法 |
| 2.6.10 水稻农艺性状考察方法 |
| 2.6.11 数据统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 水稻材料CL48抗褐飞虱基因精细定位及候选基因分析 |
| 3.1.1 抗源CL48及重组单株的褐飞虱抗性鉴定 |
| 3.1.2 抗褐飞虱基因精细定位 |
| 3.1.3 抗褐飞虱基因进一步精细定位 |
| 3.1.4 定位区段候选基因分析 |
| 3.1.5 水稻叶鞘总RNA提取及反转录 |
| 3.1.6 基因组序列的扩增 |
| 3.1.7 CRISPR/Cas9载体构建 |
| 3.1.8 抗褐飞虱基因介导的抗性机理分析 |
| 3.2 水稻材料CL123抗褐飞虱基因精细定位 |
| 3.2.1 分子标记检测回交后代基因型 |
| 3.2.2 回交群体褐飞虱抗性鉴定 |
| 3.2.3 抗褐飞虱基因精细定位 |
| 3.2.4 回交后代农艺性状考察 |
| 4 讨论与总结 |
| 4.1 水稻褐飞虱抗性基因定位 |
| 4.2 水稻抗褐飞虱基因的抗性机制 |
| 4.3 水稻抗褐飞虱基因的利用 |
| 5 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 主要创新点 |
| 5.3 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 1、水稻RNA提取方法 |
| 2、RNA质量鉴定 |
| 3、RNA反转录为c DNA |
| 4、PCR产物纯化方法 |
| 5、质粒提取方法 |
| 6、热激法转化大肠杆菌 |
| 7、本实验使用的试剂配制方法 |
| 致谢 |
| 硕士期间发表论文情况 |
（6）作物杂交种表型的全基因组选择模型研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 基因组选择研究背景 |
| 1.1.1 基因组选择的提出 |
| 1.1.2 基因组选择在动植物中的应用研究 |
| 1.2 影响基因组预测的主要因素 |
| 1.2.1 影响基因组预测的遗传因素 |
| 1.2.2 影响基因组预测的统计方法 |
| 1.3 基因组选择与作物杂交育种 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第2章 整合亲本表型预测水稻杂交种产量的基因组选择方法 |
| 2.0 前言 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据来源 |
| 2.1.2 预测方法 |
| 2.1.3 交叉验证 |
| 2.1.4 构建杂交种预测变量 |
| 2.1.5 整合亲本表型的模型构建 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 加性模型结合亲本表型的基因组预测 |
| 2.2.2 加显模型结合亲本表型的基因组预测 |
| 2.2.3 预测力的方差分析 |
| 2.2.4 不同预测方法对不同性状预测力的比较 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 第3章 结合辅助性状的玉米基因组选择策略 |
| 3.0 前言 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料收集 |
| 3.1.2 统计方法 |
| 3.1.3 技术路线 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 性状间的相关分析 |
| 3.2.2 结合已知辅助性状的杂交种基因组预测 |
| 3.2.3 结合预测辅助性状的杂交种基因组预测 |
| 3.2.4 预测未经鉴定的杂交种 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间成果 |
| 致谢 |
（7）玉米耐盐基因主效位点挖掘及连锁分子标记的开发（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 玉米抗盐研究的重要性 |
| 1.2 盐胁迫对植物的影响 |
| 1.2.1 渗透胁迫 |
| 1.2.2 离子毒害 |
| 1.2.3 氧化胁迫 |
| 1.3 植物对盐胁迫的信号应答和转导 |
| 1.3.1 离子平衡 |
| 1.3.2 活性氧 |
| 1.3.3 有机渗透物质 |
| 1.3.4 植物激素 |
| 1.3.5 Ca~(2+)信号系统 |
| 1.4 耐盐性相关的分子基础研究进展 |
| 1.4.1 耐盐QTL研究进展 |
| 1.4.2 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.4.3 转录组测序分析 |
| 1.4.4 已发现的耐盐基因 |
| 1.5 分子标记辅助育种的开发与应用 |
| 1.5.1 分子标记辅助选择中DNA分子标记的选择 |
| 1.5.2 作图方法和作图群体的选择 |
| 1.5.3 分子标记辅助选择在育种中的应用 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 群体来源 |
| 2.1.2 遗传图谱与基因型数据 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 耐盐相关表型的考察及测定方法 |
| 2.2.2 表型数据处理与分析 |
| 2.2.2.1 正态分布检验 |
| 2.2.2.2 玉米耐盐性状的相关性分析 |
| 2.2.2.3 最佳线性无偏预测值的分布 |
| 2.2.2.4 基于最佳线性无偏预测值计算广义遗传力 |
| 2.2.3 遗传图谱构建与QTL分析 |
| 2.2.4 GWAS分析 |
| 2.2.5 转录组分析 |
| 2.2.5.1 总RNA的提取 |
| 2.2.5.2 转录组测序 |
| 2.2.5.3 差异表达基因分析及注释 |
| 2.2.6 候选基因的确定 |
| 2.2.7 SNP分子标记的开发 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 IBM Syn10 DH和GWAS群体中耐盐相关性状的表现 |
| 3.2 耐盐相关性状的相关性分析 |
| 3.3 BLUP值计算 |
| 3.4 基于BLUP值计算的广义遗传力 |
| 3.5 IBM Syn10 DH群体耐盐相关性状QTL定位 |
| 3.6 GWAS群体的全基因组关联分析 |
| 3.7 转录组分析 |
| 3.8 共定位 |
| 3.8.1 全基因组关联分析与QTL结果比较 |
| 3.8.2 关联分析与连锁分析与差异表达基因的比较 |
| 3.9 分子标记的开发 |
| 4 讨论 |
| 4.1 全基因组关联分析与QTL定位的一致性位点 |
| 4.2 耐盐候选基因功能 |
| 4.3 分子标记的开发 |
| 5 结论 |
| 6 参考文献 |
| 7 附录 |
| 8 致谢 |
| 9 攻读学位期间发表论文的情况 |
（8）三个小麦品种（系）条锈病抗性遗传解析以及成株期抗条锈病基因YrXZ9104的精细定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小麦条锈病 |
| 1.1.1 小麦条锈病的生物学特征 |
| 1.1.2 小麦条锈菌及其生理小种 |
| 1.1.3 条锈病的危害及防治办法 |
| 1.2 小麦对条锈菌抗病性研究进展 |
| 1.2.1 抗条锈病基因分类及来源 |
| 1.2.2 高温成株期抗性 |
| 1.3 抗条锈病的遗传研究 |
| 1.3.1 抗病遗传学研究历史 |
| 1.3.2 抗条锈病基因来源 |
| 1.3.3 DNA分子标记研究进展 |
| 1.4 抗条锈病基因遗传定位及克隆的研究进展 |
| 1.4.1 抗条锈病基因遗传定位的研究进展 |
| 1.4.2 小麦抗条锈病基因的研究进展 |
| 1.4.3 植物免疫系统的研究进展 |
| 1.5 抗病育种新技术的研究进展 |
| 1.5.1 常规育种 |
| 1.5.2 分子标记辅助选择育种(MAS) |
| 1.5.3 转基因技术的发展 |
| 1.5.4 常规育种和分子育种的结合 |
| 1.6 本文的研究目的与意义 |
| 1.7 技术路线 |
| 第二章 陕西小麦品种陕农33条锈病抗性遗传解析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 温室鉴定 |
| 2.1.3 成株期鉴定 |
| 2.1.4 SNP的调用和集群 |
| 2.1.5 连锁图谱构建与QTL分析 |
| 2.1.6 与先前报道的Yr基因/QTL比较分析 |
| 2.1.7 利用连锁PCR标记鉴定各基因/QTL的频率 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 表型数据分析 |
| 2.2.2 遗传连锁图谱构建 |
| 2.2.3 成株期表型鉴定与分析 |
| 2.2.4 苗期抗条锈病QTL定位 |
| 2.2.5 成株期抗条锈病QTL定位和聚合分析 |
| 2.2.6 叶片坏死相关基因的定位 |
| 2.2.7 与先前已知的Yr基因的比较 |
| 2.2.8 Yr17、Yr29、Yr78和QYrsn.nwafu-3DL的分布频率 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 陕西小麦品种西农3517条锈病抗性遗传解析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 小麦材料 |
| 3.1.2 温室鉴定 |
| 3.1.3 成株期鉴定 |
| 3.1.4 基因分型 |
| 3.1.5 遗传连锁图谱构建和QTL分析 |
| 3.1.6 外显子捕获混池测序(BSE-seq) |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 表型鉴定 |
| 3.2.2 遗传图谱构建 |
| 3.2.3 QTL定位与BSE-seq结果分析 |
| 3.2.4 QTL聚合分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 CIMMYT小麦品系P9936条锈病抗性遗传解析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 小麦材料 |
| 4.1.2 温室试验 |
| 4.1.3 田间试验 |
| 4.1.4 表型分析 |
| 4.1.5 RIL群体的基因分型 |
| 4.1.6 连锁群的构建与QTL定位 |
| 4.1.7 KASP标记验证 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 亲本和重组自交系的条锈病抗病评价 |
| 4.2.2 遗传连锁图谱构建 |
| 4.2.3 QTL定位 |
| 4.2.4 主效QTL在7BL染色体上的位置 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 成株期抗条锈病基因YrXZ9104的精细定位 |
| 5.1 材料方法 |
| 5.1.1 材料与遗传群体构建 |
| 5.1.2 DNA提取与SNP分型 |
| 5.1.3 温室鉴定与成株期鉴定 |
| 5.1.4 BSA混池分析 |
| 5.1.5 KASP分子标记的开发设计及PCR检测 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 苗期鉴定 |
| 5.2.2 成株期鉴定 |
| 5.2.3 基因分型 |
| 5.2.4 BSA分析 |
| 5.2.5 突变体库的创制与感病突变体的筛选 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 基于660K芯片的BSA混池 |
| 5.3.2 关于精细定位的探讨 |
| 5.3.3 关于图位克隆的展望 |
| 第六章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（9）甘蓝型油菜桔红花色基因Bnpc2的精细定位及桔红花色基因连锁标记的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 油菜研究背景 |
| 1.2 植物花色研究 |
| 1.2.1 植物花色的起源 |
| 1.2.2 植物花色的功能 |
| 1.3 类胡萝卜素代谢 |
| 1.3.1 类胡萝卜素的结构与功能 |
| 1.3.2 类胡萝卜素的生物合成 |
| 1.4 油菜花色研究 |
| 1.4.1 油菜花色遗传研究现状 |
| 1.4.2 油菜花色性状的基因定位研究现状 |
| 1.5 分子标记辅助育种 |
| 1.5.1 分子标记的分类 |
| 1.5.1.1 SSR标记 |
| 1.5.1.2 AFLP标记 |
| 1.5.1.3 SNP标记 |
| 1.5.1.4 SCAR标记 |
| 1.5.2 分子标记的应用 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 第2章 桔红花色Bnpc2 基因的精细定位及比较分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.1.1 Bnpc2 定位群体 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.2.1 定位群体的构建 |
| 2.1.2.2 引物设计 |
| 2.1.2.3 遗传连锁图谱的构建 |
| 2.1.2.4 Bnpc2 共显性标记的开发 |
| 2.1.2.5 Bnpc2 候选区间的比较分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 Bnpc2 位点遗传连锁图谱的构建 |
| 2.2.2 共显性标记的开发 |
| 2.2.3 候选区间的比较分析 |
| 2.3 讨论与结论 |
| 第3章 Bnpc2 表达分析和类胡萝卜素成分分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.1.1 qPCR分析 |
| 3.1.1.2 类胡萝卜素各组分含量分析 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.1.2.1 实时定量PCR分析 |
| 3.1.2.2 类胡萝卜素组分含量测定方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 Bna A09.ZEP的表达模式 |
| 3.2.2 黄花和桔红花瓣中类胡萝卜素各组分含量的测定 |
| 3.3 讨论与结论 |
| 第4章 春性甘蓝型油菜恢复系的桔红花色位点鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.1.1 桔红花色位点鉴定 |
| 4.1.1.2 分离比调查 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.1.2.1 播种 |
| 4.1.2.2 总DNA提取 |
| 4.1.2.3 PCR扩增体系 |
| 4.1.2.4 电泳检测 |
| 4.1.2.5 田间工作 |
| 4.1.2.6 共分离标记的设计 |
| 4.1.2.7 分离比调查 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 共分离标记辅助选择Bnpc1和Bnpc2 基因 |
| 4.2.2 桔红花色位点鉴定 |
| 4.2.3 分离比调查 |
| 4.3 讨论与结论 |
| 第5章 桔红花色甘蓝型油菜恢复系的选育 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 桔红花色春性甘蓝型油菜恢复系的快速选育 |
| 5.3 讨论与结论 |
| 第6章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）分子标记辅助选育甘蓝型油菜高油酸恢复系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 前言 |
| 1.1 油菜脂肪酸生物合成及油酸含量的遗传基础 |
| 1.1.1 油菜脂肪酸的生物合成 |
| 1.1.2 油酸含量的遗传基础 |
| 1.2 油菜FAD2基因的研究进展 |
| 1.2.1 FAD2是控制油菜油酸含量的关键基因 |
| 1.2.2 甘蓝型油菜FAD2基因拷贝数及功能 |
| 1.3 油菜高油酸育种的主要方法 |
| 1.3.1 传统育种 |
| 1.3.2 诱变育种 |
| 1.3.3 基因工程育种 |
| 1.4 分子标记技术在作物遗传育种中的应用 |
| 1.4.1 分子标记辅助选择在作物遗传育种中的应用 |
| 1.4.2 甘蓝型油菜高油酸QTL定位 |
| 1.4.3 油酸分子标记的开发及应用 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验材料的种植与管理 |
| 2.3 技术路线 |
| 2.3.1 标记开发技术路线 |
| 2.3.2 回交育种技术路线 |
| 2.4 BnaA.FAD2.A基因等位基因特异引物及In Del连锁标记的设计 |
| 2.4.1 与BnaA.FAD2.A基因连锁的标记In Del标记设计 |
| 2.4.2 BnaA.FAD2.A等位基因特异引物设计 |
| 2.4.3 KASP标记开发 |
| 2.5 分子标记及分子标记辅助选择 |
| 2.5.1 前景选择分子标记 |
| 2.5.2 前景选择的目标 |
| 2.5.3 背景选择分子标记 |
| 2.5.4 背景选择的目标 |
| 2.6 试验方法 |
| 2.6.1 叶片DNA的提取 |
| 2.6.2 辅助选择标记PCR扩增 |
| 2.6.3 PCR产物的电泳检测 |
| 2.6.4 气相色谱法测定种子油酸含量 |
| 2.6.5 田间试验材料的自交与杂交 |
| 2.6.6 油酸表型考察 |
| 2.6.7 农艺性状考察 |
| 2.7 数据统计及分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序质量评估 |
| 3.2 BnaA.FAD2.A基因连锁标记和等位基因特异标记开发 |
| 3.2.1 与BnaA.FAD2.A基因连锁的In Del标记开发及验证 |
| 3.2.2 L3高油酸等位基因突变位点的确定及等位基因特异标记开发 |
| 3.2.3 J-4008 BnaA.FAD2.a KASP标记的开发 |
| 3.3 群体的前景选择和背景选择 |
| 3.3.1 BC_1F_1群体的分子标记辅助选择和自交种油酸含量分析 |
| 3.3.2 BC_2F_1群体的前景选择和自交种油酸含量分析 |
| 3.3.3 BC_3F_1群体的前景选择和背景选择 |
| 3.3.4 BC_3F_2群体前景选择 |
| 3.4 BC_3F_2油酸表型考察 |
| 3.5 BC_3F_2世代中选单株农艺性状考察 |
| 4 讨论 |
| 4.1 不同环境条件对甘蓝型油菜种子油酸含量的影响 |
| 4.2 不同类型前景选择标记选择效果的比较 |
| 4.3 不同类型分子标记在背景选择中的效果分析 |
| 4.4 不同转育材料油酸含量差异分析 |
| 4.5 分子标记辅助回交育种的策略 |
| 4.6 进一步工作设想 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 BnaA.FAD2.A连锁标记筛选全部引物信息 |
| 附录2 背景分析标记筛选全部引物信息 |
| 附录3 亲本序列分析亲缘关系分析 |
| 附录4 不同轮回亲本及其改良单株间种子油酸含量比较 |
| 致谢 |
四、分子标记辅助选择在植物育种中的应用与前瞻（论文参考文献）
- [1]标记辅助选择培育水稻抗稻褐飞虱、稻白叶枯病、稻瘟病和香味聚合系[D]. 刘梦煜. 广西大学, 2021(12)
- [2]江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用[D]. 崔傲. 扬州大学, 2021(09)
- [3]FBI技术的开发及其在水稻育种中的应用[D]. 张鹏. 广西大学, 2021(12)
- [4]全基因背景分子选择改良水稻光温敏核不育系丰39S的病虫抗性[D]. 杨大兵. 华中农业大学, 2021
- [5]两个水稻材料抗褐飞虱主效基因精细定位与候选基因初步分析[D]. 鄢柳慧. 广西大学, 2021(12)
- [6]作物杂交种表型的全基因组选择模型研究[D]. 赵越. 扬州大学, 2021(09)
- [7]玉米耐盐基因主效位点挖掘及连锁分子标记的开发[D]. 康从彬. 山东农业大学, 2021(01)
- [8]三个小麦品种（系）条锈病抗性遗传解析以及成株期抗条锈病基因YrXZ9104的精细定位[D]. 黄硕. 西北农林科技大学, 2021
- [9]甘蓝型油菜桔红花色基因Bnpc2的精细定位及桔红花色基因连锁标记的应用[D]. 张亚妮. 青海大学, 2021(02)
- [10]分子标记辅助选育甘蓝型油菜高油酸恢复系[D]. 郭聚领. 华中农业大学, 2020(05)