一、用SSR标记研究柑橘属及其近缘属植物的亲缘关系(英文)（论文文献综述）
朱晨桥[1]（2020）在《柑橘模式材料的开发与金柑属植物系统发育学研究》文中认为柑橘是世界最重要的果树作物和贸易农产品之一,但柑橘的童期长、种子多胚性、植株高大、基因组高度杂合等生物学特点,限制了其基因功能和遗传学研究的进展。山金柑（Fortunella hindsii）属于芸香科（Rutaceae）、金柑属,具有完整柑果结构、童期极短、植株矮化等突出特点,本课题组在2009年的资源调查中发现了具有单胚特点的山金柑株系,是目前最有潜力成为柑橘“模式”实验材料的种质。本研究围绕进一步开发和科学利用单胚山金柑,即个体小、童期短、杂交容易（单胚）、纯合度高的实验材料,开展了相关研究;创建了单胚山金柑纯和自交系,评价了单胚山金柑的主要农艺性状,以单胚山金柑作为母本进行种间杂交实验、创建了遗传群体;利用纯系材料测序、组装了山金柑基因组,并基于转录组和基因组分析,对山金柑生活史基因共表达模式和早花机理进行了初步探索;基于核SSR、叶绿体扩增序列和全基因组SNP,对金柑属植物进行了系统发育、遗传多样性、群体结构和种群动态等分析,解析了金柑属系统发育地位和种群分化历史,提出了栽培金柑起源的新观点。主要研究结果简述如下:1. 山金柑纯系创建、栽培评价和杂交群体创制扩繁了单胚山金柑自交第二代（S2）118个株系、自交第三代（S3）28个株系,利用n SSR分子标记筛选了一系列纯合度>90%的高纯合材料;其中,单株S3y-45杂合度低至0.62%。评价了单胚山金柑的重要农艺性状,发现～70%的实生苗可在当年成花（童期约8个月）,单胚性状稳定（单胚率>90%）,植株极矮化（一年生实生苗平均株高15.29cm）;以嫁接苗首次坐果数作为评价标准,在自交系中筛选了一系列单胚优系材料,其中‘S2f-179’第一年（首次）平均坐果数最高,达到了5.90个。构建了单胚山金柑PN02（F.hindsii）×滑皮金柑（F.crassifolia）种间杂交群体,获得了包含222个杂种子代的F1群体;基于F1群体中的单胚单株,繁育了F2群体,目前获得了包含713个单株的F2群体。2. 山金柑基因组测序、基因共表达模式分析及早花机理初探以纯系材料‘S3y-45’作为材料,使用Pacbio、Illumina和10X genomics平台测序、组装了山金柑基因组1.0,组装大小373.6 Mb,contig-N50=2.21 Mb,scaffold-N50=5.16 Mb。注释到了32,257个蛋白编码基因,其中的12,360个基因在9个柑橘亚科植物基因组中具有直系同源基因,986个是山金柑特有基因。基于低拷贝基因的系统发育分析揭示了,相比于枳（Poncirus）,山金柑与柑橘属主要栽培种质,如柚（C.grandis）、枸橼（C.medica）、橙（C.sinensis）等有较近的系统发育关系,与橘（C.reticulata）最近,两者约分化于5.32百万年前。对山金柑生活史13个不同组织进行了转录组测序并进行了WGCNA分析,鉴定了27个共表达模块;对比山金柑与柚和柠檬的86个成花发育关键基因的表达水平,发现31个基因差异表达,其中的18个涉及成花诱导阶段。对山金柑SPL基因家族进行了鉴定,发现了19个Fh SPLs;系统发育分析表明山金柑比甜橙多了2个SPL3/4/5（内源成花诱导途径关键基因）同源拷贝:Fh SPL7/9;进一步的定量表达实验,验证了Fh SPL7/9在成熟叶片、茎、腋芽分生组织中上调表达,并与光周期成花诱导关键基因SOC1的表达呈正相关（r=0.94）,与抑制成花发育的mi R156a表达负相关（r=-0.91）。3. 金柑属植物系统发育分析利用46个核SSR和5个叶绿体位点对38份金柑属种质资源进行了遗传多样性、群体结构和系统发育分析。结果显示,金柑属植物核遗传多样性较高（Na=4.34;Ne=2.27;Ho,He,u He=0.49）,叶绿体的遗传多样性较低（Hd=0.693;Pi=0.00073;Nh=13）。结合Nei氏遗传距离聚类和叶绿体系统发育树,证明了金柑属独立的种系起源。PCo A分析和群体结构分析表明,金柑属内包含两大种群:栽培金柑（罗浮、罗纹和金弹）和山金柑。对15份栽培金柑种质和15份野生山金柑进行了基于基因组SNP的群体遗传学分析。PCA和群体结构分析都验证了金柑属内“栽培金柑—山金柑”两大种群的遗传结构;在栽培金柑内,显示了清晰的“罗浮（F.margarita）—金弹（F.crassifolia）”遗传结构;所有罗纹（F.japonica）材料都显示了罗浮和金弹混合的遗传背景,表明罗纹可能起源于罗浮和金弹的杂交或回交;但这三个栽培种间的遗传分化指数Fst均大于0.25,证明它们都应有“种”（species）的地位。栽培金柑种群的基因组SNP多样性水平（Pi=0.12,Theta=0.10）显着低于山金柑种群（Pi=0.23,Theta=0.26）,两个种群的Tajima’s D、Fu&Li’s D*、Fu&Li’s F*值均显着背离0,拒绝中性进化检验,说明它们的进化过程中都经历了定向选择。连锁不平衡分析结果显示,栽培金柑种群的连锁不平衡强度高,连锁不平衡衰减速度慢,衰减距离更长,说明栽培金柑种群经历的选择强度更高,暗示其经历了人工选择。种群动态分析发现,栽培金柑祖先和山金柑祖先分别在距今70-120万年前和30-60万年前各经历了一次与第四纪冰期相关的种群缩减,而后,栽培金柑在距今1-2万年前又经历了一次急速的种群扩张。以上结果暗示了金柑属在与橘分支分化后至第四纪冰河期开始前已经有了一定的种群分化,栽培金柑的祖先种群的地理分布更北,栽培金柑经历的急速种群扩张很可能与人类的选择和驯化有关。
张宗瑜[2]（2020）在《老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位》文中研究表明老芒麦（Elymus sibiricus L.）是禾本科披碱草属多年生优良牧草,具有草产量高、品质好、耐寒、耐旱等优良特性,广泛应用于我国高山草原的放牧、人工草地建植、生态环境恢复等。但老芒麦较高的落粒性大大降低了牧草种子产量,对新品种选育、推广利用带来不利影响。有关牧草落粒的遗传学基础,是国内外研究不多且亟待加强的研究领域。为此,本研究在开发老芒麦特异性EST-SSR标记、分析不同落粒种质材料的遗传多样性基础上,构建了老芒麦的遗传作图群体,并利用SLAF（specific length amplified fragment）技术构建了老芒麦首张遗传连锁图谱,相继结合QTL和GWAS（genome-wide association study）分析方法定位了落粒候选基因。旨在为解析老芒麦落粒遗传机制、加快老芒麦落粒分子遗传改良和培育低落粒老芒麦新品种提供基础科学依据。获得主要研究结果如下。1、进行了老芒麦特异性EST-SSR分子标记开发及通用性研究。从老芒麦转录组测序获得的6,685个unigene中,分析识别了8,871个潜在EST-SSR位点,进一步开发了200对EST-SSR分子标记。PCR扩增产物测序验证显示,等位基因的测序结果与原始引物SSR位点同源,有43.5%的标记在17个披碱草属物种间通用性良好。利用30对多态性标记对17个披碱草属95份种质的480个单株进行的遗传多样性和进化分析显示,基于基因组构成和地理起源将参试披碱草属种质聚为三大类。本研究结果为披碱草属物种遗传多样性评价提供了引物来源。2、采用40对EST-SSR标记对36份老芒麦种质进行遗传多样性评价,并且在田间测定了老芒麦的落粒性。结果显示老芒麦分子遗传多样性和落粒性变异均较为丰富。筛选出落粒性状差异较大、遗传背景较远的高落粒基因型Y1005和低落粒基因型ZhN06作为亲本杂交构建F1群体。对F1群体的7份材料进行遗传多样性和表型变异分析,发现了落粒、叶片、茎节、穗长及芒长等性状表现出超亲杂种优势。遗传多样性分析显示母本（ZhN06）与子代群体的共有条带多于父本（Y1005）,显示其遗传力水平较高。通过分子标记鉴定和低落粒子代选择,将F1-7单株自交构建了包含200份单株的F2作图群体。3、利用SLAF简化基因组测序技术对F2群体测序,构建了首张老芒麦高密度遗传图谱,图谱总长1,866.35cM,14个连锁群含1,971个标记。连锁群长度范围在87.67cM（LG7）和183.45cM（LG1）之间,标记平均距离为1.66cM。比较基因组发现老芒麦与小麦和大麦分别有79%（1,556）和70%（1,380）的同源标记。连续三年观测了穗长、小花数、落粒率、芒长、种子宽、千粒重等种子相关性状,并进行了QTL鉴定,在14个连锁群上共检测到29个QTL位点,在第2、3、6和11号连锁群上共检测到6个落粒性QTL。通过与小麦和大麦基因组比对注释发现了30个落粒候选基因,这些基因分别与植物激素信号调控（15个）、转录因子（7个）、水解酶活性（6个）及木质素合成（2个）等相关。4、采用SLAF技术对包含213份种质的老芒麦关联群体进行了测序,结合落粒等15个表型性状进行全基因组关联分析。SNP连锁不平衡分析结果显示,老芒麦LD（linkage disequilibrium）衰减较快,衰减距离为0.291kb,供试材料亲缘关系较弱,适用于全基因组关联分析。连续两年在田间对落粒率等关键表型性状观测表明,不同性状间存在较大的遗传变异,平均变异系数为30.49%,其中落粒率遗传力为85.13%。关联分析共检测到41个与落粒相关的显着性位点,平均解释26.3%的表型变异。在这些位点上注释到14个落粒相关候选基因,主要与半乳糖醛酸酶、水解酶、细胞分裂素葡萄糖基转移酶等调控相关。此外,在种子和产量相关性状中分别检测到66个和1,715个显着性位点,分别注释到与种子性状相关的候选基因31个,与产量性状相关的候选基因110个。
杜潇[3]（2019）在《我国原产栽培山楂及其近缘种的种间关系及起源演化研究》文中研究说明山楂属（Crataegus L.）是蔷薇科（Rosaceae）一个古老而庞大的家族,其栽培历史悠久,具有较高的经济价值和生态价值,属内某些种的植株还具有观赏价值。前人对我国栽培山楂及其近缘种的种间、种内关系有过一些探索,但目前尚无较系统的研究。本研究的试材包括了原产我国所有栽培山楂种四个,及其近缘的三个野生种的49份山楂资源以及分类地位不明的4份山楂资源,首次从形态特性、种间杂交亲和性、分子标记及全基因组分子信息等方面探讨了我国原产栽培山楂及近缘种的起源和演化关系,并明确了4份未知资源的分类地位。主要研究结果如下:1.通过对山楂属植物的形态特征、生物学特征和果实特性进行调查和分析,发现山楂属植物的叶片裂刻、平均单果重和物候期等性状可以用作山楂种植物的种类划分依据。山楂属植物的叶片有不分裂、浅裂、中裂和深裂几种类型;山楂属植物的物候期有早、中、晚三个类型;山楂属植物的果实有小果、中果、大果三个类型。基于叶片裂刻、平均单果重和物候期的区别,本研究的山楂种包括以下几个类型:不分裂或浅裂叶片中果类型（湖北山楂C.hupehensis）、不分裂或浅裂叶片小果类型（毛山楂C.maximowiczii和辽宁山楂C.sanguineae）、中裂或深裂叶片早熟类型（伏山楂C.brettschneideri）、中裂或深裂叶片晚熟类型（羽裂山楂C.pinnatifida和大果山楂C.pinnatifida.var.major）。2.本研究在6个山楂种各选取一份资源与其他种的山楂种质进行种间杂交,共设计了25个种间杂交组合进行杂交后调查其坐果率和种仁率,平均坐果率为45.5%,平均种仁率为48.9%。种间杂交坐果率和种仁率反映:我国原产的山楂种中,大果树山楂与湖北山楂亲缘关系较近;辽宁山楂与毛山楂的亲缘关系较近;辽宁山楂与羽裂山楂的亲缘关系较远;伏山楂与辽宁山楂的亲缘关系较远。3.除我国原产的53份山楂资源外,选取了3份来自国外的山楂资源作为对比材料进行SSR分析。首次在山楂转录组数据中筛选出了40对多态性好的SSR引物,可以将7个原产我国的山楂种和3个国外的山楂种区分开。基于SSR信息构建的系统发育树中,在相似系数为0.72时,7个山楂种被分成了5组,分别为Ⅰ:云南山楂（C.scabrifolia）;Ⅱ:湖北山楂与伏山楂;Ⅲ:大果山楂与部分羽裂山楂;Ⅴ:毛山楂;Ⅳ:辽宁山楂与部分羽裂山楂,这与基于表型特征进行的分组并不完全相同。彰武山里红、关山山楂、软肉3号和软肉4号等四份未知资源在基于SSR信息构建的系统发育树中,位于毛山楂与辽宁山楂构成一分支中,与辽宁山楂亲缘关系较近。4.本研究首先将简化基因组测序技术应用于山楂属植物的起源演化研究中,使用Rsa Ⅰ+Hae Ⅲ酶切方案,得到了平均Q30为91.83%的高质量测序数据。SLAF标签平均测序深度为12.31（?）,得到了803,196个SLAF标签和933,450个群体SNP用于山楂属植物的起源演化相关分析。基于群体遗传结构分析,本研究认为我国原产的7个山楂种有两条进化路线,第一条是东北地区的辽宁山楂和毛山楂;第二条是西南地区的云南山楂向东北迁移通过我国的中部、东部（山东）、北部（河北）等地到达我国的东北地区分化出羽裂山楂后与东北地区的毛山楂杂交形成了一个新种伏山楂。四份未知资源彰武山里红、关山山楂、软肉3号和软肉5号,基于SSR和SNP构建的系统发育树均位于辽宁山楂和毛山楂组成的一大支中,与辽宁山楂形成姊妹系,四份未知资源应该属于两个与辽宁山楂和毛山楂亲缘关系较近的种。
伊贤贵[4]（2018）在《山樱花种群变异及亲缘地理学研究》文中研究表明山樱花（Cerasus serrulata（Lindley）Loudon）隶属蔷薇科（Rosaceae）樱属（Cerasus Miller）,为十分重要的观赏樱花种质资源,广泛分布于我国中西部及东部地区,朝鲜半岛以及日本也有分布。由于山樱花分布广、变异大且分类观点不一致,对其群体间变异及与近缘种的亲缘关系界定存在较大的争议。论文以山樱花野生种群以及近缘种做为研究对象,结合形态标记与分子标记手段进行系统的组合研究,探讨了山樱花变异与分化程度,界定了山樱花种群变异以及与近缘种之间的关系,形成证据较为充足的分类处理观点;结合山樱花群体间的谱系地理演化关系,进一步探讨山樱花遗传变异的时空格局,阐明遗传漂变与分化以及自然环境因素对山樱花遗传变异、分化与演化分布的影响。本研究取得的主要结果如下:（1）山樱花变异及分类处理山樱花以花叶同放、叶具尖锐（芒状）锯齿、长管状萼筒、萼片直立以及黑果等性状区别于樱属其他类群;因分布广适应性强,山樱花不同种群出现较为复杂的表型性状变异,以树形、芽、幼叶颜色、花色、萼片与毛被等性状变异较为明显。根据形态学标记结果,利用树形以及单芽与三芽作为分类依据,将樱属划分为矮生樱亚属与樱亚属的观点存在争议;高山生境的樱亚属生态居群有着与矮生樱亚属较为相近的表型性状。在山樱花以及近缘种（复合体）性状观测与统计中,山樱花群体可以在重要的识别性状上区别于其他近缘种（复合体类群）;有部分性状在山樱花及近缘种中共同出现,与现存的山樱花复合体分类争议相符。结合形态标记与分子标记的结果可得,山樱花群体毛被变化为连续变异性状,支持毛叶山樱花Cerasus serrulata var.pubescens并入山樱花中;结合多个连续变异性状,支持崂山樱C.laoshanensis并入山樱花;雪落樱C.xueluoensis与山樱花（典型樱亚属subgen.Cerasus）关系较近与矮生樱亚属（subgen.Microcerasus）)关系较远;支持雪落樱新种的成立,其在樱属分类系统中隶属于樱亚属;将黄岗山种群处理为新变种黄岗山樱（C.serrulata var.huanggangensis）;支持红山樱C.jamasakura、大山樱C.sargentii、大岛樱C.speciosa与晚樱C.lannesiana分别独立为种的分类处理观点。（2）群体遗传多样性与遗传结构利用17对SSR引物,对山樱花18个群体327个个体,进行了遗传多样性和遗传结构的分析。结果表明山樱花在物种水平上具有较高的遗传多样性水平;西部及部分东南部群体遗传多样性较高。遗传分化分析表明山樱花群体间与群体内都有较高水平的遗传分化。根据STURCTURE聚类分析,K=3时,将18个山樱花群体分为3组:MP、BTM和Li S聚为Ⅰ组（西北组）;He S和CPL聚为Ⅱ组（西南组）;TTZ、BHS、NS、HS、HGS、TMS、LS、TS、MS、YTS、Lao S、FHS和K-NS聚为Ⅲ组（东部组）。K=4时,STRUCTURE分析认为18个山樱花群体的遗传物质来自4个基因库组。各组基因交流与渗透较为复杂。显示出了西北部与东北部居群具有较相似的遗传结构。基于cpDNA3个片段（mat K,trn D-E,trn S-G）,对山樱花18个群体进行序列分析,共检测到19个单倍型。山樱花种水平叶绿体遗传多样性HT=0.828,核苷酸多样性为Pi×10-3=1.490,山樱花种水平多样性超过统计平均值0.67处于较高的水平,这与山樱花广泛的地理分布有一定的关系。而不同群体的遗传多样性均值较低（0.387）,表明山樱花遗传多样性主要发生在群体间;而群体分化固定指数为0.693,反应出山樱花群体间发生了较为明显的遗传分化,物种水平上存在着显着的谱系地理结构（Nst=0.388>Gst=0.328,P<0.05）。单倍型分布图中共有单倍型较多,表明单倍型频率较为平均的出现在同地理组的居群中,群体间渗透较多而分化不强烈。ITS遗传多样性与分化系数与cpDNA较一致,反应了山樱花因分布范围广进化时间长,种水平具有较高的遗传变异。因此,山樱花因分布范围广、进化时间较长,种水平具有较高的遗传多样性与变异;不同种群群体内遗传多样性差异较大,平均水平较低;山樱花群体有一定分化但不强烈,群体间交流与渗透较多。（3）谱系地理结构与群体动态历史基于cpDNA单倍型系统发育树以及TCS网络图结果显示,山樱花群体分化出了2个较明显的谱系（4个地理组）:西北谱系（NW）+（（东南[SE],东北[NE]）,西南[SW]）。分子钟建树估算推测,中新世晚期10.60 mya（PP=1;95%HPD:8.83-12.46 mya）基于地理隔离发生了谱系分化。中新世为第二次冰期与第三次冰期之间的间冰期（250-2mya）,气候温和湿润,此阶段为西部造山运动阶段,通过喜马拉雅运动的影响,青藏高原、云贵高原与秦岭山脉进行了剧烈隆升,这些地质的剧烈运动可能造成了山樱花在西部地区的南北地理隔离与分化。另一支谱系即（（东南[SE],东北[NE]）,西南[SW]）)地理组,可以推测其起源于西南地区（SW与SE）,SW在上新世（3.93mya）与东北地区（NE）完成了谱系分化;其他次级分支多数在上新世与更新世产生了分化。中性检验（NT）与失配分布分析（MDA）结果不完全一致。MDA分析表明山樱花4个地理组与所有群体符合空间扩张模型的期望。单倍型分布与多样性分析以及TCS结果表明西南地区最有可能是山樱花的避难所;东南地区为山樱花另一个避难所。结合分子钟建树、MDA以及TCS网络图,推测中国西南地区在0.719 mya（95%CI:0.022-1.452 mya）进行了两次独立向西北与东部地区的拓殖事件;约在0.665 mya时期,中国东南地区（黄山、庐山、天目山等）山樱花群体向北部扩张。第三次冰期（第四纪冰期）多次间冰期的气候变化促使山樱花群体得以扩张,山樱花现有分布区生境及气候特点较好解释这一阶段的扩张事件。因此,山樱花在第四纪冰期来临前形成了分布中心与避难所（西南、东南）,在第四纪冰期阶段间冰期时期,山樱花由西南往西北部（陕西）与东南部（庐山、黄山、天目山等）扩散;而后以东南部为扩散中心往东北部区域的江苏云台山、山东泰山、崂山以及辽东半岛及朝鲜半岛扩张。结合核基因ITS序列与SSR遗传结构结果分析,可以推测山樱花存在北部谱系,由西北（NW）地区往东北（FHS）与韩国（NE）地区扩散迁移。综上所述,结合表型与分子证据,对山樱花变异及其与近缘种的分类处理趋于合理。山樱花群体间有一定分化但不强烈,群体间交流与渗透较多;在种水平具有较高的遗传多样性和明显的谱系地理结构,中新世晚期的西部造山运动,造成了在西部地区的南北地理隔离与分化。山樱花在第四纪冰期来临前形成了分布中心与避难所,在第四纪冰期阶段间冰期时期,山樱花由西南往西北部与东南部扩散;而后以东南部为扩散中心往东北部区域以及辽东半岛及朝鲜半岛扩张;同时也存在由西北地区往东北与韩国地区的扩散迁移路线。本研究所揭示的山樱花变异与谱系地理结构,为山樱花及其近缘种的分类鉴定以及种质资源的保护与利用提供了理论依据。
王晨宇[5]（2018）在《基于形态、孢粉学和SSR标记的玉兰亚属分类研究》文中认为玉兰亚属（subgenus Yulania）是木兰科（Magnoliaceae）木兰属（Magnolia L.）的分支,栽培历史悠久,是我国传统名花之一,也是重要的园林树种和药材来源。玉兰亚属植物具有的原始特征,对研究木兰科属系统进化具有重要价值。但木兰科属存在种间杂交、形态重叠等现象,引发众多学者对亚属、种的分类的争议。本研究从我国北京、杭州、广州、西安等地采集玉兰亚属植物重要种质,从形态学标记、孢粉学标记以及SSR分子标记3种方式,分析14个玉兰亚属植物及9个近缘种的遗传多样性和亲缘关系,构建DNA指纹图谱,综合探究玉兰亚属分类分组问题,为解决木兰科属系统分类提供依据。主要研究成果如下:（1）筛选形态学标记指标33个,经R型聚类和主成分分析,确定为可用指标,其中雄蕊数目、小枝粗细、叶形指数,其载荷量均在0.731以上,主成分贡献率较大,为重要分类依据指标。经Q型聚类构建玉兰亚属部分种质亲缘关系树状图。在遗传距离17.99处,将14份玉兰亚属植物聚为望春玉兰组（section Buergeria）、玉兰组（sect.Yulania）、紫玉兰组（sect.Tulipastrum）个组。（2）利用8个花粉形态指标进行扫描电子显微镜观察分析,构建玉兰亚属亲缘关系聚类树状图。在遗传距离6.13处,得到与表型标记相一致的分类分组结论。并通过花粉表面纹饰得出所试玉兰亚属种质的进化演变顺序:玉兰组相对比较原始,望春玉兰、紫玉兰组相对比较进化。玉兰、日本辛夷、星花木兰相对较原始,望春玉兰、武当木兰、紫玉兰相对比较进化,天目木兰、红花玉兰、黄山木兰进化程度较高。（3）筛选出18对多态性较好的引物对14份玉兰亚属、4份木兰亚属、5份含笑属植物进行遗传多样性和亲缘关系研究。STR检测结果显示,23份材料均能被很好扩增。18对引物共得到251个等位位点,多态性比率达100%。PIC含量变化范围为0.7508～0.9482,平均0.8794。Nei’s基因多样性指数最大为0.4998,最小为0.0430,Shannon信息指数变化范围为0.1057～0.6929,平均值0.2135。所试材料种均存在一定遗传差异,具较高的遗传多样性水平。（4）利用18对引物的多态性信息含量和Shannon遗传多样性信息指数构建了23份玉兰亚属植物及其近缘种的指纹图谱,可明显区分23份材料和判别倍性信息,完善了玉兰亚属指纹图谱数据库。根据图谱,所试含笑属、木兰亚属均为二倍体物种,与玉兰亚属界限清晰,认为当前Dandy（1964）和刘玉壶（1984）的系统分类是合理的。（5）SSR标记亲缘关系聚类结果显示,区分明显的几个类群是含笑属、木兰亚属及玉兰亚属中的玉兰组,每个类群具有形态相似度较高、花期相近、倍性一致的共同点。玉兰亚属与含笑属植物亲缘关系较近而与木兰亚属植物较远,但属与亚属间界限明显,不建议将含笑属与玉兰亚属合并。天目木兰与黄山木兰亲缘关系较近,紫玉兰与望春玉兰组亲缘关系较近,源自美洲的渐叶木兰品种’黄鸟’玉兰与中国的各种玉兰亲缘关系较远。（6）本研究基于将形态学、孢粉学和SSR分子3种标记的聚类结果综合比较分析,玉兰亚属可大致分为4个组,在紫玉兰组、玉兰组、望春玉兰组基础上,支持增加朱砂玉兰组（Sect.soulangeana）,将新种红花玉兰归并到玉兰组,而不建议紫玉兰组与望春玉兰组合并。
杨晓明[6]（2017）在《柑橘亚科植物系统发育基因组学及野生枸橼、宜昌橙谱系地理学研究》文中认为中国是世界果树最重要的发源地之一,同时也是柑橘类植物的起源中心之一。柑橘亚科（Aurantioideae）属于芸香科（Rutaceae）,包含黄皮族（Clauseneae）和柑橘族（Citreae）,约33属203个种及33个变种。在过去的2个多世纪里,国内外学者都致力于柑橘亚科植物的系统发育关系研究,但柑橘亚科植物间系统发育关系依然无法定论,尤其是柑橘属（Citrus）植物分类与杂种柑橘起源备受争议。中国西南及中西部地区深山峡谷中蕴藏着许多柑橘属及近缘属野生种质资源,野生枸橼（Citrus medica）与宜昌橙（Citrus ichangensis）以群落的形式分布在这些区域,但对野生柑橘种质分布状态、遗传多样性,群体结构及演化历史却知之甚少。本研究以野生枸橼与宜昌橙为材料,采用nSSR标记、核基因组单拷贝基因序列（Single-Copy Gene,SCG）与cpSSR标记、叶绿体基因序列方法,系统地分析了野生枸橼、宜昌橙遗传多样性与群体结构,并推导了宜昌橙种群演化历史。基于全基因组重测序技术,从叶绿体基因组与核基因组水平,重塑了柑橘亚科植物的系统分类。主要研究结果如下:1.枸橼类植物遗传多样性与系统进化分析野生、半野生枸橼（Citrus medica）种质资源主要分布于中国西南地区。应用77对nSSR标记可以明确区分56份枸橼类植物,这些nSSR标记在枸橼种质中共扩增到387个等位谱带,每个位点等位谱带为2到12个不等。枸橼群体期望杂合度和观察杂合度分别为0.36和0.49。核基因聚类分析与主成分分析结果较一致,对枸橼及近缘种有很好的区分度。群体结构分析表明,枸橼主要可以分为两个类群,分别是西藏与云南种群,群体结构与地理分布较吻合。枸橼与佛手（Citrus medica var.sarcodactylis）起源于共同祖先,佛手与起源于西藏地区的枸橼亲缘关系较近。系统进化分析表明枸橼形成单系分支,完全不同于橘（Citrus reticulata）与柚（Citrus grandis）。枸橼作为父本参与了杂种柑橘柠檬（Citrus limon）、莱檬（Citrus aurantifolia）、藜檬（Citrus limonia）的起源。2.宜昌橙群体遗传结构与演化历史分析野生宜昌橙分布于中国西南及中西部地区。应用15对cpSSR分子标记在16个宜昌橙种群231个单株个体中,共检测到47个叶绿体单体型。每个群体的单体型数目1到9个不等,仅有三个种群不存在私有单体型,其他群体均存在私有单体型。叶绿体单体型分布与地理结构存在关联。66对nSSR标记在宜昌橙群体中共扩增出338个等位谱带,平均每个位点存在5.121个等位谱带,有效等位谱带为1.703个。不同群体平均期望杂合度与观测杂合度分别为0.313和0.267。群体结构、主成分与邻近树分析均表明宜昌橙种群可以划分为3个亚群,群体结构与地理分布较为吻合,中心种群分布在大巴山脉与武陵山脉潜在冰川遗迹地区,另两个群体分布范围较为局限。AMOVA分析表明宜昌橙群体差异主要存在群体内部（Fst=44.14%;Rst=46.26%）和不同亚群之间（Fst=44.89%;Rst=43.56%）。应用9个单拷贝核基因对16个群体88份宜昌橙单株进行中性检测,多个群体平均Tajima’s D和D*and F*of Fu and Li值为负值,表明多数宜昌橙群体演化过程中种群数目有所增加,也有可能经历了净化选择。宜昌橙三个亚群之间存在不对称基因漂流,群体之间的遗传差异与种群遗传距离成正相关。高山峡谷与长江作为自然屏障阻碍了不同亚群之间的基因交流,促进了宜昌橙群体分化。有限的基因漂流、瓶颈效应与遗传漂变综合作用,促使群体间遗传差异不断增加,进而导致了宜昌橙现有的群体结构与分布模式。3.柑橘亚科植物系统发育关系基于73份柑橘亚科植物全基因组重测序数据,分别构建叶绿体与核基因组基因树,核基因组物种树。叶绿体系统发育树与核基因系统发育树可以明显区分黄皮族与柑橘族植物。辣密柑亚族（Triphasiinae）植物是柑橘族中最原始类型,酒饼勒属（Atalantia）属于近似柑橘组植物,而非洲樱橘属（Citropsis）属于原始柑橘组植物。真正柑橘类植物分为6个属,枳属（Poncirus）、金柑属（Fortunella）、澳沙檬属（Eremocitrus）、多蕊橘属（Clymenia）、澳指檬属（Microcitrus）与柑橘属。柑橘属分为柑橘亚属与大翼橙亚属,柑橘亚属拥有5个种,分别是橘、柚、枸橼、宜昌橙与莽山野柑（Citrus nobilis）。杂种柑橘主要是由几个基本种之间相互杂交而来。杂种柑橘中,莱檬是由小花大翼橙（Citrus micrantha）或马蜂柑（Citrus hytrix）与枸橼杂交而来,前者作母本后者作父本;藜檬是由橘与枸橼杂交而来,橘作母本枸橼作父本;印度野橘（Citrus indica）不具有种的地位,其是由枸橼作母本,橘作父本杂交而来;柠檬是由酸橙（Citrus aurantium）作母本,枸橼作父本杂交而来;葡萄柚（Citrus paradisi）是杂种起源,母本是柚类,而父本是甜橙（Citrus sinensis）。香橙（Citrus junos）是由甜橙作母本,宜昌橙作父本杂交而来。分子钟研究表明,柑橘族与黄皮族约在24.96百万年前发生分化。辣蜜柑亚族与柑橘亚族及胶柑亚族分化时间约在22.01百万年前。柑橘族真正柑橘组植物与胶柑亚族及柑橘族原始柑橘组、近似柑橘组植物约在19.21百万年前发生分化。酒饼勒属植物约在10.04百万年与柑果子属植物发生分化产生。真正柑橘组中,枳属约在14.19百万年前首先分化出来,柑橘属中枸橼、柚与橘约在3.43—4.72万年之间分化产生。
秦雪[7]（2017）在《三种新疆野生果树EST-SSR分子标记开发及利用》文中研究指明天山樱桃、野生樱桃李、野生欧洲李是新疆伊犁地区珍贵的野生果树资源,对维持和改善当地的生态体系具有重要作用。目前三种果树面临着生态环境脆弱及人为破坏严峻的双重考验,本研究拟采用EST-SSR分子标记法对这些野生资源进行保护。通过查找三种果树的EST序列,设计属于三种果树的特异性引物,筛选最佳SSR-PCR反应体系,验证引物的通用性,将所开发的引物用于今后对三种野生果树的基因组学研究中。主要研究结果如下:（1）NCBI公共数据库中天山樱桃EST序列共计111850条,含SSR的EST序列共8288条,占EST总数的7.41%。其中二核苷酸占主导地位,CT和TC是天山樱桃碱基重复的主要类型,占核苷酸总数的40.17%。试验中选择并合成了30对引物,对30对引物进行检测,有效扩增率达70%。（2）NCBI公共数据库中樱桃李EST序列共计347条,含SSR的EST序列共270条,占EST总数的77.81%。在樱桃李有限的序列中仅存在三种类型的重复基元,SSR类型并不丰富,但SSR出现频率在三种果树中最高。重复基元以二、三核苷酸为主体,二核苷酸重复中SSR数目最多,占SSR总数的87.40%。试验中合成了30对可用引物,有效扩增率为66.67%。（3）NCBI数据库中欧洲李序列仅有54条,不足以设计出引物,因此用李属及其近缘物种黑刺李、李、乌荆李、杏李等植物的EST序列进行引物设计。在4379条EST序列中查找到692个SSR,占EST序列总数的15.80%。其中二、三核苷酸重复为主体,二核苷酸数目最多,占SSR总数的82.50%,三核苷酸重复基元类型最丰富。试验共合成了54对引物,有效扩增率为64.82%。（4）本研究针对天山樱桃、樱桃李和欧洲李共设计合成了114对引物,大多数引物在56℃时能扩增出清晰谱带,只有天山樱桃引物在此温度下扩增谱带较少,于是对不能扩增出谱带的天山樱桃引物进行退火温度梯度筛选,共设计了12个温度梯度,温度区间为4866℃,分析发现大部分引物退火温度集中在55.960.3℃之间。（5）本研究从稳定性与经济性出发,建立优化了的SSR-PCR反应体系,筛选出了dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA的优势组合。20μL反应体系为:dNTP 0.2 mmol/L、引物0.4μmol/L、Taq酶0.75 U、模板DNA 60 ng。SSR扩增程序为:95℃预变性5 min;30个循环（95℃变性30 s,56℃退火30 s,72℃延伸45 s）;72℃延伸10 min。试验证实该体系稳定可靠。（6）本研究验证了天山樱桃,樱桃李和欧洲李EST-SSR引物具有一定通用性,且同属植物间通用性高于跨属植物间。樱桃李引物在欧洲李中扩增率为90%,表明了樱桃李和欧洲李基因组差异较小。
伍泓昆[8]（2016）在《基于DArT芯片及叶绿体基因组分析的柑橘属植物进化与分类研究》文中研究表明柑橘属植物是世界上最重要的果树之一,我国是柑橘属植物重要的发源地。自1753年林奈创立柑橘属以来的260余年时间里,国内外学者们对柑橘属植物的分类问题展开了一系列的研究。然而,由于柑橘属植物芽变率高,种间、属间易于杂交,加之人工栽培历史悠久,栽培范围广从而导致了柑橘属植物的进化分类及重要栽培种、野生种的起源问题存在一定争议,柑橘属植物系统进化的框架仍然有待完善。迄今为止虽然有从形态学到分子学等方面的研究,但柑橘属植物种间关系仍然缺乏充分的分子证据。随着生物信息学及高通量测序技术的发展,新的生物分子标记技术已经逐步应用于植物分类与进化问题的研究中。DArT芯片显示技术（Diversity Arrays Technology,DArT）是在基因组水平上对物种或个体进行鉴别的一种高通量技术。它把基因组文库和基因芯片杂交检测相结合,无需传统的凝胶电泳分析,从而使检测精度和检测通量得到了大大的提高;同时也无需预先知道基因组的序列信息,因而将会是评价柑橘核基因组整体情况的理想技术。本研究利用基因芯片对柑橘属植物进行了研究,并对部分重要柑橘属植物种类进行了高通量测序比对分析。构建DArT芯片评估了24种柑橘及其近缘属植物的进化关系进行。植物叶绿体基因分子量小、组结构简单、单亲遗传,故为分析母系遗传关系的理想手段。因此本研究还选择了6种柑橘及其近缘属植物进行叶绿体全基因组测序,并通过比较分析筛选出了可作为DNA条形码（DNA barcode）的多态性片段。本研究以Swingle系统中的15个柑橘种为芯片探针来源,构建适用于柑橘属植物的DArT芯片,并对24种柑橘及其近缘属植物进化关系进行分析。根据进化分析结果发现,所有柑橘属植物的材料均聚为一支,这表明柑橘属植物可能为单系类群。DArT芯片数据分析结果不支持Swingle分类系统中将柑橘属划分为柑橘属和大翼橙亚属,暗示柑橘属植物可能有一个更加复杂的进化过程。DArT芯片数据分析还发现宜昌橙和莽山野橘可能是两个单独发生的关键种。同时对6种柑橘及其近缘种叶绿体基因进行了高通量测序,其中4种属于柑橘属,另有金柑属和枳属各1种。结合已完成测序的甜橙和来檬叶绿体基因组,比对分析共8个叶绿体基因组之间的差异。其中,叶绿体基因序列最小的是来檬,之后依次为枸橼、柚、甜橙、莽山野橘、金柑、枳以及红河大翼橙。8个柑橘及近缘种叶绿体基因组的基因顺序、所编码的基因数量、内含子以及基因间隔区都高度相似。除来檬编码137个基因之外,红河大翼橙、莽山野橘、道县野橘、枸橼、柚子、甜橙、金柑、以及枳叶绿体基因组都编码一套136个基因,包括102个蛋白编码基因,30个tRNA编码基因,以及4个rRNA编码基因。进一步分析基因间隔区变异幅度,筛选出潜在的60个可作为分子条形码的区域,为柑橘杂交种的亲本鉴定及分析提供技术支持。本研究结合DNA芯片技术和DNA条形码的思想,在基于形态学特征的基础上对柑橘属植物现有种进行基因组层面的研究,为柑橘属植物分类系统的进一步完善、种的划分及种间关系提供新的证据;并为我国柑橘属植物资源的保护利用和分子鉴定奠定理论及技术基础。
郭雁君,曾继武,胡亚平,郭丽英,蒋惠,周希琴,吉前华[9]（2014）在《基于SSR标记的肇庆地区柑橘品种分类地位研究》文中研究指明评价广东省肇庆地区地方柑橘品种与其他部分柑橘属和近缘属植物的亲缘关系,为其分类和育种提供理论依据。从34对柑橘SSR引物中筛选到13对多态性较好的SSR引物,对8份肇庆地方柑橘品种和22份柑橘属、枳属、酒饼簕属植物材料进行PCR扩增,并采用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测,用遗传相似性和聚类分析等方法分析检测结果。13对引物共扩增出83条谱带,多态检出率为100%,通过聚类分析能够有效的区分柑橘属、枳属和酒饼簕属,以及柑橘属内的种、品种甚至品系。结果表明SSR分子标记技术能够用于肇庆柑橘种质资源分类地位研究,并且供试的肇庆地方柑橘品种亲缘关系较近。
于杰[10]（2011）在《柑橘及其近缘属植物DNA条形码研制及其物种的鉴定研究》文中提出中国是世界柑橘最重要的起源地之一,具有丰富的柑橘资源。柑橘属于芸香科（Rutaceae）柑橘亚科（Aurantioideae）植物。自1753年林奈创立柑橘属（Citrus L.）以来,国内外学者从形态学、细胞学到分子水平进行了一系列的研究,先后建立了多个柑橘属分类系统。其中,最着名的是美国的Swingle系统,包含16个种；日本的Tanaka系统,包含159个种和3个变种；我国的曾勉系统,包含30个种。由于柑橘属植物具有种间易杂交、无融合生殖及无性变异等特点,柑橘属植物物种的数目、种间亲缘关系和分类问题是迄今尚未解决的科学难题。DNA条形码（DNA barcode）概念由加拿大动物学家Paul Hebert于2003年提出,是一种基于DNA分子进化原理,利用短的DNA片段和现代分子系统学的原理和方法对“传统物种”在分子水平进行身份鉴定的最新物种生物学技术。该技术与传统的物种鉴定方法相比,具有准确性高、效率高、不受被鉴定对象的环境、个体发育和鉴定专家个人因素影响等优点。DNA条形码技术自诞生以来,国内外学者运用线粒体细胞色素C氧化酶I（cytochrome c oxidase subunitⅠ, COⅠ）基因作为条形编码序列,对昆虫、鸟类、鱼类等动物进行物种鉴定和新种及隐存种的发现,取得很大的成功。但COⅠ基因在植物中的进化速率较慢,不适于植物条形码的研究。目前,国内外植物DNA条形码研究还处于寻找合适的基因片段的阶段,许多学者进行了积极的探索,报道了多种植物条形码候选片段或片段组合,但迄今仍没有找到能满足所有标准的DNA条形码特征片段。本研究选用真正柑橘果树类植物6属59个生物类型为实验材料,采用叶绿体编码基因（matK、rpoB、rpoC1、rbcL）、叶绿体间隔序列（trnH-psbA、trnG-trnS、psbH-petB、trnL-trnF）和核基因内转录间隔序列（ITS）及其间隔区（ITS1、ITS2）共9个DNA序列作为条形码候选序列,使用MEGA5.05软件计算序列的碱基组成、序列间的碱基变异频率和序列间的转换颠换频率及其比率。使用SPSS17.0软件进行wilcoxon检验比较分析不同编码序列之间的差异。通过比较序列种内和种间差异的分布,运用单一片段和组合片段分别对柑橘属Swingle系统植物、Tanaka系统植物和柑橘及其近缘属6属植物进行鉴定,比较了各单一序列及片段组合鉴定率的大小。有关研究结果如下：1.在单一序列对柑橘属Swingle系统、Tanaka系统28份材料鉴定中,以富民枳、飞龙枳、枳为外类群构建NJ距离树,比较各单一序列的鉴定率。结果表明：核基因内转录间隔序列（ITS）及其间隔区（ITS1、ITS2）序列的平均鉴定效率最高,叶绿体间隔序列（trnH-psbA、trnG-trnS、psbH-petB、trnL-trnF）次之,叶绿体编码基因（matK、rpoB、rpoC1、rbcL）的鉴定率最低。在Swingle系统中,ITS1鉴定能力最强为100%,psbH-petB、ITS序列鉴定能力次之,鉴定率均为93.8%,rpoC1序列鉴定率最低为12.5%。在Tanaka系统28份材料中psbH-petB、ITS鉴定率分别为100%,rpoC1序列最低为14.8%。2.以九里香、酒饼筋和蚝壳刺为外类群,对柑橘及其近缘属植物6属进行鉴定,构建NJ距离树,比较各单一片段的鉴定率。结果表明：ITS的鉴定率最高,达到59.3%,psbH-petB次之为55.9%,matK为50.8%,其余片段均为50%以下。综合1、2结果,核基因ITS、叶绿体间隔序列psbH-petB、叶绿体编码基因matK在相同类型的DNA序列中鉴定率最高,是柑橘及其近缘属植物DNA条形码研究的重要片段。3.结合第三届国际生物条形码的提议及前人研究组合方案和单一片段的鉴定结果,选用matK+rbcL、matK+trnH-psbA、matK+ITS、trnH-psbA+ITS、trnG-trnS+ITS2、matK+ITS2、matK+psbH-petB+trnG-trnS、matK+ITS+trnG-trnS、matK+rpoB+rpoC1片段组合为研究对象,以富民枳、飞龙枳、枳为为外类群对柑橘属Swingle、Tanaka系统28份植物构建NJ距离树,比较各组合片段的鉴定率。结果表明：在Swingle系统植物鉴定中,trnH-psbA+ITS的鉴定率最高为100%, matK+trnH-psbA、matK+ITS和trnG-trnS+ITS2次之为93.8%,matK+rpoB+rpoC1的鉴定率最低为81.3%。在Tanaka系统28份植物鉴定中,matK+ITS、trnG-trnS+ITS2及matK+ITS+trnG-trnS三者的鉴定率最高为96.3%,trnH-psbA+ITS、matK+trnH-psbA的鉴定能力均下降,分别为74.1%、51.9%。所以在利用组合片段对柑橘属Swingle、Tanaka系统28份植物鉴定中matK+ITS、trnG-trnS+ITS2的鉴定率最高。4.以九里香、酒饼簕和蚝壳刺为外类群,利用组合片段对柑橘及其近缘属植物鉴定,构建NJ距离树,比较各片段组合的鉴定率。结果表明：matK+ITS+trnG-trnS组合鉴定率最高为83.1%, matK+ITS次之为81.4%。两者鉴定率相差不大,但后者少了trnG-trnS片段,序列长度更短,鉴定效率更高。综上所述,在单一序列鉴定柑橘属Swingle系统、Tanaka系统28份材料和柑橘及其近缘属植物中,psbH-petB、ITS具有最高的鉴定率,并且psbH-petB、ITS、matK序列在相同类别的DNA序列中鉴定率最高,三者是柑橘条形码研究的重要片段；组合片段与单一片段相比,鉴定率均有较大幅度提高,matK+ITS与其它组合片段相比,具有较高的鉴定率、较短的序列长度等特点,可用于柑橘及其近缘属植物DNA条形码研究。DNA条形码技术作为一种新型的物种鉴定手段,可用于柑橘及其近缘属植物的鉴定。
二、用SSR标记研究柑橘属及其近缘属植物的亲缘关系(英文)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、用SSR标记研究柑橘属及其近缘属植物的亲缘关系(英文)（论文提纲范文）
（1）柑橘模式材料的开发与金柑属植物系统发育学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 1.课题的提出 |
| 2.前人研究进展 |
| 2.1 模式植物的开发与应用研究进展 |
| 2.1.1 模式植物拟南芥开发与应用历史 |
| 2.1.2 水稻、番茄和杨树模式材料的开发与应用 |
| 2.1.3 前人在柑橘基因功能研究中使用的实验材料与研究进展 |
| 2.1.4 山金柑的生物学特点及其开发和应用进展 |
| 2.2 果树植物全基因组测序研究进展 |
| 2.2.1 温带果树 |
| 2.2.2 亚热带果树 |
| 2.2.3 热带果树 |
| 2.3 真柑橘果树系统发育与金柑属起源研究进展 |
| 2.3.1 真柑橘果树分类与系统发育研究进展 |
| 2.3.2 中国柑橘种质资源研究进展 |
| 2.3.3 金柑的栽培与传播历史 |
| 3.本研究的目的与内容 |
| 3.1 研究目的 |
| 3.2 研究内容 |
| 第二章 单胚山金柑纯系和杂交群体的构建及栽培评价 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 单胚山金柑纯系的构建 |
| 2.2 单胚山金柑农艺性状评价指标 |
| 2.3 单胚山金柑×滑皮金柑F1群体和F2群体的构建 |
| 2.4 DNA提取、分子标记初步估计纯合度与杂种鉴定 |
| 2.5 山金柑基因组特点检测 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 单胚山金柑纯系的构建 |
| 3.2 单胚山金柑农艺性状评价 |
| 3.3 单胚山金柑自交优系的选择 |
| 3.4 单胚山金柑PN02×滑皮金柑F1的构建与表型的初步调查 |
| 3.5 单胚山金柑PN02×滑皮金柑F2的繁育 |
| 4.讨论 |
| 4.1 山金柑纯系材料的进一步科学利用 |
| 4.2 “模式柑橘”“模式栽培”的继续探索 |
| 4.3 单胚山金柑PN02×滑皮金柑F1、F2群体的未来应用 |
| 第三章 山金柑全基因组测序 |
| 1.引言 |
| 2.材料和方法 |
| 2.1 植物材料与核酸提取方法 |
| 2.2 基因组测序与组装流程 |
| 2.3 基因组与转录组分析方法 |
| 2.4 山金柑成花基因表达分析、SPL基因家族分析和实时定量荧光PCR实验方法 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 山金柑基因组测序 |
| 3.1.1 基因组测序和组装 |
| 3.1.2 基因组注释 |
| 3.1.3 基因组共线性分析 |
| 3.1.4 同源基因分析 |
| 3.1.5 系统发育分析 |
| 3.2 山金柑生活史转录组测序与基因共表达网络分析 |
| 3.2.1 山金柑生活史转录组测序 |
| 3.2.2 山金柑生活史基因共表达模式分析 |
| 3.2.3 山金柑成花机理比较转录组分析 |
| 3.3 山金柑SPL基因家族分析 |
| 3.3.1 山金柑SPL基因鉴定 |
| 3.3.2 山金柑SPL基因系统发育分析 |
| 3.3.3 山金柑SPL基因表达模式分析 |
| 4.讨论 |
| 4.1 山金柑基因组的进一步优化 |
| 4.2 山金柑在柑橘植物树体发育研究中的未来应用 |
| 4.3 山金柑作为柑橘生殖发育研究的模式材料及山金柑早花机理的进一步深入研究 |
| 第四章 金柑属植物系统发育研究 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 植物材料与DNA提取方法 |
| 2.2 核SSR分子标记实验与分析方法 |
| 2.3 叶绿体序列测序实验与分析方法 |
| 2.4 重测序数据分析方法 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 基于核SSR的金柑属植物遗传评价 |
| 3.1.1 基于核SSR数据的遗传多样性分析 |
| 3.1.2 基于核SSR数据的主坐标分析 |
| 3.1.3 基于核SSR数据的系统发育分析 |
| 3.1.4 基于核SSR数据的群体结构分析 |
| 3.2 基于叶绿体序列的金柑属植物遗传多样性与系统发育分析 |
| 3.2.1 基于叶绿体序列的遗传多样性分析 |
| 3.2.2 基于叶绿体序列的系统发育分析 |
| 3.3 基于全基因组SNP的栽培金柑与山金柑群体遗传学分析 |
| 3.3.1 栽培金柑与野生山金柑系统发育与主成分分析 |
| 3.3.2 栽培金柑与野生山金柑群体结构分析 |
| 3.3.3 栽培金柑种群与野生山金柑种群基因组遗传多样性分析 |
| 3.3.4 栽培金柑种群与野生山金柑种群遗传分化分析 |
| 3.3.5 栽培金柑种群与野生山金柑种群连锁不平衡分析 |
| 3.3.6 栽培金柑种群与野生山金柑种群基因组高分化区检测 |
| 3.3.7 栽培金柑种群与野生山金柑种群动态分析 |
| 3.3.8 基于本研究结果和前人报道的栽培金柑起源假说 |
| 4.讨论 |
| 4.1 栽培金柑种质资源收集和评价的思考 |
| 4.2 金柑属植物的分类、系统发育与起源争议问题的新观点 |
| 第五章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ:附表 |
| 附录Ⅱ:附图 |
| 附录Ⅲ:补充数据 |
| 附录Ⅳ:科研产出 |
| 致谢 |
（2）老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 第二章 国内外研究进展 |
| 2.1 遗传多样性及DNA分子标记研究进展 |
| 2.1.1 遗传多样性概述及研究方法 |
| 2.1.2 DNA分子标记的类型 |
| 2.1.3 DNA分子标记的应用 |
| 2.1.4 披碱草属植物遗传进化研究 |
| 2.1.5 老芒麦遗传多样性研究 |
| 2.2 DNA测序技术原理及研究进展 |
| 2.3 遗传图谱构建及QLT定位 |
| 2.3.1 遗传作图原理与方法 |
| 2.3.2 QTL作图原理与方法 |
| 2.3.3 牧草遗传连锁图谱构建及重要农艺性状QTL定位研究进展 |
| 2.4 全基因组关联分析 |
| 2.4.1 关联分析的基础、优势和策略 |
| 2.4.2 牧草重要农艺性状全基因组关联分析研究进展 |
| 2.5 落粒性状及禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.5.1 植物器官脱落的解剖学基础 |
| 2.5.2 植物器官脱落的生理基础 |
| 2.5.3 落粒基因研究进展 |
| 2.5.4 禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.6 老芒麦育种研究概况 |
| 2.7 本研究的目的意义及技术路线 |
| 2.7.1 目的及意义 |
| 2.7.2 技术路线 |
| 第三章 老芒麦EST-SSR分子标记开发与应用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 供试材料 |
| 3.2.2 EST-SSR分子标记识别 |
| 3.2.3 DNA提取及浓度检测 |
| 3.2.4 PCR扩增及凝胶电泳 |
| 3.2.5 PCR扩增产物序列验证 |
| 3.2.6 数据处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 EST-SSR的频率及分布 |
| 3.3.2 引物通用性及多态性分析 |
| 3.3.3 PCR产物验证 |
| 3.3.4 披碱草属遗传多样性分析 |
| 3.3.5 披碱草属遗传结构和遗传进化分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 基于转录组测序的老芒麦EST-SSR分子标记开发 |
| 3.4.2 披碱草属不同基因组材料的遗传进化关系 |
| 3.4.3 种质资源保存策略 |
| 第四章 老芒麦种质资源遗传多样性评价与作图群体构建 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 供试材料 |
| 4.2.2 试验地概况 |
| 4.2.3 表型观测项目及方法 |
| 4.2.4 DNA提取及PCR扩增 |
| 4.2.5 数据处理 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 老芒麦种质资源落粒性评价 |
| 4.3.2 EST-SSR标记多态性及老芒麦遗传多样性分析 |
| 4.3.3 遗传图谱作图亲本选择 |
| 4.3.4 F_1群体构建及其遗传和表型变异评价 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 老芒麦遗传多样性 |
| 4.4.2 老芒麦落粒性遗传改良 |
| 第五章 老芒麦高密度遗传图谱构建与落粒QTL定位 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 供试材料 |
| 5.2.2 试验地概况 |
| 5.2.3 表型观测项目及方法 |
| 5.2.4 基因组DNA提取、SLAF文库构建及高通量测序 |
| 5.2.5 高密度遗传图谱构建 |
| 5.2.6 落粒相关性状QTL分析 |
| 5.2.7 候选基因挖掘 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 测序数据统计与评价 |
| 5.3.2 SLAF标签开发 |
| 5.3.3 遗传图谱构建 |
| 5.3.4 图谱质量评价 |
| 5.3.5 F_2群体表型变异 |
| 5.3.6 QTL作图及比较基因组分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 基于新一代基因组测序技术构建首张老芒麦高密度遗传图谱 |
| 5.4.2 老芒麦落粒性QLT位点检测 |
| 5.4.3 老芒麦落粒候选基因挖掘 |
| 第六章 老芒麦落粒性全基因组关联分析 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 供试材料 |
| 6.2.2 试验地概况 |
| 6.2.3 表型观测项目及方法 |
| 6.2.4 基因组DNA提取、酶切建库、测序及SLAF标签开发 |
| 6.2.5 遗传进化、亲缘关系及连锁不平衡分析 |
| 6.2.6 全基因组关联分析 |
| 6.2.7 候选基因 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 实验建库评估及测序数据统计 |
| 6.3.2 SLAF标签开发及SNP信息统计 |
| 6.3.3 连锁不平衡和亲缘关系分析 |
| 6.3.4 遗传进化分析 |
| 6.3.5 表型性状评价及相关性分析 |
| 6.3.6 关联分析 |
| 6.3.6.1 老芒麦落粒性关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.2 老芒麦种子相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.3 老芒麦产量相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 连锁不平衡与群体结构 |
| 6.4.2 表型多样性与关联分析 |
| 6.4.3 落粒候选基因挖掘 |
| 第七章 结论与创新点 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 主要创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 附图 |
| 缩略词表 |
| 在学期间参与的科研项目 |
| 在学期间的研究成果 |
| 在学期间获得的荣誉 |
| 致谢 |
（3）我国原产栽培山楂及其近缘种的种间关系及起源演化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 山楂属植物的起源演化研究进展 |
| 1.2 山楂属植物的种类划分研究进展 |
| 1.3 我国山楂属植物的分布及种间关系研究进展 |
| 1.4 果树种间关系及起源演化研究常用方法 |
| 1.4.1 形态学 |
| 1.4.2 核型分析 |
| 1.4.3 孢粉学 |
| 1.4.4 远缘杂交亲和性 |
| 1.4.5 分子遗传技术 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 山楂属植物的植物学、生物学、果实特性比较及种间杂交亲和性研究 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 植物学特征调查 |
| 2.2.2 生物学特性调查 |
| 2.2.3 果实性状调查 |
| 2.2.4 数据分析 |
| 2.2.5 杂交组合设计 |
| 2.2.6 花粉采集 |
| 2.2.7 花朵去雄和套袋 |
| 2.2.8 授粉 |
| 2.2.9 坐果率和种仁率调查 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 植物学特征比较 |
| 2.3.2 生物学特性比较 |
| 2.3.3 果实性状比较 |
| 2.3.4 山楂属植物的表型和生物学特性相似性分析 |
| 2.3.5 山楂属植物表型特性和生物学特性的主成分分析 |
| 2.3.6 山楂属植物种间杂交坐果率 |
| 2.3.7 山楂属植物种间杂交种仁率 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 山楂属植物植物学、生物学及果实特性分析 |
| 2.4.2 山楂属植物种间杂交种仁率 |
| 2.4.3 山楂属植物种间杂交亲和性与种间关系 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 基于SSR分子标记研究山楂属植物种间关系 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 DNA提取 |
| 3.1.3 SSR引物设计及合成 |
| 3.1.4 SSR引物筛选 |
| 3.1.5 SSR引物退火温度筛选 |
| 3.1.6 PCR扩增及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.1.7 SSR条带读取及数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 DNA质量检测 |
| 3.2.2 多态性SSR引物筛选及退火温度筛选 |
| 3.2.3 基于SSR标记的山楂属植物种间关系分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 基于简化基因组测序研究山楂属植物种间关系 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 酶切方案设计 |
| 4.1.3 酶切建库测序 |
| 4.1.4 测序数据统计与评估 |
| 4.1.5 SLAF标签及SNP开发 |
| 4.1.6 生物学信息分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 酶切方案评估 |
| 4.2.2 测序数据质量值分布检查 |
| 4.2.3 碱基分布检查 |
| 4.2.4 测序数据产生和质量统计 |
| 4.2.5 SLAF标签与SNP信息统计 |
| 4.2.6 山楂属植物系统发育分析 |
| 4.2.7 山楂属植物遗传结构分析 |
| 4.2.8 主成分分析 |
| 4.2.9 山楂属植物种间基因流分析 |
| 4.2.10 山楂属植物种间分化时间估算 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 我国原产山楂属植物的系统进化分析 |
| 4.3.2 山楂属植物的进化与地质事件 |
| 4.3.3 我国原产栽培山楂的起源 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 结论及创新点 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 附表 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 |
（4）山樱花种群变异及亲缘地理学研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 背景及意义 |
| 1.1.1 山樱花分类学争议 |
| 1.1.2 山樱花地理分布现状 |
| 1.1.3 研究目的及意义 |
| 1.2 樱属系统分类学进展 |
| 1.2.1 樱属分类学历史及系统学研究概况 |
| 1.2.2 形态学标记研究进展 |
| 1.2.3 细胞学及生物化学标记研究进展 |
| 1.2.4 樱属分子标记研究进展 |
| 1.3 樱属种类及分布现状 |
| 1.3.1 世界樱属种类与分布 |
| 1.3.2 中国樱属种类与分布 |
| 1.4 亲缘地理学研究进展 |
| 1.4.1 亲缘地理学相关理论 |
| 1.4.2 亲缘地理学的研究进展 |
| 1.4.3 樱属植物亲缘地理学研究进展 |
| 1.5 科学问题及解决思路 |
| 2 山樱花表型变异研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 野外调查与采样 |
| 2.1.2 表型性状选取与统计 |
| 2.1.3 数据处理与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 山樱花表型性状特征 |
| 2.2.2 山樱花表型性状变异与分化 |
| 2.2.3 主成分分析 |
| 2.2.4 聚类分析 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 2.3.1 山樱花表型性状变异 |
| 2.3.2 山樱花居群变异及复合体分类讨论 |
| 3 山樱花群体遗传多样性的SSR分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 研究材料 |
| 3.1.2 试剂与仪器 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 DNA质量检测 |
| 3.2.2 引物筛选与PCR扩增 |
| 3.2.3 山樱花群体遗传多样性 |
| 3.2.4 山樱花群体的遗传分化 |
| 3.2.5 山樱花群体的遗传结构 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 3.3.1 遗传多样性分析 |
| 3.3.2 遗传分化与遗传结构 |
| 4 基于叶绿体序列的亲缘地理学研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 研究材料 |
| 4.1.2 试剂与仪器 |
| 4.1.3 研究方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 山樱花cpDNA群体遗传多样性 |
| 4.2.2 山樱花cpDNA群体遗传结构 |
| 4.2.3 单倍型地理分布 |
| 4.2.4 单倍型TCS网络图 |
| 4.2.5 单倍型系统发育树 |
| 4.2.6 分歧时间 |
| 4.2.7 群体历史动态 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 4.3.1 山樱花遗传多样性与遗传分化 |
| 4.3.2 谱系地理结构 |
| 4.3.3 群体历史动态 |
| 5 基于ITS序列的亲缘地理学研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 研究材料 |
| 5.1.2 研究方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 遗传多样性与群体遗传结构 |
| 5.2.2 核糖体型地理分布 |
| 5.2.3 核糖体型TCS网络图 |
| 5.2.4 群体遗传结构 |
| 5.2.5 系统发育树 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 5.3.1 遗传多样性与遗传分化 |
| 5.3.2 谱系地理结构 |
| 6 讨论、结论与展望 |
| 6.1 讨论 |
| 6.1.1 种群变异及分类处理 |
| 6.1.2 群体遗传多样性与遗传结构 |
| 6.1.3 谱系地理结构与群体动态历史 |
| 6.2 结论 |
| 6.3 展望 |
| 6.3.1 采样群体 |
| 6.3.2 标记手段 |
| 6.3.3 其他方面 |
| 攻读学位期间的学术成果 |
| 参考文献 |
（5）基于形态、孢粉学和SSR标记的玉兰亚属分类研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1. 引言 |
| 1.1 木兰科木兰属分类系统研究进展 |
| 1.1.1 木兰科植物资源及分类系统 |
| 1.1.2 木兰属植物资源及分类系统 |
| 1.2 玉兰亚属分类研究进展 |
| 1.2.1 玉兰亚属系统分类研究现状 |
| 1.2.2 尚未解决的问题及争议 |
| 1.3 玉兰亚属遗传多样性及亲缘关系研究进展 |
| 1.3.1 形态学标记研究 |
| 1.3.2 孢粉学标记研究 |
| 1.3.3 分子标记技术标记研究 |
| 1.4 微卫星标记技术和毛细管电泳技术 |
| 1.4.1 微卫星标记技术 |
| 1.4.2 毛细管电泳技术 |
| 1.5 本研究的目的及意义 |
| 1.6 本研究的主要内容和技术路线 |
| 2. 基于形态学表型标记的玉兰亚属亲缘关系分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料来源 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 玉兰亚属表型性状的R型聚类分析 |
| 2.2.2 玉兰亚属表型性状的主成分分析 |
| 2.2.3 玉兰亚属表型性状的Q型聚类分析 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 2.3.1 可作为玉兰亚属分类依据的表型性状选择 |
| 2.3.2 形态学和数量分类法分析玉兰亚属亲缘关系的有效性 |
| 2.3.3 玉兰亚属进化特征分析 |
| 2.3.4 传统形态学分析结果与分子技术结果关联性 |
| 3. 基于孢粉学标记的玉兰亚属亲缘关系分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 扫描电镜下玉兰亚属花粉形态特征 |
| 3.2.2 玉兰亚属植物花粉聚类结果分析 |
| 3.2.3 基于系统分类学玉兰亚属亲缘关系分析 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 3.3.1 玉兰亚属亲缘和分类关系 |
| 3.3.2 玉兰亚属进化趋势 |
| 3.3.3 孢粉学手段鉴别玉兰亚属的可靠性及意义 |
| 4. 基于SSR标记的玉兰亚属亲缘关系分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 毛细管电泳结果及SSR标记的多态性分析 |
| 4.2.2 玉兰亚属及其近缘种SSR标记的遗传多样性评价 |
| 4.2.3 构建玉兰亚属及其近缘种的指纹图谱 |
| 4.2.4 玉兰亚属亲缘关系的聚类分析 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 4.3.1 SSR引物的多态性 |
| 4.3.2 SSR分子标记与表型标记、孢粉学标记的相关性 |
| 4.3.3 基于SSR标记的玉兰亚属的遗传多样性和亲缘关系分析 |
| 4.3.4 综合分析下玉兰亚属、木兰亚属、含笑属的亲缘关系及系统分类 |
| 5. 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 致谢 |
（6）柑橘亚科植物系统发育基因组学及野生枸橼、宜昌橙谱系地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 课题的提出 |
| 1.2 谱系地理学研究内容和进展 |
| 1.2.1 谱系地理学概述 |
| 1.2.2 谱系地理学研究进展 |
| 1.2.3 谱系地理学研究主要内容 |
| 1.2.4 分子标记与基因序列在植物谱系地理学的应用 |
| 1.3 系统发育学研究进展 |
| 1.3.1 系统发育学概述 |
| 1.3.2 系统发育基因组学分析方法及应用 |
| 1.3.3 系统发育学基因序列选择 |
| 1.3.4 系统发育基因组学潜在问题 |
| 1.4 柑橘亚科植物起源、遗传多样性与系统进化研究 |
| 1.4.1 柑橘亚科植物分类进展 |
| 1.4.2 柑橘属植物地理起源、栽培与传播历史 |
| 1.4.3 柑橘属主要野生柑橘及杂种柑橘的起源研究 |
| 1.4.4 柑橘属植物遗传多样性研究进展 |
| 1.5 本研究目的与内容 |
| 第二章 枸橼类植物遗传多样性及系统进化分析 |
| 1. 引言 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 植物材料 |
| 2.2 DNA提取、nSSR扩增与银染检测 |
| 2.3 叶绿体基因PCR扩增及测序 |
| 2.4 遗传多样性及群体结构分析 |
| 2.5 cpDNA序列分析和系统树的构建 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 基于nSSR标记枸橼类植物遗传多样性分析 |
| 3.2 基于nSSR数据枸橼类植物系统进化与主成分分析 |
| 3.3 枸橼类植物群体群体结构分析 |
| 3.4 叶绿体基因编码区、非编码区基因序列特征与系统进化分析 |
| 4.讨论 |
| 4.1 枸橼类植物遗传多样性与群体结构 |
| 4.2 枸橼类柑橘杂交品种的起源探讨 |
| 第三章 宜昌橙群体遗传结构与物种演化历史研究 |
| 1. 引言 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 植物材料 |
| 2.2 DNA提取、cpSSR、nSSR、单拷贝核基因扩增与检测 |
| 2.3 nSSR与cpSSR数据统计与分析 |
| 2.4 单拷贝核基因遗传多样性分析及中性检测 |
| 2.5 宜昌橙谱系地理结构与系统进化分析 |
| 2.6 基因漂流、Islolation-By-Distance（IBD）以及瓶颈效应分析 |
| 2.7 种群动态历史模拟 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 叶绿体单体型多样性、群体结构及单体型分布 |
| 3.2 宜昌橙核基因遗传多样性与群体结构分析 |
| 3.3 单拷贝核基因多样性、中性选择及单体型分析 |
| 3.4 种群地区间基因流及群体空间结构分析 |
| 3.5 宜昌橙群体演化与系统进化分析 |
| 3.6 宜昌橙与柑橘属植物系统进化分析 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 宜昌橙遗传多样性与群体结构 |
| 4.2 宜昌橙群体演化历史 |
| 第四章 柑橘亚科植物系统发育基因组学研究 |
| 1. 引言 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 DNA提取与全基因组重测序 |
| 2.2 重测序原始数据处理 |
| 2.3 序列比对与SNP质量控制 |
| 2.4 柑橘亚科共有单拷贝核基因鉴定 |
| 2.5 系统进化数据集构建及序列比对 |
| 2.6 检测基因序列一致性、饱和度及偏差效应 |
| 2.7 序列分组与不分组条件下最优进化模型搜索 |
| 2.8 系统发育分析 |
| 2.9 物种树联合（Coalescent）估算分析 |
| 2.10 物种分子钟估算 |
| 3. 结果 |
| 3.1 核基因组单拷贝基因鉴定 |
| 3.2 数据集及模型 |
| 3.3 叶绿体基因组系统发育分析 |
| 3.4 核基因组系统发育分析 |
| 3.5 核基因组序列联合推导物种树 |
| 3.6 柑橘亚科植物分歧时间计算 |
| 4 讨论 |
| 4.1 辣蜜柑橘亚族、胶柑亚族与柑橘亚族植物系统分类 |
| 4.2 真正柑橘组植物系统进化与杂种柑橘起源 |
| 4.3 柑橘亚科植物起源与分化 |
| 4.4 柑橘属柠檬的起源与传播 |
| 第五章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录I 实验操作方法 |
| 附录II 表格 |
| 附录III 图片 |
| 附录IV 补充信息 |
| 附录V 博士期间发表的论文 |
| 致谢 |
（7）三种新疆野生果树EST-SSR分子标记开发及利用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 常用缩略语中英文对照表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 三种野生果树研究进展 |
| 1.2 DNA分子标记概述 |
| 1.3 SSR标记的发展与应用 |
| 1.4 EST-SSR标记开发与应用 |
| 1.5 EST-SSR标记的通用性研究 |
| 1.6 研究目的、内容和技术路线 |
| 第2章 三种野生果树EST-SSR标记开发 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 三种野生果树PCR体系优化 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 三种野生果树引物通用性研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（8）基于DArT芯片及叶绿体基因组分析的柑橘属植物进化与分类研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 柑橘属植物的起源与栽培历史 |
| 1.2 柑橘属植物的分类与进化研究现状 |
| 1.2.1 柑橘属植物的分类地位 |
| 1.2.2 柑橘属植物的分类系统 |
| 1.3 柑橘属植物分类与进化研究方法 |
| 1.3.1 细胞学分类 |
| 1.3.2 孢粉学分类 |
| 1.3.3 化学分类 |
| 1.3.4 数值学分类 |
| 1.3.5 DNA分子标记分类 |
| 1.4 基因芯片在植物研究中的应用 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的及意义 |
| 2.1.1 基于形态学特征对柑橘属植物进行分子身份鉴定 |
| 2.1.2 建立柑橘属植物进化的基本框架 |
| 2.2 研究的主要内容 |
| 2.2.1 DArT芯片的构建和评估 |
| 2.2.2 柑橘及其近缘属植物叶绿体基因组全测序 |
| 2.3 研究的技术路线 |
| 第3章 材料方法 |
| 3.1 构建DART基因芯片的植物材料与方法 |
| 3.1.1 构建DArT基因芯片的植物材料 |
| 3.1.2 构建DArT芯片的方法 |
| 3.1.3 芯片杂交及数据提取 |
| 3.1.4 进化关系分析 |
| 3.2 叶绿体基因组分析的材料与方法 |
| 3.2.1 叶绿体基因组分析材料 |
| 3.2.2 叶绿体基因组的测序、组装以及注释 |
| 3.2.3 基因间隔区(Intergenic region)比对分析 |
| 第4章 结果分析 |
| 4.1 DART芯片构建与评估 |
| 4.2 基于DART芯片的柑橘及其近缘种进化研究 |
| 4.3 基于叶绿体基因组的进化分析 |
| 4.3.1 叶绿体基因组基因组比较 |
| 4.3.2 进化分析 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 柑橘属植物的原生种类及数目 |
| 5.2 原生种类间的进化关系 |
| 5.3 筛选柑橘属条形码 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 发表论文和参研课题 |
（9）基于SSR标记的肇庆地区柑橘品种分类地位研究（论文提纲范文）
| 0引言 |
| 1材料与方法 |
| 1.1供试材料 |
| 1.2 SSR引物筛选 |
| 1.3 SSR及其扩增产物的检测 |
| 1.4谱带分析 |
| 2结果与分析 |
| 2.1各供试材料DNA的SSR扩增结果 |
| 2.2各供试材料间聚类分析 |
| 3讨论 |
| 4结论 |
（10）柑橘及其近缘属植物DNA条形码研制及其物种的鉴定研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 物种 |
| 1.1.1 物种的概念 |
| 1.1.2 物种划分的标准 |
| 1.1.3 柑橘属"种"的问题 |
| 1.2 柑橘及其近缘属植物的分类研究 |
| 1.2.1 柑橘及其近缘属植物的系统位置 |
| 1.2.2 柑橘及其近缘属植物的分类历史 |
| 1.2.3 柑橘及其近缘属植物现代分类系统 |
| 1.2.4 柑橘分类方法 |
| 1.3 DNA条形码研究 |
| 1.3.1 DNA条形码的概念及发展历史 |
| 1.3.2 DNA条形码标准及优点 |
| 1.3.3 DNA条形码操作流程及分析方法 |
| 1.3.4 植物DNA条形码研究进展 |
| 1.3.5 植物DNA条形码应用前景 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究的目的与意义 |
| 2.2 主要研究方法 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 实验材料及主要试剂、仪器设备 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 实验仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 总DNA的提取 |
| 3.2.2 叶绿体片段扩增及测序 |
| 3.2.3 核基因组rDNA ITS片段扩增及测序 |
| 3.2.4 测序 |
| 3.3 分析方法 |
| 3.3.1 柑橘及其近缘属属间的确定 |
| 3.3.2 Swingle系统植物的确定 |
| 3.3.3 Tanaka系统28份植物的确定 |
| 3.3.4 柑橘及其近缘属植物的确定 |
| 3.3.5 片段组合方案的确定 |
| 3.3.6 序列数据分析 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 总DNA提取及PCR扩增 |
| 4.1.1 总DNA提取 |
| 4.1.2 PCR扩增结果 |
| 4.2 利用单一片段对柑橘及其近缘属植物鉴定 |
| 4.2.1 各序列特征分析 |
| 4.2.2 各片段在属间的变异 |
| 4.2.3 叶绿体各片段在种内、种间的变异 |
| 4.2.4 核基因各片段在种内、种间的变异 |
| 4.2.5 候选片段种间和种内遗传距离统计 |
| 4.2.6 不同序列变异的wilcoxon秩和检验 |
| 4.2.7 利用单一片段对Swingle系统植物的鉴定 |
| 4.2.8 利用单一片段对Tanaka系统28份植物的鉴定 |
| 4.2.9 利用单一片段对柑橘及其近缘属植物的鉴定 |
| 4.2.10 单一片段对柑橘及其近缘属植物的鉴定率 |
| 4.3 利用片段组合对柑橘及其近缘属植物鉴定 |
| 4.3.1 片段组合的序列特征分析 |
| 4.3.2 片段组合在种内、种间的变异 |
| 4.3.3 片段组合种内、种间遗传距离统计 |
| 4.3.4 片段组合变异的wilcoxon秩和检验 |
| 4.3.5 利用片段组合对Swingle系统植物的鉴定 |
| 4.3.6 利用片段组合对Tanaka系统28份植物的鉴定 |
| 4.3.7 利用片段组合对柑橘及其近缘属植物的鉴定 |
| 4.3.8 片段组合对柑橘及其近缘属植物的鉴定率 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 DNA条形码与柑橘及其近缘属植物鉴定 |
| 5.1.1 DNA条形码与物种鉴定 |
| 5.1.2 利用单一序列对柑橘及其近缘属植物的鉴定 |
| 5.1.3 利用片段组合对柑橘及其近缘属植物的鉴定 |
| 5.2 对柑橘及其近缘属系统关系的探讨 |
| 5.3 仍需解决的问题 |
| 第6章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录一 缩略词英汉对照表 |
| 附录二 药品配置 |
| 致谢 |
| 发表论文及参加课题 |
四、用SSR标记研究柑橘属及其近缘属植物的亲缘关系(英文)（论文参考文献）
- [1]柑橘模式材料的开发与金柑属植物系统发育学研究[D]. 朱晨桥. 华中农业大学, 2020
- [2]老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位[D]. 张宗瑜. 兰州大学, 2020
- [3]我国原产栽培山楂及其近缘种的种间关系及起源演化研究[D]. 杜潇. 沈阳农业大学, 2019(08)
- [4]山樱花种群变异及亲缘地理学研究[D]. 伊贤贵. 南京林业大学, 2018(02)
- [5]基于形态、孢粉学和SSR标记的玉兰亚属分类研究[D]. 王晨宇. 北京林业大学, 2018(04)
- [6]柑橘亚科植物系统发育基因组学及野生枸橼、宜昌橙谱系地理学研究[D]. 杨晓明. 华中农业大学, 2017(01)
- [7]三种新疆野生果树EST-SSR分子标记开发及利用[D]. 秦雪. 新疆农业大学, 2017
- [8]基于DArT芯片及叶绿体基因组分析的柑橘属植物进化与分类研究[D]. 伍泓昆. 西南大学, 2016(04)
- [9]基于SSR标记的肇庆地区柑橘品种分类地位研究[J]. 郭雁君,曾继武,胡亚平,郭丽英,蒋惠,周希琴,吉前华. 中国农学通报, 2014(04)
- [10]柑橘及其近缘属植物DNA条形码研制及其物种的鉴定研究[D]. 于杰. 西南大学, 2011(06)