一、对利福平耐药的结核分枝杆菌rpoB基因突变与耐药程度关系的探讨（论文文献综述）
严冬丽[1]（2021）在《微阵列基因芯片法检测结核分枝杆菌及其耐药基因的研究》文中研究表明目的分析微阵列基因芯片法检测结核分枝杆菌耐药基因的特征性,为耐多药结核的临床诊断提供参考依据。方法选择2018年1月至2020年6月期间四川省甘孜藏族自治州疑似结核病患者170例作为研究对象。采用微阵列基因芯片法检测结核分枝杆菌的耐药基因,以改良罗氏培养加比例法药敏试验作为标准,计算微阵列基因芯片法对利福平、异烟肼耐药诊断的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和准确度。结果 170例患者痰液检出rpoB、KatG和inhA-15基因阳性检出率均为100.00%,基因突变率分别为11.76%、15.88%,0.00%。改良罗氏培养加比例法药敏试验检测总耐药率为23.53%,耐多药率为3.53%,利福平耐药率为8.82%,异烟肼耐药率11.18%,微阵列基因芯片法对利福平耐药的诊断灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和准确度分别为96.77%、100.00%、100.00%、75.00%、97.06%;对异烟肼耐药的诊断灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和准确度分别为94.70%、100.00%、100.00%、70.37%、95.29%。结论微阵列基因芯片法可准确检测大部分疑似结核病患者rpoB基因突变导致的利福平耐药,KatG与inhA基因突变导致异烟肼耐药,为临床用药方案的制定提供指导意义。
张洁[2]（2021）在《北京地区复治结核病患者菌型分析及耐药性研究》文中认为1.北京耐药监测点结核分枝杆菌的耐药性研究目的:分析北京市怀柔结核病监测点结核分枝杆菌的耐药谱和基因突变情况。方法:收集2009年1月至2018年12月北京市怀柔区结核病患者临床分离株250株。采用比例法药物敏感性实验检测这些临床分离株对4种一线抗结核药及7种二线抗结核药的耐药谱。采用分子线性探针法快速检测对利福平（Rifampicin,RFP）和异烟肼（Isoniazid,INH）的耐药性。结果:235株被鉴定为结核分枝杆菌的分离株中有79株（33.6%）对一种或多种药物耐药。其中单药耐药18例（7.7%）,多耐药19例（8.1%）,RFP耐药28例（11.9%）,耐多药（multidrug-resistance,MDR）24 例（10.2%）,准广泛耐药7例（3.0%）,广泛耐药2例（0.9%）。复治患者的耐多药比例高于初治患者（34.5%vs.6.8%,p<0.01）,耐药菌株中RFP耐药主要是rpoB基因S531L位点突变（62.5%）,INH耐药主要是katG基因S315T1位点突变,占62.9%。结论:北京怀柔结核病监测点复治患者所分离的结核分枝杆菌MDR率显着高于初治患者。详细的药物敏感性实验结果对耐药结核病的治疗至关重要。检测耐药菌株的常见基因突变可快速准确的诊断耐多药结核病,这也将改善患者治疗效果并降低传播率。2.北京地区复治结核病耐药性研究目的:掌握北京地区复治患者结核分枝杆菌分离株的耐药情况。方法:对北京地区2017年1月至2019年12月复治肺结核患者展开调查,通过菌株库信息的比对,查找出已登记的第一株和最后一株来自同一患者的结核分枝杆菌配对菌株134对268例,采用分子线性探针法快速检测对利福平和异烟肼的耐药性。对复治患者末次分离株进行比例法药物敏感性实验。结果:北京地区复治患者初始分离株中单耐INH 比例为9.0%,高于末次分离株中单耐 INH 比例（X2=4.254,P<0.05）。复治患者 MDR 率为 29.9%（40/134）,复发患者MDR率为23.1%（18/78）。非复发的复治患者MDR率高于复发患者（X2=4.090,P<0.05）。有耐药性变化患者共14例,占比为10.4%,其中10例（71.4%）患者分离株从敏感变为耐药,4例（28.6%）患者的分离株由耐药变成敏感。耐药菌株中,利福平耐药株以rpoB基因S531L位点突变为主（63.0%）,70.5%的异烟肼耐药株为katG基因S315T1位点发生突变。比例法药敏结果显示复发患者任何耐药率为57.7%,非复发患者任何耐药率为53.1%。结论:北京地区复治患者初始分离株中单耐INH的比例比末次分离株高,非复发的复治患者MDR率高于复发患者,临床上一旦诊断为结核病,应该要立即治疗,联合、规范用药,坚持治疗防止发展为耐药结核病,甚至耐多药结核病。3.北京地区复治结核病患者菌型分析目的:通过比较北京地区复治结核病患者前后两次发病时菌株的基因型有无发生变化,从而了解患者的发病原因。再以复治结核患者末次菌株为研究对象,了解北京地区复治患者结核分枝杆菌的基因型及成簇特征。方法:以北京地区2017年1月至2019年12月复治肺结核患者为研究对象,通过RD105缺失基因法及15位点可变数目串联重复序列基因分型实验比较复治肺结核患者前后两次发病时结核分枝杆菌基因型的差异,从而判断结核病的发病原因。再以复治结核患者末次菌株为研究对象,评价该基因分型技术对北京地区复治患者结核分枝杆菌的分辨能力,对流行于复治患者中的结核分枝杆菌从系统发育学方面进行研究,掌握复治患者结核分枝杆菌的遗传特征。结果:复治患者内源性复燃占比为75.4%（101/134）,外源性再感染比例为24.6%（33/134）;复发结核病患者内源性复燃占比为65.4%（51/78）,外源性再感染比例为34.6%（27/78）。获得性耐药比例为60%（6/10）,原发性耐药为40%（4/10）。复治患者末次分离的134例结核分枝杆菌中,126例为北京型,8例为非北京型。134株结核分枝杆菌呈现110种基因型,包括2个同源复合群和25个独特型。33株菌成9个簇,成簇率为17.9%。结论:北京地区复治结核病患者发病的主要原因是内源性复燃,也存在小范围内的流行,且主要流行菌株为北京基因型,呈现出较高的遗传多样性。4.全基因组测序在耐多药结核分枝杆菌研究中的应用目的:通过全基因组测序了解复治MDR患者临床分离株的基因谱系以及传播关系,并对每株结核分枝杆菌的全基因组进行16种药的耐药性预测。方法:北京地区2017年1月至2019年12月期间复治肺结核患者临床分离株,经分子线性探针技术检测为MDR的40例菌株,采用改良的CTAB法提取结核分枝杆菌全基因组,通过全基因组测序掌握耐多药结核分枝杆菌的谱系特征及传播关系,通过提取各耐药位点的序列比对信息,分析各耐药位点的突变,根据数据库中突变和耐药关系,预测耐药表型。结果:40例经线性探针法鉴定为MDR的菌株中,全基因组测序显示有1例为利福平敏感菌株。40例结核分枝杆菌均为谱系2,其中亚谱系L2.2.1有33株,L2.2.2 有 7 株;29 株（72.5%,29/40）为“现代”北京型,11 株（27.5%,11/40）为“古老”北京型。40例菌株中2例成簇。共发现16个与耐药相关的基因,有11例菌株对同种抗结核药存在两个及以上耐药基因。结论:北京地区复治结核病患者MDR分离株主要为谱系2,“现代”北京型占多数,检测与耐药相关的基因位点突变可以预测耐药。
张幽蕾,周笑,吴灵君,薄旭芬,陈意,汪宇清[3]（2020）在《肺结核患者结核分枝杆菌利福平基因突变特征及耐药情况》文中研究说明目的探讨肺结核患者当中的结核分枝杆菌利福平基因发生突变的特征,同时分析其耐药情况,为耐药结核病的预防和治疗提供科学依据。方法选取2016年6月—2018年12月杭州师范大学附属医院收治的肺结核患者532例,依据其痰液中的结核分枝杆菌耐药性分为耐药株（218株）及敏感株（314株）。测定2组菌株的rpoB基因序列及最低抑菌浓度（MIC）值水平。结果 218株耐药菌株中180株为单重突变耐药菌株,rpoB基因结构分析发现,发生比率最高的突变密码子分别为526位（13.2%）、531位（74.4%）。206株（94.5%）耐药菌株出现至少1个突变位点,且均位于耐利福平决定区（RRDR）,12株（5.5%）耐药菌株突变位点在RRDR之外。有4株耐药菌株在RRDR之内发生同义突变,4株耐药菌株在RRDR之外发生同义突变。H37Rv密码子未发生任何突变。有8株敏感菌株发生同义突变在RRDR之外。单重突变菌株的RIF平均MIC值水平为（47.34±2.04）μg/mL,显着低于多种突变菌株平均MIC值水平[（118.24±3.95）μg/mL,t=107.636,P<0.001]。526单密码子平均MIC值水平与531单密码子突变菌株的MIC值水平比较差异无统计学意义（P>0.05）。多重密码子突变菌株的MIC值水平为（116.03±5.06）μg/mL高于单重密码子平均MIC值水平[（47.08±1.31）μg/mL,t=85.530,P<0.001]。结论利福平耐药性机制可能与rpoB基因的起始端531位、526位等突变相关,rpoB基因序列可用于预测结核分枝杆菌中的利福平耐药情况及表型。
郑丹薇,石洁,苏茹月,朱岩昆,马晓光,王少华,孙定勇,李辉[4]（2020）在《结核分枝杆菌rpoB基因突变和利福平耐药水平相关研究》文中指出目的研究结核分枝杆菌rpoB基因突变和利福平耐药水平之间的相互关系。方法对39株分离株进行rpoB基因测序和利福平最小抑菌浓度（MIC）测定,并用fisher精确概率法分析对不同rpoB突变类型与利福平MIC的相关性进行分析。结果 39株利福平耐药菌株均存在rpoB基因错义突变。531位密码子是最常见的突变类型,84.6%（33/39）的利福平耐药菌株在该位点存在突变。统计学fisher精确概率法分析表明利福平在531位突变和高浓度耐药相关。结论基于rpoB基因测序有助于对利福平耐药进行预测。
古丽娜·巴德尔汗,李远春,阿依努尔·莫合买提,王乐,刘年强[5]（2020）在《DNA-微阵列芯片检测技术与Gene-Xpert MTB/RIF技术在新疆维吾尔自治区结核分枝杆菌耐药性诊断中的应用》文中研究指明目的探索DNA-微阵列芯片检测技术（以下简称基因芯片技术）和利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术（Gene-Xpert MTB/RIF技术）检测新疆维吾尔自治区结核分枝杆菌中利福平和异烟肼耐药性的应用价值。方法收集2015年新疆维吾尔自治区结核病耐药监测菌株115株,对所有的菌株进行比例法药敏试验、基因芯片技术、Gene-Xpert MTB/RIF技术检测。以比例法药敏试验为"金标准",分别计算基因芯片技术与Gene-Xpert MTB/RIF技术对结核分枝杆菌耐药性诊断的效能并进行评价。结果比例法药敏试验结果显示,利福平耐药患者40例（34.78%）,异烟肼耐药患者48例（41.74%）。以比例法药敏试验结果为"金标准",基因芯片技术检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药耐药性诊断的灵敏度、特异度分别为80.00%、89.33%和77.08%、97.01%,Gene-Xpert MTB/RIF技术检测结核分枝杆菌对利福平耐药性诊断的灵敏度、特异度分别为92.50%、94.67%。基因芯片技术和Gene-Xpert MTB/RIF技术对利福平耐药患者的诊断效能差异无统计学意义（P>0.05）。结论对于新疆维吾尔自治区结核病耐药监测菌株,基因芯片技术和Gene-Xpert MTB/RIF技术对耐药结核病的诊断均具有较高的灵敏度和特异度。Gene-Xpert MTB/RIF技术操作方法简单,检测时间短;基因芯片技术耐药检测范围广,耗时少,为新疆维吾尔自治区广泛开展耐药结核病快速检测提供了有力的技术支持。
徐峰,饶跃峰,张幸国,朱育银,车洋[6]（2020）在《宁波地区结核分枝杆菌基因突变位点确证及与异烟肼、利福平耐药关系研究》文中研究指明目的阐明宁波地区初治肺结核患者结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因突变特征,深入分析基因突变与异烟肼、利福平耐药关系,为临床抗结核治疗提供科学依据。方法采用1%比例法对2 455例结核分枝杆菌临床分离株进行药敏检测,对其中的耐药菌株和部分全敏菌株提取DNA,PCR扩增,对耐药菌株katG、inhA、rpoB基因测序,分析3种基因特征及基因突变与单耐药、耐多药关联性。结果 2 455例结核分枝杆菌临床分离株中,发现108例耐药结核分枝杆菌,其中单耐药75例（单耐异烟肼51例,利福平24例）,单耐药率为3.05%;33例耐多药,耐多药率为1.34%。33例耐多药菌株中,5例发生inhA基因错义突变,突变率为15.15%（5/33）,rpoB基因450位点（ser450leu）突变率为51.52%（17/33）,katG基因315位点（ser315thr）突变率为87.88%（29/33）,463位点（arg463leu）突变率为78.79%（26/33）。24例单耐利福平菌株中有17例发生rpoB基因错义突变,突变率为70.83%（17/24）,主要在446位点（lys446lysarg）发生,该位点突变率为45.83%（11/24）。51例单耐异烟肼菌株中有45例发生katG基因错义突变,突变率为88.23%（45/51）,315位点（ser315thr）突变率为72.55%（37/51）,463位点（arg463leu）突变率为64.71%（33/51）;22例发生inhA基因错义突变,突变率为43.14%（22/51）,145位点（val145valgly）突变率为27.45%（14/51）;5例发生rpoB基因错义突变,突变率为9.80%（5/51）,位点较分散。另外,108例耐药菌株中,有11例菌株发生rpoB、katG、inhA多基因联合突变,且在大多数位点发生错义突变,突变率为10.18%（11/108）。结论 rpoB、katG、inhA基因在450（ser450leu）、315（ser315thr）、446（lys446lysarg）、463（arg463leu）、145（val145valgly）等位点突变和宁波区结核分枝杆菌对异烟肼、利福平耐药密切相关,其中rpoB、inhA基因的主要突变位点和突变频率存在明显地区差异。
王明栋,秦万,夏凤琼,欧维正,张娟,徐勇,杨儒斌[7]（2020）在《1例利福平rpoB基因多个位点缺失引起的耐药分析》文中研究指明耐药结核病的流行使当前结核病的控制工作面临着严峻的挑战。研究发现,结核病初治耐药的形成一方面与结核分枝杆菌的基因变异有关,另一方面是健康人被复治的耐药患者携带的结核分枝杆菌传染所致,而复治耐药结核病患者的出现则与用药史有很大关系[1]。利福平通过与由rpoB基因编码的RNA聚合酶亚基特异性结合,阻断结核分枝杆菌RNA的合成,导致结核分枝杆菌的死亡[2],从而达到治疗目的。
李鑫娜[8]（2020）在《重组酶介导扩增技术检测EV71、CVA16及结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究》文中指出重组酶介导扩增（RAA）技术是一种新兴的核酸恒温扩增技术,具有我国自主知识产权,因其具有快速、灵敏、特异、高效、仪器设备要求低、测试成本低、操作简单的特点,非常适合于偏远地区和现场的快速筛查。RAA技术从发明至今,已经应用于多种病原微生物的检测,主要检测病原体的特异性序列,但是缺乏内部扩增质控。探针介导的重组酶扩增（PDRA）是基于RAA技术的改良,利用单探针和单引物进行SNP位点识别,利用该方法检测了 5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）A1298C的SNP位点,证明该技术具有检测SNP位点和点突变的潜力。规律成簇间隔短回文重复序列（CRISPR）及其相关蛋白13a（Cas13a）系统,是一种新的RNA靶向系统,Cas13a具有RNase活性,当crRNA与Cas13a蛋白形成复合物,然后识别靶标RNA,特异性切割靶标RNA,同时激活Cas13a的非特异性切割活性,CRISPR-Cas13a系统被开发为一种核酸检测工具,尤其与RPA技术结合后,可以检测单拷贝核酸以及单碱基突变。手足口病是由肠道病毒感染引起的儿童急性传染病,已经成为我国的一个重要的公共卫生问题,肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（CVA16）是引起手足口病的两种主要病原体,因此建立病原体的快速检测方法,对疾病的早发现、早诊断和早治疗以及对疫情防控具有重要意义。结核病特别是耐药结核病给我国造成了极大的疾病负担,而利福平在结核治疗中非常重要,如果结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）发生利福平耐药,会增加治疗难度和治疗费用,增加结核传播风险。有许多关于结核分枝杆菌利福平耐药的机制研究,最主要的是利福平作用靶标基因rpoB基因发生突变,从而造成细菌耐药。因此,需要建立一种快速检测rpoB基因突变的方法。本文基于RAA技术,PDRA技术,CRISPR-Cas13a技术,建立检测EV71和CVA16的RT-RAA方法并进行评价,建立检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变的PDRA方法、RAA-Cas13a方法并进行评价。第一部分逆转录重组酶介导扩增方法应用于肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型检测目的:本研究基于RAA技术分别建立肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CVA16）的两种灵敏、特异的快速检测方法。第一种是基于恒温荧光检测系统的含内参的双重实时荧光RT-RAA方法（real time RT-RAA）,第二种是结合侧流层析试纸条的RT-RAA 方法（LFSRT-RAA）。方法:（1）从GenBank数据库下载EV71和CVA16的基因序列,序列比对后选择VPI基因的保守区作为RAA引物和探针的设计区域,根据设计原则设计数对引物对,通过实时荧光法筛选最佳引物对,建立实时荧光RAA方法。（2）加入内参探针和内参质粒,建立含内参的双重实时荧光RT-RAA方法。（3）进行逆转录酶、反应温度的优化从而确定最佳反应条件。（4）依据实时荧光法筛选的最佳引物和探针序列,按照试纸条法要求进行修饰,建立侧流层析试纸条RT-RAA方法。（5）采用含EV71、CVA16的VP1保守基因的重组质粒标准品分析两种方法的灵敏性,采用其他肠道病毒分析特异性。（6）采用已建立的双重实时荧光RT-RAA方法、侧流层析试纸条RT-RAA方法和文献报道的实时荧光RT-qPCR方法检测445份手足口病疑似病例的临床标本,对方法的检测效能进行评价。结果:建立了 EV71和CVA16的含内参的双重实时荧光RT-RAA方法,在荧光检测仪中42℃反应30分钟。检测EV71和CVA16的检测限为47拷贝/反应和38拷贝/反应,特异性好,与其他肠道病毒无交叉反应。检测445份临床标本,与RT-qPCR相比,双重实时荧光RT-RAA检测EV71和CVA16的诊断灵敏度分别为92.3%和99.0%,诊断特异性分别为99.7%和100%。建立了可视化的EV71和CVA16的侧流层析试纸条RT-RAA方法,42℃反应30分钟,采用侧流层析试纸条对产物进行检测,检测EV71和CVA16的检测限均为91拷贝/反应,特异性好,与其他肠道病毒无交叉反应。检测445份临床标本,与RT-qPCR相比,侧流层析试纸条RT-RAA检测EV71和CVA16的诊断灵敏度分别为90.1%和94.9%,诊断特异性分别为99.7%和100%。结论:建立的EV71和CVA16双重实时荧光RT-RAA方法和侧流层析试纸条RT-RAA方法具有在偏远地区或者现场应用的潜力。第二部分探针介导的重组酶扩增应用于结核分枝杆菌rpoB基因突变检测目的:本研究基于探针介导的重组酶扩增（PDRA）建立快速检测结核分枝杆菌（MTB）rpoB基因突变的检测方法。方法:（1）针对rpoB基因的3个常见突变位点（516、526、531）分别设计野生型和突变型的exo探针,以及共同的反向引物,然后分别构建检测体系,在39℃条件下恒温扩增40min。（2）采用野生型和突变型的重组质粒进行方法的特异性和灵敏度评估。通过某一种检测体系检测不同类型的重组质粒,确定该体系的特异性;通过某一种检测体系检测系列稀释的对应重组质粒,确定该体系的灵敏度。（3）应用建立的PDRA方法检测6株MTB利福平耐药菌株,35份MTB培养阳性的痰标本,并与一代测序结果进行比较。结果:（1）初步建立了 516位点的PDRA方法,该方法包含4种检测体系（TB-516-W、TB-516-GGC、TB-516-GTC和TB-516-TAC）,4种检测体系平行检测标本,根据阳性阈值时间早晚判断该位点的碱基类型。4种检测体系的特异性良好,探针与靶序列完全匹配时,阳性阈值时间早;探针与靶序列不完全匹配时,阳性阈值时间晚,具有稳定的阳性阈值时间差值。该方法检测对应重组质粒的灵敏度为103拷贝/μ1。检测6株MTB耐药菌株、35份MTB培养阳性痰标本的PDRA结果与测序结果一致。（2）虽然针对526位点和531位点设计了特异性exo探针,但无法区分野生型和突变型。结论:本研究初步建立了可应用于MTB rpoB基因516突变点检测的PDRA方法,具有一定的实验室应用价值。第三部分RAA结合CRISPR-Cas13a应用于结核分枝杆菌rpoB基因突变检测目的:将重组酶介导的扩增（RAA）技术与规律成簇间隔短回文重复序列及其相关蛋白13a（CRISPR-Cas13a）系统相结合,建立一种快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变点的方法（RAA-Cas13a）。方法:（1）针对rpoB基因设计用于扩增的RAA引物,同时在其中一条引物的5’端增加T7启动子序列,用于后续的体外转录RNA。（2）针对516位点、526位点、531位点分别设计特异性的野生型和突变型crRNA,构建CRISPR-Cas13a检测体系。（3）采用野生型和突变型的重组质粒评估其特异性和灵敏度。（4）选择结核分枝杆菌利福平耐药菌株、临床标本对方法进行评估,并与一代测序结果比较。结果:确定了 516位点、526位点和531位点特异性的crRNA,两步和一步RAA-Casl3a方法检测重组质粒的灵敏度为106拷贝/μl、107拷贝/μl,采用菌株初步评估了 516位点和531位点的检测方法,结果与测序结果一致。结论:RAA-Cas13a方法可以识别MTB rpoB基因突变,但还需进行方法优化。
窦敏[9]（2020）在《DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的价值研究》文中认为研究目的:采用DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因,为临床诊治提供实验依据。研究方法:收集整理青岛市胸科医院2018年7月1日-2019年12月31日结核科收住的痰涂片阳性的肺结核患者,同时行传统痰结核分枝杆菌培养及药敏试验、DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌的耐药性,且两项均有阳性结果回复的患者。所有患者入院后均留取晨痰2份分别送检进行传统痰结核分枝杆菌培养及药敏、DNA微阵列芯片法检测。传统培养及药敏采用改良罗氏培养法及菌种初步鉴定,并行比例法抗结核药物敏感性试验。以传统培养及药敏试验结果为金标准。DNA微阵列芯片法与传统结核分枝杆菌培养及药敏试验对利福平耐药性监测结果进行比较;对耐多药检测结果进行比较;总结基因位点突变情况。研究结果:1.对入选的416例患者的样本结果进行比较,以传统培养及药敏试验结果为金标准,DNA微阵列芯片法检测利福平耐药的敏感度为84.3 1%,特异度为99.18%,一致率为97.36%,阳性预测值为93.48%,阴性预测值为97.84%。X2=1.45,P>0.05。对两组的利福平耐药性监测情况进行比较,不具有明显的差异。2.我们在DNA微阵列芯片法中共检测出基因突变46例,其中真耐药43例,假耐药3例。真耐药中有36例发生rpoB 531位点突变,突变率78.26%;4例发生rpoB 526位点突变,1例发生rpoB 516位点突变,1例发生rpoB 511和rpoB 516同时突变,1例发生rpoB 511和rpoB 526同时突变。假耐药的3例中,1例发生rpoB516位点突变,2例发生rpoB 511位点突变。3.对入选的416例患者的样本结果进行比较,以传统培养及药敏试验结果为金标准,DNA微阵列芯片法检测耐多药结果的敏感度为89.29%,特异度为80.00%,一致率为81.67%,阳性预测值为80.65%,阴性预测值为88.89%。研究结论:通过对DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的效果评价,证实此检测方法具有较高的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值,与传统的结核分枝杆菌培养药敏试验一致率高。而且该方法检测时间短,结果可靠,价格相对经济,值得被应用于临床结核病耐药的诊断及指导耐药方案的调整。
万勇敢,牛文一,李明瑛[10]（2019）在《新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型研究》文中进行了进一步梳理目的分析新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型,为控制耐药性发展与耐药株传播奠定基础。方法收集患者痰液样本370例,鉴定结核分枝杆菌。对菌株进行耐药性分析及rpoB基因扩增及测序,分析耐药株基因型。结果 370例新乡地区患者中分离174株结核分枝杆菌,分离率为47.03%。其中,2016-2018年各分离结核分枝杆菌29、63和82株,分离率为36.25%、45.32%和54.30%。2016年29株结核分枝杆菌对利福平、异烟肼、链霉素、氧氟沙星的耐药率分别为48.28%、44.83%、34.48%和27.59%;2017年63株结核分枝杆菌耐药率分别为61.90%、47.62%、38.10%、26.98%;2018年82株结核分枝杆菌耐药率分别为70.73%、57.32%、39.02%和35.37%。111株利福平耐药的结核分枝杆菌中,87株发生rpoB基因变异,基因突变率为78.38%。其中Ser→Leu在521位点突变58株（52.25%）和His→Leu在526位点突变22株（19.82%）是主要基因突变类型。此外,有24株（21.62%）未发生变异。结论 2016-2018年新乡地区患者结核分枝杆菌分离率逐年增高。结核分枝杆菌对利福平耐药率最高,且逐年增高。利福平耐药株的耐药性产生的主要机制是rpoB基因发生位点突变。
二、对利福平耐药的结核分枝杆菌rpoB基因突变与耐药程度关系的探讨（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、对利福平耐药的结核分枝杆菌rpoB基因突变与耐药程度关系的探讨（论文提纲范文）
（1）微阵列基因芯片法检测结核分枝杆菌及其耐药基因的研究（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 临床资料 |
| 1.2 检测方法 |
| 1.2.1 仪器与试剂 |
| 1.2.2 微阵列基因芯片法 |
| 1.2.3 改良罗氏培养加比例法药敏试验 |
| 1.2.4 质量监控 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结 果 |
| 2.1 170例患者rpoB基因突变情况 |
| 2.2 170例患者KatG基因突变情况 |
| 2.3 170例患者inhA-15基因突变情况 |
| 2.4 170例患者耐药情况 |
| 2.5 rpoB基因突变与利福平耐药的关系 |
| 2.6 KatG基因突变与异烟肼耐药的关系 |
| 3 讨 论 |
（2）北京地区复治结核病患者菌型分析及耐药性研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一章 北京耐药监测点结核分枝杆菌的耐药性研究 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 临床分离株耐药基本情况 |
| 3.2 各种耐药类型的耐药情况 |
| 3.3 各种耐药类型在不同社会学特征中的耐药情况 |
| 3.4 分子线性探针( LPAs)检测与耐药性相关的突变 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 北京怀柔耐药监测点结核分枝杆菌表型耐药情况 |
| 4.2 线性探针技术( LPAs)在耐药监测中的应用 |
| 参考文献 |
| 第二章 北京地区复治结核病耐药性研究 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 分子药敏结果 |
| 3.2 分子线性探针(LPAs)检测与耐药性相关的突变 |
| 3.3 不同复治类型患者临床特征比较 |
| 3.4 复治患者临床分离株比例法耐药谱 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 复治结核病患者的耐药情况 |
| 4.2 耐药结核病的治疗进展 |
| 参考文献 |
| 第三章 北京地区复治结核病患者菌型分析 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 复治结核患者配对菌株VNTR结果比对 |
| 3.2 获得性耐药和原发性耐药 |
| 3.3 复治结核病患者分离株VNTR分型和聚类分析 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 北京复治结核病患者发病原因分析 |
| 4.2 MIRU-VNTR在结核分枝杆菌分型中的应用 |
| 参考文献 |
| 第四章 全基因组测序在耐多药结核分枝杆菌中的应用 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 谱系鉴定 |
| 3.2 遗传距离分析 |
| 3.3 耐药预测 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 结核分枝杆菌的谱系鉴定及传播 |
| 4.2 结核分枝杆菌耐药突变位点分析 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 全基因组测序在结核病分子流行病学研究中的进展 |
| 参考文献 |
| 附表1 配对菌株基因型比对结果 |
| 附表2 样本基因组与H37Rv比对信息 |
| 附表3 MDR菌株谱系及与一线药耐药相关的基因突变位点 |
| 附表4 MDR菌株与AB组药耐药相关的基因突变位点 |
| 附表5 MDR菌株与C组药耐药相关的基因突变位点 |
| 学位论文答辩委员会组成及答辩决议 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（3）肺结核患者结核分枝杆菌利福平基因突变特征及耐药情况（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 临床资料 |
| 1.2 菌株来源 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.4 观察指标 |
| 1.5 统计学方法 |
| 2 结 果 |
| 2.1 单重突变耐药菌株单密码子的突变类型及菌株数分布情况 |
| 2.2 多重突变耐药菌株中rpoB的基因序列突变种类、菌株数及MIC值水平 |
| 2.3 314株敏感菌株中rpoB的基因序列突变种类、菌株数及MIC值水平 |
| 2.4 多重突变菌株及单重突变菌株的RIF平均MIC值水平 |
| 2.5 耐药菌株的MIC值与rpoB基因突变之间的关系 |
| 3 讨 论 |
（4）结核分枝杆菌rpoB基因突变和利福平耐药水平相关研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 药物敏感性实验 |
| 1.3 最小抑菌浓度测定 |
| 1.4 DNA提取及PCR扩增 |
| 1.5 统计分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
（5）DNA-微阵列芯片检测技术与Gene-Xpert MTB/RIF技术在新疆维吾尔自治区结核分枝杆菌耐药性诊断中的应用（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 罗氏固体培养基比例法药敏试验 |
| 1.3 16～23SrDNA转录间隔序列测序 |
| 1.4 基因芯片技术检测 |
| 1.5 Gene-Xpert MTB/RIF技术检测 |
| 1.6 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 基因芯片技术检测结核分枝杆菌对利福平的耐药性 |
| 2.2 基因芯片技术检测结核分枝杆菌对异烟肼的耐药性 |
| 2.3 Gene-Xpert |
| 2.4 基因芯片技术与Gene-Xpert |
| 2.5 ROC曲线分析 |
| 3 讨论 |
（6）宁波地区结核分枝杆菌基因突变位点确证及与异烟肼、利福平耐药关系研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 1.3 方法 |
| 1.3.1 DNA提取及光度值测定 |
| 1.3.2 PCR扩增 |
| 1.3.3 琼脂糖凝胶电泳 |
| 1.3.4 测序及结果分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 药敏结果 |
| 2.2 DNA光密度值 |
| 2.3 基因的扩增及琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.4 基因突变和菌株关联分析 |
| 2.4.1 rpoB基因 |
| 2.4.2 katG基因 |
| 2.4.3 inhA基因 |
| 2.4.4 多基因联合突变 |
| 3 讨论 |
（7）1例利福平rpoB基因多个位点缺失引起的耐药分析（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 一般资料 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 1.3 方法 |
| 1.3.1 DNA微阵列芯片法 |
| 1.3.2 罗氏培养 |
| 1.3.3 表型药敏试验 |
| 2 结果 |
| 2.1 DNA微阵列芯片法测序结果 |
| 2.2 罗氏培养与药敏试验结果 |
| 3 讨论 |
（8）重组酶介导扩增技术检测EV71、CVA16及结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 逆转录重组酶介导扩增方法应用于EV71和CVA16的检测 |
| 1 引言 |
| 1.1 手足口病 |
| 1.2 重组酶介导的扩增(Recombinase aided amplification,RAA)技术 |
| 1.3 本研究的目的和意义 |
| 1.4 本研究的内容 |
| 2 实验材料 |
| 2.1 标本来源 |
| 2.2 主要设备和仪器 |
| 2.3 主要试剂和耗材 |
| 3 实验方法 |
| 3.1 核酸提取 |
| 3.2 实时RT-qPCR方法 |
| 3.3 EV71和CVA16质粒制备 |
| 3.4 内参质粒制备 |
| 3.5 RT-RAA引物和探针设计 |
| 3.6 EV71-RT-RAA方法的建立 |
| 3.6.1 EV71单重实时荧光RAA反应体系的建立及引物筛选 |
| 3.6.2 EV71含内参的贼实时荧光RAA反应体系的建立 |
| 3.6.3 EV71实时荧光RT-RAA反应体系的优化 |
| 3.6.4 EV71侧流层析试纸条RT-RAA方法建立 |
| 3.6.5EV71-RT-RAA方法的特异性 |
| 3.6.6EV71-RT-RAA方法的灵敏度 |
| 3.7 CVA16-RT-RAA方法的建立 |
| 3.8 临床样本验证 |
| 4 实验结果 |
| 4.1 EV71单重实时荧光法RAA体系的建立和引物筛选 |
| 4.2 EV71含内参的双重实时荧光RAA反应体系的建立 |
| 4.3 EV71实时荧光RT-RAA反应条件优化 |
| 4.4 EV71侧流层析试纸条RT-RAA方法的建立与优化 |
| 4.5 实时荧光及侧流层析试纸条RT-RAA方法检测EV71的特异性 |
| 4.6 实时荧光及侧流层析试纸条RT-RAA方法检测EV71的灵敏度 |
| 4.7 CVA16实时荧光RAA体系的建立和引物筛选 |
| 4.8 CVA16侧流层析试纸条RT-RAA方法的建立及优化 |
| 4.9 实时荧光侧流层析试纸条RT-RAA方法检测CVA16的特异性 |
| 4.10 实时荧光及侧流层析试纸条RT-RAA方法检测CVA16的灵敏度 |
| 4.11 临床标本评价 |
| 5 讨论 |
| 6 小结 |
| 第二部分 探针介导的重组酶扩增应用于结核分枝杆菌rpoB基因突变检测 |
| 1 引言 |
| 1.1 结核病 |
| 1.2 耐药结核病 |
| 1.3 结核分枝杆菌耐药机制 |
| 1.4 结核病诊断 |
| 1.5 探针介导的重组酶扩增 |
| 2 研究目的和内容 |
| 3 实验材料 |
| 3.1 标本来源 |
| 3.2 主要试剂和耗材 |
| 4 实验方法 |
| 4.1 CTAB法提取细菌基因组 |
| 4.2 标准质粒制备 |
| 4.3 PCR方法 |
| 4.4 PDRA方法 |
| 5 实验结果 |
| 5.1 516位点PDRA方法优化 |
| 5.2 516位点PDRA方法特异性分析 |
| 5.3 516位点PDRA方法灵敏度 |
| 5.4 516位点PDRA方法检测结果示例 |
| 5.5 测试结果 |
| 5.6 526位点PDRA方法特异性分析 |
| 5.7 531位点PDRA方法特异性分析 |
| 6 讨论 |
| 7 小结 |
| 第三部分 RAA结合CRISPR-Cas13a应用于结核分枝杆菌rpoB基因突变检测 |
| 1 引言 |
| 1.1 CRISPR概述 |
| 1.2 CRISPR-Cas13a概述 |
| 1.3 CRISPR-Cas13a应用 |
| 2 研究目的与内容 |
| 3 实验材料 |
| 3.1 标本来源 |
| 3.2 主要试剂和耗材 |
| 3.3 CRISPR-Cas13a检测试剂 |
| 3.4 主要仪器 |
| 4 实验方法 |
| 4.1 细菌基因组提取 |
| 4.2 质粒标准品制备 |
| 4.3 crRNA制备及纯化 |
| 4.4 RAA引物设计及筛选 |
| 4.5 含T7启动子的靶标DNA的制备 |
| 4.6 CRISPR-Cas13a检测 |
| 4.7 516位点、526位点和531位点crRNA的筛选及特异性确定 |
| 4.8 两步法RAA-Cas13a体系的建立及优化 |
| 4.9 一步法RAA-Cas13a体系的建立及优化 |
| 4.10 两步法及一步法RAA-Cas13a检测体系的灵敏度 |
| 4.11 RAA-Cas13a检测方法评估 |
| 5 实验结果 |
| 5.1 RAA引物筛选 |
| 5.2 crRNA引物序列 |
| 5.3 crRNA筛选及特异性分析 |
| 5.4 两步法RAA-Cas13a检测方法优化 |
| 5.5 RAA-Cas13a检测方法的灵敏度 |
| 5.6 RAA-Cas13a检测方法评估 |
| 6 讨论 |
| 7 小结 |
| 全文总结 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（9）DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的价值研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一章 资料和方法 |
| 研究对象 |
| 标本采集 |
| 指标检测 |
| 1.用改良罗氏培养法及菌种初步鉴定,并行比例法抗结核药物敏感性试验 |
| 2.用DNA微阵列芯片法(结核分枝杆菌耐药基因检测试剂盒)检测结核分枝杆菌的耐药性 |
| 统计学分析 |
| 第二章 研究结果 |
| 1.DNA 微阵列芯片法与传统结核分枝杆菌培养及药敏试验对利福平耐药性监测结果的比较 |
| 2.DNA 微阵列芯片法检测利福平耐药基因相关突变位点情况 |
| 3.DNA 微阵列芯片法与传统结核分枝杆菌培养及药敏试验的耐多药检测结果比较 |
| 4. DNA 微阵列芯片法检测耐多药基因相关突变位点情况 |
| 第三章 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 附录 中英文缩略词对照表 |
| 致谢 |
（10）新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型研究（论文提纲范文）
| 材料与方法 |
| 1 材料 |
| 1.1 临床资料 |
| 1.2 主要仪器与试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 耐药性分析 |
| 2.2 结核分枝杆菌基因组DNA的制备 |
| 2.3 PCR扩增检测 |
| 2.4 DNA测序 |
| 结 果 |
| 1 结核分枝杆菌分离情况 |
| 2 耐药性分析 |
| 3 耐药基因检测 |
| 4 利福平耐药株基因型分析 |
| 讨 论 |
四、对利福平耐药的结核分枝杆菌rpoB基因突变与耐药程度关系的探讨（论文参考文献）
- [1]微阵列基因芯片法检测结核分枝杆菌及其耐药基因的研究[J]. 严冬丽. 中国地方病防治, 2021(05)
- [2]北京地区复治结核病患者菌型分析及耐药性研究[D]. 张洁. 北京市结核病胸部肿瘤研究所, 2021
- [3]肺结核患者结核分枝杆菌利福平基因突变特征及耐药情况[J]. 张幽蕾,周笑,吴灵君,薄旭芬,陈意,汪宇清. 中华全科医学, 2020(12)
- [4]结核分枝杆菌rpoB基因突变和利福平耐药水平相关研究[J]. 郑丹薇,石洁,苏茹月,朱岩昆,马晓光,王少华,孙定勇,李辉. 河南预防医学杂志, 2020(11)
- [5]DNA-微阵列芯片检测技术与Gene-Xpert MTB/RIF技术在新疆维吾尔自治区结核分枝杆菌耐药性诊断中的应用[J]. 古丽娜·巴德尔汗,李远春,阿依努尔·莫合买提,王乐,刘年强. 检验医学与临床, 2020(21)
- [6]宁波地区结核分枝杆菌基因突变位点确证及与异烟肼、利福平耐药关系研究[J]. 徐峰,饶跃峰,张幸国,朱育银,车洋. 中国现代应用药学, 2020(20)
- [7]1例利福平rpoB基因多个位点缺失引起的耐药分析[J]. 王明栋,秦万,夏凤琼,欧维正,张娟,徐勇,杨儒斌. 检验医学与临床, 2020(20)
- [8]重组酶介导扩增技术检测EV71、CVA16及结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究[D]. 李鑫娜. 中国疾病预防控制中心, 2020(02)
- [9]DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的价值研究[D]. 窦敏. 青岛大学, 2020(01)
- [10]新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型研究[J]. 万勇敢,牛文一,李明瑛. 中国病原生物学杂志, 2019(11)