一、花生微卫星分子标记研究策略（论文文献综述）
徐哲超[1]（2020）在《竹节参的遗传多样性研究》文中进行了进一步梳理竹节参（Panax japonicus（T.Nees）C.A.Meyer）为五加科（Araliaceae）人参属（Panax L.）多年生草本植物,是人参属植物中分布最广泛的种类。竹节参可入药,有较高药用价值和经济价值,在中国有悠久的用药历史。由于中药市场对其需求量大,而人工种植周期长,因此,野生资源被人为长期采挖,导致资源枯竭,亟需保护。本研究基于第二代测序技术开发了竹节参的微卫星分子标记,并采用该分子标记对竹节参进行群体遗传分析,以期揭示其遗传背景,为该物种的保护提供理论参考。采用Illumina二代测序技术建立竹节参基因组文库和微卫星文库,分析微卫星组成类型等特征。二代测序返回并组装选取得到20 051条一致性序列,在其中的1 537条序列中查找出微卫星位点1 998个,含有微卫星的片段占序列数的7.67%。所有微卫星片段中单核苷酸重复数量最多,占总微卫星位点数的39.99%,二核苷酸重复占比36.93%,在单核苷酸重复类型中A/T重复占据优势（占87.23%）;二核苷酸重复类型中AT/AT占据优势（占51.76%）,重复长度变异情况与微卫星丰度呈负相关。设计并合成33对引物,通过对5个种群进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测筛选出20对引物多态性丰富且条带清晰,等位基因数（NA）在310之间,平均等位基因数目为5.1个。多态性信息含量PIC范围为0.420.85。这些微卫星引物的观测杂合度HO为0.01921.0000,平均值为0.5923;期望杂合度HE为0.18760.8755,平均值为0.6430。对5个竹节参种群的群体遗传分析发现,本研究开发的引物多态性较好。对外类群进行通用性检测,表明这些引物在人参属内近缘种中通用性较好,而跨属通用性差。本研究利用筛选的20对竹节参微卫星引物,对采自陕西、四川4个种群的珠子参、采自四川2个种群的狭叶竹节参以及采自云南、四川、湖北8个种群的竹节参,共计273份样品进行检测,统计实验数据,分析其遗传多样性与遗传分化。研究结果表明:20对竹节参引物均具有较高的多态性,各位点的等位基因数在416之间,共检测到变异位点202个,平均每对引物10.1个;在物种水平上竹节参的遗传多样性较高（HO=0.4799,HE=0.8393,I=2.0513,h=0.8378）。AMOVA分析结果显示,竹节参的遗传变异主要来源于种群间,种群间遗传分化强烈(Gst=0.6092,Fst=0.61622),种群间基因流较弱（Nm=0.1557）。聚类结果表明,遗传距离相近的种群,地理位置分布也相对较近。Mantel Test结果（R=0.617,P=0.01）表明竹节参遗传距离与地理距离存在显着相关性。由于竹节参分布范围相对广泛,在进化历程中受到地理隔离形成数量众多的小种群并各自累积了丰富的变异,使得该物种仍然保留有丰富的遗传变异。地理隔离和有限基因流造成的种群遗传漂变是形成竹节参种群间遗传分化强烈的主要原因。基于竹节参的遗传结构,我们提出了以就地保护为主的保护策略。
王世会[2]（2020）在《中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘、养殖性能和品质评价》文中认为绒螯蟹（Eriocheir sensu stricto）,又称河蟹或大闸蟹,是东亚地区土着且具有重要经济价值的蟹类之一。尚不清楚不同水系野生绒螯蟹种质遗传特性,人工养殖条件下的养殖性能和品质特性。因此本文比较了不同水系野生绒螯蟹的遗传多样性,在相同/相似的养殖条件下比较了不同水系绒螯蟹的养殖性能、营养品质和风味品质差异,以期为中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘和开发利用提供基础数据。研究内容和结果如下:1. 长江、瓯江、闽江和南流江水系野生绒螯蟹遗传多样性及遗传结构分析采用分子标记和线粒体COI标记分析了长江、瓯江、闽江和南流江水系野生绒螯蟹的遗传多样性和种群结构。结果表明:四水系野生群体的多态性信息含量PIC介于0.7827～0.8580之间,香农信息指数I介于2.0722～2.4088之间;单倍型多样性h介于0.52101～0.87097之间,核苷酸多样性π介于0.00139～0.02796之间,四水系野生群体的遗传多样性均较高。不论是微卫星还是线粒体标记分析,南流江种群与长江、瓯江和闽江种群均存在中等程度的遗传分化;瓶颈效应分析表明在符号检测和Wilcoxon符号检验的SMM模型下,四水系绒螯蟹种群均经历了瓶颈效应;遗传结构分析表明南流江种群独立于长江、瓯江和闽江种群。综上,通过微卫星和线粒体COI标记分析,四水系野生绒螯蟹均具有较高的遗传多样性,遗传分化程度与地理距离相一致,瓯江和闽江种群更接近长江种群,而与南流江种群遗传距离较远。本研究为绒螯蟹种质资源保护和合理开发利用提供了基础资料。2. 辽河、长江、瓯江和闽江水系绒螯蟹F1养殖性能比较通过养殖实验和解剖相结合的方法,系统地评估了辽河、长江、瓯江和闽江水系绒螯蟹F1在扣蟹阶段生长性能、早熟率、成活率、产量和饲料系数,成蟹阶段生长性能、生殖蜕壳、性腺发育、成活率、产量和饲料系数。结果表明:（1）在扣蟹养殖阶段,四水系扣蟹的平均体重均无显着性差异（P>0.05）,但终体重以长江扣蟹最高。8-10月和10-11月四水系扣蟹的增重率WGR和特定生长率SGR均存在显着性差异（P<0.05）,辽河扣蟹无早熟个体,其余三水系扣蟹存在一定早熟率,且差异显着（P<0.05）。辽河扣蟹成活率和产量最高,饲料系数最低,而闽江扣蟹成活率和产量最低,饲料系数最高。（2）在成蟹养殖阶段,生长前期（3-7月）辽河蟹平均体重最高,生长后期（9-11月）长江蟹平均体重最高。3-5月和7-9月闽江蟹的WGR和SGR略高于辽河蟹和长江蟹。9月末雌体全部完成生殖蜕壳,而雄体则持续到10月。9-11月闽江蟹性腺指数GSI增量最高,但11月长江蟹GSI最高。长江蟹成活率和产量均最高,饲料系数最低。就终体重分布而言,长江雌体大规格（≥150.00 g/只）比例最高,辽河雄体大规格（≥200.00 g/只）比例最高,但不同水系间无显着性差异（P>0.05）。综合判断,在长江流域长江蟹养殖性能最优,闽江蟹性腺发育最晚,但性腺发育速度较快。这些研究结果将为绒螯蟹种质资源开发和保护提供重要的科学依据。3. 中华绒螯蟹1龄性早熟自交和1龄性早熟与2龄正常成熟杂交F1养殖性能及可食率比较本研究构建了1龄性早熟自交家系（PI）和1龄性早熟与2龄正常成熟杂交家系（PHN）,综合评估其养殖性能和可食率。结果表明:（1）在扣蟹养殖阶段,PI组F1扣蟹平均体重始终大于PHN组;PI组F1雌体的WGR、SGR和早熟率均高于PHN组,雄体则较低,但均无显着性差异（P>0.05）;PI组F1雌体成活率显着低于PHN组（P<0.05）,雄体略低于PHN组;PHN组总产量较高,但无显着差异（P>0.05）。扣蟹终体重呈正态分布,3.00～8.99 g终体重扣蟹比例较高。（2）在成蟹养殖阶段,生长前期（3-5月）PI组平均体重低于PHN组,生长后期（7-9月）则以PI组为高;3-5月和7-9月PHN组F1WGR和SGR均高于PI组,而5-7月则以PI组为高;PI组F1生殖蜕壳和性腺发育略早于PHN组,无显着性差异（P>0.05）;总体来看,PI组F1成活率和产量均高于PHN组,但饲料系数显着低于PHN组（P<0.05）;PHN组F1体重<125.00 g和≥250.00 g的成蟹百分比较高,两组体重<125.00g的成蟹存在显着性差异（P<0.05）。（3）就总可食率TEY而言,PI组F1TEY高于PHN组;就肥满度CF而言,PI组F1雌体高于PHN组,雄体则较低,但两组无显着性差异（P>0.05）。综上,1龄早熟自交组F1具有扣蟹平均体重大、早熟率略高,成蟹生殖蜕壳较早、成活率和产量高的特点;而1龄早熟与2龄正常成熟杂交组F1则具有扣蟹成活率和产量高,成蟹生殖蜕壳略晚、饲料系数低的特点。4. 辽河、长江和闽江水系人工养殖绒螯蟹成蟹品质比较采用养殖实验、解剖、生化组成分析、脂肪酸分析和游离氨基酸分析等方法,系统地比较了辽河、长江和闽江水系人工养殖绒螯蟹成蟹的肥满度、总可食率、可食组织脂肪酸和游离氨基酸组成。结果表明:（1）除三水系雌体GSI和雄体CF存在显着性差异（P<0.05）外,HSI和MY均无显着性差异（P>0.05）。（2）三水系绒螯蟹成蟹常规营养组成较为相近,除雌体肝胰腺中粗蛋白,雄体性腺中水分和总脂,肝胰腺中总脂存在显着性差异（P<0.05）外,其余指标均无显着性差异（P>0.05）。（3）在相同/相似的养殖条件下,辽河种群雌体肝胰腺和性腺中C22:6n3（DHA）、C20:5n3（EPA）、高不饱和脂肪酸HUFA和n-3/n-6多不饱和脂肪酸PUFA均显着高于长江和闽江种群（P<0.05）;长江种群雌体肌肉中C18:2n6、C20:2n6以及则要显着高于辽河和闽江种群（P<0.05）;闽江种群雌体肌肉中DHA、雄体EPA和HUFA显着高于辽河和长江种群（P<0.05）。（4）辽河种群雄体性腺中牛磺酸Tau、色氨酸Trp和雌体肌肉中苏氨酸Thr显着高于长江和闽江种群（P<0.05）;长江种群雌体肌肉中丙氨酸Ala显着高于辽河和闽江种群（P<0.05）;闽江种群雌体性腺中天冬酰胺Asn、丝氨酸Ser、异亮氨酸Ile和雄体肌肉中谷氨酰胺Gln均显着高于辽河和长江种群（P<0.05）。性腺中主要呈味氨基酸为谷氨酸Glu和精氨酸Arg,肌肉主要呈味氨基酸为Glu、甘氨酸Gly、Ala和Arg。综上,三水系成蟹可食组织中脂肪酸和游离氨基酸含量较为接近,但不同水系间DHA、EPA等脂肪酸和Tau、Trp、Thr等游离氨基酸存在显着性差异（P<0.05）,这可能与种质遗传特性有关。
赖瑞强[3]（2019）在《烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图》文中提出烟草青枯病是影响烟草产质量的主要病害之一,该病的发生常造成重大的经济损失。选育优良抗病品种是减少青枯病发生的最佳措施,而运用与抗病相关的分子标记辅助抗病材料的筛选能加速品种选育的进程。因此,了解青枯病抗病遗传特性,探测和发掘与青枯病抗性密切相关的优异等位基因,辅助烟草抗病材料的筛选,对提高烟草抗青枯病的能力至关重要。现阶段,青枯病抗病遗传分析主要采用连锁分析或关联分析;然而,烟草青枯病抗性属于数量性状遗传,单纯利用连锁分析或关联分析对其进行研究,探测到的信息有限。因此,本研究利用一个包含133份F7单粒传重组自交系（Recombinant inbred lines,RILs）群体和一个包含94份种质的自然群体分别进行连锁分析和关联分析,并利用共同的分子标记开展联合作图,探讨烟草青枯病的抗病遗传。主要研究结果如下:1、应用R语言对RIL群体和自然群体多年多点的青枯病病情指数进行主效可加互作可乘（Additive main effects and multiplicative interaction,AMMI）模型分析,获悉基因型和环境对供试烟草表型的作用力。结果发现环境因子对两个群体的烟草青枯病抗性的影响最大,其次为基因型,而基因型与环境的交互作用的影响效应最小。对各株系和各种质材料对青枯病抗性的稳定性进行评价,发现RIL群体的稳定性较自然群体的高;其中,RIL群体各株系的稳定性参数在0.0070.798之间,平均为0.510,株系稳定性具有明显差异,稳定性最好的材料为株系48;而自然群体各材料的稳定性参数在0.5320.619之间,平均为0.605,材料间稳定性差异不明显,稳定性最好的种质为“丰字6号”。2、利用253个SSRs和293个InDels共546个分子标记对133份RILs进行基因分型,继而构建了一张包含192个SSRs和271个InDels共463个标记的遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组总长度为1230.73 cM,标记平均间距为2.66 cM。据此,利用4个环境中RIL群体各株系的病情指数数据进行QTL定位,探测到4个QTLs,即qTBWR-6-E4、qTBWR-11-E3、qTBWR-17-E1和qTBWR-18-E2。这些QTLs的LOD值均大于3,且青枯病病情指数的表型变异解释率均超过10%,分别位于连锁群6、连锁群11、连锁群17和连锁群18。该结果丰富了青枯病抗性的QTL位点,为分子标记辅助育种积累了理论基础。3、利用546个分子标记对94份烟草种质组成的自然群体进行基因分型和群体结构分析,开展基于连锁不平衡的关联分析探测与青枯病抗性相关的分子标记。结果表明546个标记在94份烟草种质中检测到1503个等位变异位点,平均每个标记为2.75个位点;这些标记的多态性信息量（PIC）值在0.10070.8760之间,平均为0.4584。基于等位变异位点信息,构建了376个单倍型;在此基础上进行群体结构分析,将94份种质划分为2个类群,表明本研究烟草种质的群体结构简单,有利于减少伪关联。二年田间鉴定数据分别与376个单倍型和1503个标记位点进行关联分析,发现8个单倍型和17个等位位点对青枯病病情指数的表现变异解释率分别达到8.21%11.42%和7.91%23.31%。4、利用RIL群体和自然群体进行连锁与连锁不平衡联合作图分析,在平行作图分析中发现单倍型Hap227与qTBWR-18-E2在连锁群LG18上的距离仅1.14cM,而单倍型Hap363与qTBWR-17-E1在连锁群LG17的距离为3.15 cM,因此这两个区段可能存在青枯病抗性的相关基因。在整合作图中共发现到8个单倍型和10个等位变异与烟草青枯病抗病性相关,对青枯病病情指数的表现变异解释率分别在4.95%7.06%和3.49%6.27%之间。另外,在连锁分析中检测到的QTL qTBWR-6-E4其左翼标记RAD-66中的两个变异位点（亦为单倍型Hap’159）在整合作图分析中被探测到与抗病性相关;还有单倍型Hap’545、Hap’546（亦为单倍型Hap363）和变异位点S’1及S’3在94份材料的关联分析和整合作图分析中均被探测到与抗病性相关。5、检测经连锁分析、关联分析和整合作图分析其中两种或以上方法共同发现的与抗病性相关的4个单倍型（Hap’159、Hap’545、Hap’546、Hap227）和2个变异位点（S’1和S’3）的效应,发现Hap’159和Hap’546对青枯病病情指数具有减效效应,而Hap’545、Hap227、S’1和S’3为增效效应。利用这些单倍型和位点共同评价烟草材料,发现减效效应可达到-12.91,远高于单一单倍型或位点或它们间的其他不同组合评价的平均效应值,且其载体材料全部表现出抗性。通过分子标记结合稳定性参数,发现1个具有高抗且较稳定的重组自交系株系106,其稳定性参数为0.094,两年多点环境下的平均病情指数仅为5.56。研究结果可为烟草青枯病抗病材料的分子标记辅助筛选提供参考。
武怀恒[4]（2018）在《斜纹夜蛾诱集种群动态及不同地理种群遗传结构分析的研究》文中指出斜纹夜蛾（Spodoptera litura）是一种世界性分布的多食性重要害虫,自从1775年在印度有斜纹夜蛾的记录以来,该虫一直是蔬菜、烟草、大豆、棉花等经济作物上的重要害虫。该虫在我国的云南、广西、广东、海南、福建和台湾等地一年可以发生8-9代,世代重叠,部分地区甚至全年可见;长江流域一般发生5-6代,其中以4-5代危害较重;而在黄河流域则每年发生4-5代,其中以7-9月份发生严重。迁飞行为是昆虫在长期进化过程中形成的一种趋避不适生存环境的选择策略,常会造成异地突然爆发成灾,给当地农业生产带来灾难性损失。因此,开展斜纹夜蛾的迁飞行为学研究,有助于了解该害虫的成灾规律,为进一步准确预测预报、大面积综合治理提供理论基础。本研究从宏观和微观两方面,对斜纹夜蛾的迁飞情况进行了比较系统的研究。宏观方面,利用高空探照灯诱集了武汉、廊坊和长岛三地的斜纹夜蛾,统计了三地诱集种群的季节性数量动态、雌雄性比,确定了雌蛾的卵巢发育级别和交配率,进一步检测了雌蛾体内的保幼激素含量。而微观方面,则利用微卫星和AFLP分子标记技术研究了辽宁沈阳、湖北武汉、缅甸Hlegu Twonship等18个不同地理种群间的种群分化及遗传多样性。主要研究结果如下:1.斜纹夜蛾高空诱集数量及其卵巢发育动态。武汉地区斜纹夜蛾在5月中旬就可以诱到,但是数量不多,在8月中旬到8月底出现第一个高峰,出现9月中旬到9月底第二个高峰,之后斜纹夜蛾数量开始下降。而廊坊和长岛城岛的斜纹夜蛾7月中旬才出现,诱集的成虫高峰主要集中在8月底到9月中下旬,到10月份成虫量显着减少。从三地诱虫的性比来看,雄蛾数量多于雌蛾。卵巢发育级别显示武汉地区8月份之前的雌蛾卵巢级别以2级以上为主,1级的卵巢级别比例较低,表明这几个月雌蛾到达武汉时雌蛾已达性成熟;而从8月份开始,1级的卵巢级别比例开始上升,到10月份时该比例达到50%,这说明在10月份武汉地区外迁的斜纹夜蛾数量较多。廊坊地区8月份诱集的斜纹夜蛾雌蛾卵巢级别均在2级以上,说明几乎是迁入的性成熟个体,9月份的个体中出现1级水平卵巢,10月份1级水平卵巢比例达到40%,说明迁出个体数量较多。而长岛8月和9月的雌蛾卵巢级别均在2级以上,说明这里的雌蛾均属于迁飞路过,性发育成熟。5-10月份武汉诱集的斜纹夜蛾雌蛾交配率是从高到低下降的,说明迁入雌蛾的交配率较高,而到10月以迁出雌蛾居多,因此交配率也明显下降。长岛诱集的斜纹夜蛾雌蛾交配率也体现出交配率下降的趋势;但是廊坊的雌蛾交配率并没有表现出非常明显的变化趋势。2.迁飞中的斜纹夜蛾保幼激素滴度动态。室内不同日龄斜纹夜蛾雌雄成虫的保幼激素滴度水平测定显示,刚羽化的雌成虫,保幼激素含量水平相对较低,随后在3天内,保幼激素水平快速上升,3日龄时体内JH滴度水平达到峰值,随后（3-9日龄）逐渐下降,而雄成虫的保幼激素含量的变化相对比较平稳。武汉2009-2011年年度间斜纹夜蛾雌成虫保幼激素的季节变化规律均是从初夏到秋季,雌蛾保幼激素的含量整体呈下降趋势。而廊坊和长岛诱集的斜纹夜蛾体内的保幼激素含量年变化趋势比较平缓,没有明显的降低,甚至长岛种群的保幼激素含量年变化趋势稍微有些上升,且这两个地方诱集种群的保幼激素平均含量要低于武汉的平均值。3.基于微卫星分子标记的斜纹夜蛾种群遗传结构分析。建立了适合斜纹夜蛾种群分子遗传学分析的微卫星体系,选用9个微卫星座位进行PCR扩增并应用Gene Scan测序技术测定了各位点片段的长度多态性。在18个不同地理种群中,共发现了162个等位基因,不同的微卫星位点观测等位基因数Na从5到34不等,有效等位基因数Ne变化范围为1.23-9.16,平均Shannon信息指数I为1.6,观测杂合度Ho在0.18到0.98之间变化,期望杂合度He在0.19-0.89之间的范围,平均期望杂合度HE的分布范围在0.17-0.86之间。9个微卫星位点的平均等位基因丰富度AR为3.93,平均多态信息含量PIC为0.64。斜纹夜蛾群体内9个微卫星位点的观测等位基因数、等位基因丰富度和平均观测杂合度普遍比较高,说明斜纹夜蛾群体内遗传多样性非常丰富。9个微卫星位点的种群内平均近交系数Fis在-0.1150.154之间;各种群9个位点的平均近交系数Fis为0.056。显示斜纹夜蛾所有种群内9个微卫星位点的平均Fis为0.04,平均Fit为0.08,平均Fst为0.05,总群体基因流平均为5。种群两两之间的FST大部分小于0.05,一小部分在0.050.15之间。说明大部分种群无分化,个别种群中度分化,而且遗传分化主要发生在个体之间,群体之间则相对较低。同时从六个位点（CWM-1、CWM-2、CWM-3、CWM-4、CWM-5、CWM-8）的基因流数目（Nm>4）可以看出不同种群之间的基因交流比较充分。4.不同地区斜纹夜蛾种群遗传多样性的AFLP分析。64对引物组合中筛选出的6对引物对17个种群共408个个体进行AFLP分析,共得到157个多态性位点,总的多态性位点百分率（PPB）为100%。17个种群的Nei’s基因多样性变化范围在0.18-0.3114,总体Nei’s基因多样性明显高于各群体,为0.3591。Shannon’s指数的变化范围在0.2559-0.4438之间,总群体为0.5407。利用两种分子标记分析的斜纹夜蛾各种群间的遗传相似度和遗传距离基本相吻合,但是遗传相似性最高和相似性最低的种群并不一致。此外,斜纹夜蛾地理种群间的遗传距离与地理距离之间具有较低的相关性。因此,系统发育树聚合后,并未表现出明显的地域性,而且依据两种标记所做的发育树也有一定的差异,但是大致可以分为两支,一支是沿海走向,一支是沿华北-巫山-横断山一线走向。
申展[5]（2017）在《基于形态学特性和SSR分子标记的文冠果种质资源评价与选优研究》文中认为文冠果（Xanthoceras sorbifolium Bunge）是我国北方重要的木本能源植物,种质资源十分丰富。为了对文冠果种质进行评价和筛选,本文广泛收集了全国各地区的文冠果种质资源,基于32个表型特征及23个SSR分子标记,对文冠果群体及种质之间的遗传变异进行了系统研究。主要研究结果如下:（1）分析了 14个群体文冠果单株的种子表型、油脂成分及生物柴油性状,发现14个群体间种子的性状差异显着;根据这些性状将14个群体分为4组,其中山西永和与甘肃庆阳两个群体的种子生物柴油指标更符合国际标准,因此它们更为适合生产生物柴油;而黑龙江宁安与山西方山的种子在14个群体中相对不适合生产生物柴油。（2）相关性分析发现种子产量指标与生物柴油指标受环境影响很大,而种子中含量最高的脂肪酸,则与环境因素没有明显的关系;含量较低的脂肪酸更具有遗传性,而含量较高的脂肪酸则与种子的表型有较强的联系,同时生物柴油性状则受到了遗传与环境的双重影响。根据表型针对性地对脂肪酸成分进行评价,既能完善文冠果种质资源的遗传变异信息,又能通过表型筛选促进对脂肪酸及生物柴油性状的选优,这一结论也为今后按照所需要的脂肪酸来选择文冠果的采样地奠定了基础。（3）分析了 143份文冠果种质的种子表型、油脂成分及生物柴油性状,发现它们之间的差异很大;利用主成分分析法,对关键性状进行了多指标综合筛选,得到4个主成分,根据权重值对关键性状进行整合与评价,进一步计算出143份种质的综合得分,按照10%的比例筛选出了 14份文冠果优良种质,它们的编号及产地为:147（山西永和）、183（内蒙古翁牛特旗）、204（内蒙古翁牛特旗）、158（河南陕县）、197（内蒙古翁牛特旗）、187（内蒙古翁牛特旗）、64（内蒙古翁牛特旗）、162（河南陕县）、221（河南陕县）、75（内蒙古翁牛特旗）、163（陕西志丹）、207（河北承德）、59（内蒙古翁牛特旗）及196（内蒙古翁牛特旗）,这些种质为今后的良种培育提供了重要参考。（4）分子标记研究表明,23个SSR位点共检测出80个等位变异,每个位点的平均等位基因数为3.48、平均有效等位基因数为2.46、平均Shannon’s信息指数为0.99、平均观察杂合度为0.73、平均期望杂合度为0.58。位点多态性比例为100%,平均多态性信息含量为0.51。可以看出,多态性最高的位点为QXH274,拥有高水平的遗传变异。（5）11个群体的文冠果种质在分子水平上存在较高的遗传多样性,由高到低依次为:内蒙古阿鲁科尔沁旗、辽宁阜新、内蒙古翁牛特旗、山西方山、新疆乌鲁木齐、河北承德、山西蒲县、河南陕县、内蒙古阿拉善左旗、陕西志丹。根据群体间的一致性,将1 1个群体分为3类,并且1 1个群体的遗传距离与地理距离之间存在显着的正相关。（6）对138份种质进行聚类分析,可将这些种质分为4类;根据它们在不同引物上扩增出的条带大小绘制了其DNA指纹图谱,这些独特的指纹图谱是区分与鉴定种质的有力依据。（7）采用逐步聚类法,构建了20%的文冠果核心种质,含有种质25份,它们的种质编号为:5、10、12、14、47、50、52、53、56、58、67、68、70、72、87、90、96、113、114、115、135、142、152、169、171;这些种质的遗传多样性与原始种质之间的差异不显着,说明这25份种质能够充分代表原始种质资源的遗传多样性。（8）按照等位基因数、遗传多样性指数及PIC值将23对引物进行筛选,最终获得了8对核心引物,它们分别为:QBLB51、QXH643、QXHS371、QXH262、QXRB116、QXH365、QXH323以及QXH274;平均每对引物能区分13份种质,共能区分供试种质中的104份,使区分种质的总数量和每对引物区分种质的数量都得到了保证。
邓欣[6]（2013）在《亚麻分子标记的开发及产量相关性状的关联分析》文中指出我国是亚麻纤维加工和产品出口大国。由于国内亚麻品种单产低,亚麻纤维原料短缺,导致我国的麻纺产业近十年来严重依赖进口,提高亚麻品种的纤维产量成为亚麻育种的当务之急。本研究对来自38个国家和地区的535份亚麻种质的表型性状特征和遗传多样性进行分析,构建了包含182份亚麻种质的初级核心种质库,并对亚麻产量相关性状进行多重分析,确定构成亚麻纤维产量和种子产量的主要决定因子。同时利用亚麻基因组测序序列开发亚麻SSR分子标记,并利用SSR分子标记解析了亚麻核心种质的遗传多样性及群体结构；同时采用关联分析方法分析与产量相关性状显着关联的标记位点,为亚麻产量相关性状的基因定位、基因克隆和分子标记辅助育种等研究的开展奠定基础。主要结果如下：1.在亚麻基因组序列和EST序列中分别找到40435个和22665个SSR序列,SSR的分布频率分别为1/7.48kb,1/6.94kb,其中三、二、单核苷酸重复单元序列是主导类型。大多数类型的genomic-SSRs平均重复次数比EST-SSRs的高。通过对genomic-SSRs位点进行比对分析,获得25142个genomic-SSRs位点,建立了包含19939对亚麻候选SSR引物的数据库,并从145对候选引物中筛选出新的多态性丰富的SSR引物61对。对91对EST-SSR及102对genomic-SSR引物进行多态性分析,发现genomic-SSRs较EST-SSRs多态性更好,复合型SSR多态性最好,在完美型SSR中以二核苷酸和六核苷酸的SSR多态性较好。2.对亚麻产量相关性状进行多重分析表明亚麻种子产量的主要决定因子依次为分枝数、开花日数、分枝习性,而纤维产量的主要决定因子依次为出麻率、株高、干茎制成率。3.亚麻的数量性状较质量性状表现出更为丰富的遗传多样性。9个地理来源群体的亚麻种质表型性状的遗传多样性以中国最高。基于表型性状的PCA分析可以把亚麻分为纤用及油用亚麻两个基因库。基于表型性状数据挑选出亚麻初级核心种质182份。4.利用193对SSR引物在亚麻核心种质中扩增出222个SSR标记位点,共检测到735个等位基因,平均每位点3.31个,平均PIC值为0.283,Shannon’s指数平均值为0.5856。不同地理来源的亚麻种质的遗传多样性也以中国最高。基于SSR标记也可把亚麻分为纤用亚麻和油用亚麻两亚群,纤用亚麻是油用亚麻的一个子类群。5.亚麻群体存在一定程度LD,LD主要由重组引起。利用GLM和MLM模型所找到的与两年性状数据都存在关联的位点数分别为25个及10个,其中有3个SSR位点在两种模型中都表现出与两年的表型性状共同关联。等位变异效应分析共找到57个等位变异,其中起增效作用的有31个,起减效作用的有26个。
于树涛,王传堂,禹山林,于洪波,张建成,唐月异,王秀贞,苏君伟[7]（2011）在《花生抗青枯病种质微卫星DNA的分离》文中研究表明提取抗青枯病花生材料基因组DNA,分别经Hae Ⅲ、Rsa Ⅰ酶切后,与生物素标记的6条微卫星探针杂交,富集微卫星DNA。测序分析后,得到非冗余序列180条,其中微卫星序列133条、小卫星序列47条,成功设计出141对引物。其中40对引物用于检测29份花生材料,发现5对为多态性引物,能很好地揭示野生种与栽培种四大类型的遗传差异。本研究丰富了花生微卫星引物库,为抗青枯病分子育种奠定了基础。
王丽鸳[8]（2011）在《基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究》文中研究指明茶树（Camellia sinensis）是遗传研究和基因组信息比较缺乏的物种。目前,茶树上可有效利用的标记数量非常有限。本研究不仅以现有的公共EST数据库为基础进行茶树SSR和SNP分子标记开发应用研究,而且通过高通量RNA-seq获得大量茶树花的转录组序列,并以这些转录组序列为基础进行茶树SSR分子标记的大规模发掘,主要研究结果如下:（1）对NCBI网上公开的12,757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因（Unigene）数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2 %,明确了茶树EST-SSRs的分布特征,设计了206对SSR引物,筛选出多态性SSR引物59对。（2）利用开发的SSR引物对茶树地方品种的遗传多样性取样策略和西湖龙井群体的遗传分化进行了研究,发现平均等位位点Na是最合适的遗传多样性取样参数,当用平均等位位点Na做参数,SSR引物等位位点数为5时,24个以上单株才能达到总体90 %以上的遗传变异;龙井群体具有较高的遗传多样性水平,平均多态信息含量PIC为0.4382,中度多态位点占62.5 %,高度多态位点占33.3 %。哈迪-温伯格平衡检验表明,66.7 %的SSR位点不符合哈迪-温伯格平衡。分子方差分析表明,西湖龙井五个居群间的遗传分化程度较低。（3）初步建立了茶树EST-SNP开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58%,平均200bp就有个SNP位点,并进步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38%,平均300个碱基就可能出现个杂合位点。从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75%。（4）应用新代高通量测序技术对茶树花进行转录组测序,获得茶树花的转录组信息75,331条,平均序列长度为402bp,平均测序深度为23.45,平均测序覆盖度为0.895。通过基因表达水平RPKM值分布分析,发现茶树花的转录组以中低表达丰度的基因为主。经过和蛋白数据库NR、Swiss-Prot、KEGG和COG四个数据库比对,共有50,975条茶树花转录组的unigene被注释。（5）对茶树花转录组表达信息进行大通量SSR位点的发掘,发现了含SSRs的序列10,290条,共12,582个SSRs,茶树花转录组中SSR出现的频率为16.66 %。茶树转录组发现了340种碱基重复模式,在茶树花的转录组序列中共发现340种碱基重复模式,二碱基重复所占比例最高。茶树转录组所含微卫星序列长度呈偏正态分布,以重复长度小于15bp的SSR短重复序列最多,长度大于30bp的较长SSR序列重复所在比例很小。（6）自动批量设计了2,633对SSR引物,成功率为42.85 %。本研究对茶树分子标记辅助育种及功能基因的发现等都具有重要的意义。
徐亘博[9]（2010）在《半滑舌鳎等九种海水鱼微卫星分子标记的开发和应用》文中研究指明渤海是黄海乃至整个北方海洋渔业资源的源头。面积约7.8万平方公里的渤海,是黄海、渤海乃至东海多种经济鱼虾类的主要产卵场、育幼场和索饵场,黄、渤海有鱼类300余种。历史上,渤海最高年捕捞量约占全国捕捞总量的十分之一。渤海渔业对全国海洋渔业的发展意义重大。但是,自上世纪80年代以来,由于长期的酷渔滥捕和水域污染、涉海工程建设等人为因素的共同影响,渤海渔业资源严重衰退,生态结构遭到严重破坏,生物多样性明显下降,种类组成趋于小型化、低质化,资源生产功能严重退化。为了更好地保护和合理利用渤黄海渔业资源,采用不同分子标记对一些具有重要经济价值或生态学意义的鱼类进行群体遗传分析,是鱼类生态学、水产资源学以及鱼类遗传与育种学不可缺少的应用基础性的研究工作。本研究主要包括三部分内容：第一部分是基于磁珠富集的方法,构建了半滑舌鳎、牙鲆、绿鳍马面鲀、蓝点马鲛、小黄鱼、鱵鱼、黑鲷7种海水鱼部分基因组DNA微卫星富集文库。通过筛选测序分别获得131、202、121、33、23、60、35条含有微卫星的序列,其中完美型、非完美型、混合型所占的平均比例分别为76.80%、13.66%和9.54%。文章中优化的FIASCO法由于自身的高效低耗等优点成为从海水鱼类中大量筛选微卫星标记的最好选择。第二部分是根据构建的富集文库中以及GENBANK数据库中的微卫星序列设计微卫星引物,对绿鳍马面鲀、皮氏叫姑鱼、梭鱼3种鱼类的自然捕捞群体进行了遗传结构的分析,利用至少21个体对其中162个位点进行多态性评价,结果显示扩增得到的等位基因数目从2到18个不等,期望杂合度（He）和观测杂合度（Ho）的范围分别为0.1463到0.9449和0.1562到1.0000,平均值分别为0.6437和0.5774。其中皮氏叫姑鱼微卫星位点的平均期望杂合度最高为0.8052,说明其有较高的杂合性。第三部分内容是半滑舌鳎微卫星标记在遗传图谱构建、雌雄群体与人工诱导雌核发育后代基因型分析中的应用：1.为初步构建半滑舌鳎遗传图谱,以全同胞家系产生的84个F1子代为作图群体,对306对SSR引物进行多态筛,共获得在双亲与后代中分离的多态微卫星标记表记100个,可用于遗传连锁分析。但若需进行主基因和QTL的分析以及真正实现分子标记辅助选择育种,还需获得更多多态分离标记以及开发新型SNP标记,以提高图谱中标记的覆盖水平；2.用8对半滑舌鳎微卫星标记对来自同一母本半滑舌鳎减数雌核发育鱼苗24尾进行了分析。其中4个座位全部为杂合。杂合比例最低的座位是Newcyse105,为0.5833。8个座位的平均杂合子比例为0.8665。结果显示通过抑制第二极体排出获得的半滑舌鳎雌核发育群体在个体和群体水平尚具有一定的基因杂合；3.用25对多态微卫星标记对半滑舌鳎雌、雄群体进行遗传分析,其中引物CSf1检出了雌性后代特有DNA片段。
孙波,鲍毅新,赵庆洋,张龙龙,胡知渊[10]（2009）在《微卫星位点获取方法的研究进展》文中指出微卫星标记（simple sequence repeat,SSR）是进行分子遗传学研究的一种有效手段,并以其多态性高、信息含量大、保守性等特点成为最受人们欢迎的分子标记之一。但微卫星标记具有种族特异性,必须采用特异引物进行PCR检测,因而存在引物开发的问题。本文就筛选基因组文库法、微卫星富集法、数据库查找法、近缘物种筛选法、TOMMI法和FI-ASCO法等具有代表性的微卫星标记开发策略进行了综述,旨在为分子生态学研究过程中微卫星位点筛选方法的选择提供参考。
二、花生微卫星分子标记研究策略（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、花生微卫星分子标记研究策略（论文提纲范文）
（1）竹节参的遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 竹节参的生物学特性 |
| 1.1.1 人参属植物的概况 |
| 1.1.2 竹节参的植物形态 |
| 1.1.3 竹节参的地理分布 |
| 1.1.4 竹节参的生存现状 |
| 1.2 竹节参的研究进展 |
| 1.2.1 竹节参的化学成分研究 |
| 1.2.2 竹节参活性成分的作用研究 |
| 1.2.3 竹节参的细胞学研究 |
| 1.2.4 竹节参的生药学研究 |
| 1.2.5 竹节参的分类学研究 |
| 1.3 竹节参的遗传多样性与研究方法 |
| 1.3.1 遗传多样性与物种保护 |
| 1.3.2 DNA分子标记 |
| 1.3.3 微卫星分子标记 |
| 1.4 本研究的内容及其意义 |
| 1.4.1 本研究的目的 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.4.3 研究意义 |
| 第2章 竹节参微卫星特征分析与分子标记开发 |
| 2.1 实验试剂仪器与材料 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验试剂与仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 实验准备 |
| 2.2.2 竹节参DNA的提取与检测 |
| 2.2.3 竹节参基因文库的构建与微卫星特征分析 |
| 2.2.4 竹节参微卫星引物设计和筛选 |
| 2.2.5 引物通用性检测 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 竹节参DNA的完整度与纯度检测 |
| 2.3.2 竹节参基因组序列的微卫星组成与特征 |
| 2.3.3 微卫星不同重复单元的序列长度以及变异 |
| 2.3.4 竹节参基因组SSR引物设计与筛选 |
| 2.3.5 竹节参SSR引物的通用性检测 |
| 2.4 讨论 |
| 第3章 竹节参的遗传多样性研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 样本采集 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 竹节参DNA的提取及检测 |
| 3.2.2 竹节参的PCR扩增与聚丙烯酰氨凝胶电泳检测 |
| 3.2.3 竹节参的遗传多样性分析 |
| 3.2.4 竹节参的遗传分化及其种群遗传关系分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 竹节参DNA的提取及检测结果 |
| 3.3.2 竹节参的DNA扩增效果 |
| 3.3.3 竹节参的遗传多样性 |
| 3.3.4 竹节参的遗传分化分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 竹节参的遗传多样性 |
| 3.4.2 竹节参的遗传分化 |
| 3.4.3 竹节参的濒危原因 |
| 3.4.4 竹节参的保护 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间学术成果 |
| 致谢 |
（2）中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘、养殖性能和品质评价（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 中国沿海绒螯蟹种质资源评价研究进展 |
| 1.1 形态学评价 |
| 1.2 遗传多样性评价 |
| 1.2.1 细胞核基因组DNA标记 |
| 1.2.2 线粒体基因组DNA标记 |
| 1.3 养殖性能评价 |
| 1.4 品质评价 |
| 1.4.1 营养品质评价 |
| 1.4.2 风味品质评价 |
| 1.4.3 色泽品质评价 |
| 第二章 长江、瓯江、闽江和南流江水系野生绒螯蟹遗传多样性比较 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要试剂耗材和仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.2 总DNA质量检测 |
| 2.2.3 聚合酶链式反应 |
| 2.2.4 数据处理分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 微卫星位点多态性及群体遗传多样性 |
| 2.3.2 线粒体COI基因标记群体遗传多样性 |
| 2.3.3 微卫星标记群体遗传分化 |
| 2.3.4 线粒体COI标记群体遗传分化 |
| 2.3.5 瓶颈效应分析 |
| 2.3.6 遗传结构分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 遗传多样性 |
| 2.4.2 遗传分化 |
| 2.4.3 瓶颈效应与遗传结构 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 辽河、长江、瓯江和闽江水系绒螯蟹F1养殖性能比较 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 扣蟹阶段养殖管理 |
| 3.2.2 成蟹阶段养殖管理 |
| 3.2.3 扣蟹养殖性能测定 |
| 3.2.4 成蟹养殖性能测定 |
| 3.2.5 数据分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 扣蟹阶段养殖性能 |
| 3.3.2 成蟹阶段养殖性能 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 中华绒螯蟹1龄性早熟自交和1龄性早熟与2龄正常成熟杂交F1养殖性能及可食率比较 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 扣蟹阶段养殖管理 |
| 4.2.2 成蟹阶段养殖管理 |
| 4.2.3 扣蟹养殖性能测定 |
| 4.2.4 成蟹养殖性能测定 |
| 4.2.5 数据分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 扣蟹阶段养殖性能 |
| 4.3.2 成蟹阶段养殖性能 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 辽河、长江和闽江水系人工养殖绒螯蟹成蟹品质比较 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 主要试剂耗材和仪器 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 肥满度和总可食率测定 |
| 5.2.2 常规营养成分测定 |
| 5.2.3 脂肪酸组成测定 |
| 5.2.4 游离氨基酸组成测定 |
| 5.2.5 数据分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 总可食率和肥满度比较 |
| 5.3.2 可食组织常规营养成分比较 |
| 5.3.3 可食组织脂肪酸组成比较 |
| 5.3.4 可食组织游离氨基酸组成及呈味强度比较 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 肥满度、总可食率和常规营养成分比较 |
| 5.4.2 可食组织中脂肪酸和游离氨基酸含量比较 |
| 5.5 本章小结 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间的学术成果 |
| 致谢 |
（3）烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 烟草青枯病的研究现状 |
| 1.1.1 烟草青枯病的病原特征、引发的病症和致病机理 |
| 1.1.2 烟草青枯病的抵御机制 |
| 1.1.3 烟草青枯病的防治方法 |
| 1.1.4 烟草青枯病的抗病遗传 |
| 1.1.5 烟草青枯病抗性鉴定评价和品种选育 |
| 1.1.6 基因型与环境的交互作用 |
| 1.2 DNA分子标记 |
| 1.2.1 遗传标记技术 |
| 1.2.2 DNA分子标记的类型 |
| 1.3 烟草遗传图谱的构建与青枯病抗病QTL定位 |
| 1.3.1 连锁分析的作图群体 |
| 1.3.2 烟草遗传图谱 |
| 1.3.3 烟草青枯病抗性的QTL定位 |
| 1.4 烟草相关性状的关联分析 |
| 1.5 连锁与连锁不平衡的联合分析 |
| 1.6 研究的意义、目的及主要内容 |
| 1.6.1 研究的意义及目的 |
| 1.6.2 主要研究内容 |
| 第二章 烟草材料的青枯病抗病性分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验设计 |
| 2.1.3 青枯病病情调查 |
| 2.1.4 统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 烟草青枯病病情指数 |
| 2.2.2 基因型与环境的交互作用和广义遗传力 |
| 2.2.3 不同基因型烟草的稳定性评价 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 烟草遗传连锁图谱的构建及青枯病抗性的QTL定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 试验设计 |
| 3.1.3 青枯病病情指数调查 |
| 3.1.4 烟草基因组DNA的提取 |
| 3.1.5 SSR和 InDel分子标记及PCR扩增 |
| 3.1.6 数据处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 烟草青枯病病情指数表型 |
| 3.2.2 分子标记的多态性分析 |
| 3.2.3 烟草遗传连锁图谱的构建 |
| 3.2.4 烟草青枯病抗性的QTL定位 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 烟草种质的遗传多样性及青枯病抗性的关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 试验设计 |
| 4.1.3 青枯病病情调查 |
| 4.1.4 烟草基因组DNA的提取 |
| 4.1.5 SSR和 InDel分子标记及PCR扩增 |
| 4.1.6 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 94份烟草材料的抗性鉴定 |
| 4.2.2 分子标记的多态性分析 |
| 4.2.3 基因多样性及亲缘关系分析 |
| 4.2.4 单倍型的构建及群体结构分析 |
| 4.2.5 烟草青枯病抗性的关联分析 |
| 4.2.6 变异位点与单倍型关联分析的比较 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 连锁与连锁不平衡联合作图分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 试验设计 |
| 5.1.3 青枯病病情指数调查 |
| 5.1.4 烟草全基因组DNA的提取。 |
| 5.1.5 SSR和InDel分子标记技术及PCR扩增 |
| 5.1.6 数据处理 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 连锁与连锁不平衡平行作图分析 |
| 5.2.2 228份烟草材料的群体结构分析 |
| 5.2.3 整合群体的关联分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 分子标记辅助预测烟草材料的抗病性 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 表型效应分析方法 |
| 6.1.3 青枯病抗病能力评价 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 单个单倍型或变异位点的表型效应分析及材料抗性评价 |
| 6.2.2 单倍型和变异位点间不同组合的表型效应分析及材料抗性评价 |
| 6.2.3 不同评价类型的表型效应分析及材料抗性评价结果的比较 |
| 6.3 讨论 |
| 第七章 结论与展望 |
| 7.1 研究结论 |
| 7.1.1 烟草材料的青枯病抗病性分析 |
| 7.1.2 烟草青枯病的QTL定位 |
| 7.1.3 烟草青枯病抗性的关联分析 |
| 7.1.4 连锁与连锁不平衡联合作图分析 |
| 7.1.5 烟草材料的抗病性评价 |
| 7.2 展望 |
| 参考文献 |
| 研究生期间发表的论文 |
| 致谢 |
（4）斜纹夜蛾诱集种群动态及不同地理种群遗传结构分析的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 斜纹夜蛾生物学 |
| 1.1.1 斜纹夜蛾的历史记载和分类地位 |
| 1.1.2 斜纹夜蛾的分布和近缘种 |
| 1.1.3 斜纹夜蛾的寄主植物 |
| 1.1.4 斜纹夜蛾的发生与为害 |
| 1.2 昆虫迁飞研究介绍 |
| 1.2.1 迁飞昆虫概述 |
| 1.2.2 迁飞行为研究内容 |
| 1.2.3 斜纹夜蛾迁飞研究现状 |
| 1.3 分子标记概述 |
| 1.3.1 AFLP分子标记概述 |
| 1.3.2 微卫星分子标记概述 |
| 1.4 研究的目的和意义 |
| 1.5 研究的技术路线 |
| 第二章 斜纹夜蛾高空诱集数量及其卵巢发育动态 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 探照灯诱虫器 |
| 2.1.2 诱虫地点 |
| 2.1.3 卵巢发育分级 |
| 2.1.4 统计分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 斜纹夜蛾诱虫量动态 |
| 2.2.2 性比 |
| 2.2.3 卵巢发育级别分析 |
| 2.2.4 三地诱集的雌蛾交配率分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 种群数量动态及性比 |
| 2.3.2 卵巢发育及交配率 |
| 第三章 迁飞中的斜纹夜蛾保幼激素滴度动态 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试虫源 |
| 3.1.2 仪器和化学试剂 |
| 3.1.3 保幼激素测定 |
| 3.1.4 数据处理与分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 保幼激素的种类 |
| 3.2.2 室内饲养不同日龄雌雄成虫的保幼激素含量动态 |
| 3.2.3 斜纹夜蛾成虫保幼激素的季节变化规律 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 基于微卫星标记的斜纹夜蛾种群遗传结构分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试虫源 |
| 4.1.2 仪器设备 |
| 4.1.3 试剂 |
| 4.1.4 基因组DNA提取 |
| 4.1.5 斜纹夜蛾EST序列的下载与分析 |
| 4.1.6 引物合成与筛选 |
| 4.1.7 微卫星位点的PCR扩增 |
| 4.1.8 微卫星片段的电泳检测及基因分型 |
| 4.1.9 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 DNA的提取 |
| 4.2.2 微卫星分子标记的筛选 |
| 4.2.3 微卫星片段长度基因分型 |
| 4.2.4 基于微卫星数据的斜纹夜蛾种群遗传变异分析 |
| 4.2.5 不同种群的哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡检测 |
| 4.2.6 连锁不平衡检测 |
| 4.2.7 种群分化 |
| 4.2.8 中性检测 |
| 4.2.9 基于微卫星的斜纹夜蛾群体遗传结构的分子方差分析 |
| 4.2.10 种群内近交系数 |
| 4.2.11 种群间固定指数FST和基因流Nm |
| 4.2.12 不同地理种群的遗传一致度和遗传距离 |
| 4.2.13 种群间遗传距离、基因流与地理距离的相关性分析 |
| 4.2.14 基于微卫星的斜纹夜蛾种群间系统发育分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 斜纹夜蛾种群的遗传多态性水平 |
| 4.3.2 斜纹夜蛾种群的遗传结构及基因流 |
| 4.3.3 斜纹夜蛾种群间的遗传距离与系统发育关系 |
| 第五章 不同地区斜纹夜蛾种群遗传多样性的AFLP分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试虫源 |
| 5.1.2 仪器设备 |
| 5.1.3 试剂 |
| 5.1.4 主要生化试剂及缓冲液配制 |
| 5.1.5 模板DNA的双酶切 |
| 5.1.6 酶切产物的连接 |
| 5.1.7 预扩增反应 |
| 5.1.8 选择性扩增反应 |
| 5.1.9 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 5.1.10 数据统计与分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 酶切与连接 |
| 5.2.2 预扩增 |
| 5.2.3 选择性扩增及引物筛选 |
| 5.2.4 数据分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 斜纹夜蛾种群遗传多样性 |
| 5.3.2 斜纹夜蛾种群的遗传结构分析 |
| 5.3.3 聚类分析 |
| 第六章 总结 |
| 6.1 全文总结 |
| 6.2 本文创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录1 攻读博士期间发表和待发表的论文和成果 |
| 附录2 TC-412 操作手册 |
| 致谢 |
（5）基于形态学特性和SSR分子标记的文冠果种质资源评价与选优研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1. 综述 |
| 1.1 文冠果的研究进展 |
| 1.1.1 文冠果的引种与分布 |
| 1.1.2 文冠果果实的成分 |
| 1.1.2.1 蛋白成分 |
| 1.1.2.2 化学成分 |
| 1.1.2.3 药用成分 |
| 1.1.2.4 营养成分 |
| 1.1.3 文冠果油的提取工艺 |
| 1.1.3.1 生物柴油 |
| 1.1.3.2 食用价值 |
| 1.1.3.3 籽油提取 |
| 1.1.4 文冠果分子水平研究进展 |
| 1.2 植物遗传多样性研究进展 |
| 1.2.1 遗传多样性概述 |
| 1.2.2 植物遗传多样性的研究方法 |
| 1.2.2.1 形态学水平 |
| 1.2.2.2 分子水平 |
| 1.2.2.3 其它方面 |
| 1.2.3 形态学标记在植物遗传多样性研究中的应用 |
| 1.2.4 SSR分子标记在植物遗传多样性研究中的应用 |
| 1.3 核心种质的构建 |
| 1.3.1 核心种质概述 |
| 1.3.2 构建核心种质的方法 |
| 1.3.3 核心种质的功能 |
| 1.3.4 核心种质在植物研究中的现状 |
| 1.4 本研究的立题依据及意义 |
| 1.5 本研究的主要内容及技术路线 |
| 2. 文冠果种子性状遗传变异研究及优良种质筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.2.1 种子表型测定 |
| 2.1.2.2 种子含油率测定 |
| 2.1.2.3 种仁油脂肪酸成分及含量测定 |
| 2.1.3 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同群体种子性状变异分析 |
| 2.2.1.1 14个群体之间种子表型性状变异分析 |
| 2.2.1.2 14个群体之间种子油脂性状变异分析 |
| 2.2.1.3 14个群体之间种子生物柴油性状变异分析 |
| 2.2.1.4 14个群体间种子性状之间的相关性分析 |
| 2.2.1.5 14个群体之间种子性状与环境因素的相关性分析 |
| 2.2.1.6 14个群体之间种子性状的聚类分析 |
| 2.2.2 优良种质选择 |
| 2.2.2.1 143份文冠果单株的种子性状变异分析 |
| 2.2.2.2 143份文冠果的性状选择 |
| 2.2.2.3 143份文冠果的性状评价 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 2.3.1 14个文冠果群体种质的性状变异 |
| 2.3.2 14个文冠果群体性状的相关性分析及聚类分析 |
| 2.3.3 文冠果优良种质选择 |
| 3. 文冠果种质资源SSR遗传多样性研究及核心种质的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 DNA提取 |
| 3.1.3 SSR引物及PCR扩增 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 群体结构分析 |
| 3.2.2 遗传多样性分析 |
| 3.2.3 聚类分析 |
| 3.2.4 核心种质的构建与评价 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 3.3.1 文冠果群体内与群体间的遗传变异 |
| 3.3.2 文冠果种质遗传多样性 |
| 3.3.3 文冠果核心种质的构建 |
| 4. 文冠果种质DNA指纹图谱的构建及SSR核心引物的筛选 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 DNA提取 |
| 4.1.3 SSR引物及PCR扩增 |
| 4.1.4 数据分析 |
| 4.1.5 扩增产物片段大小估计 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 引物的大小及编码 |
| 4.2.2 文冠果种质DNA指纹图谱的构建 |
| 4.2.3 SSR核心引物的初步筛选 |
| 4.2.4 SSR的核心引物的确定 |
| 4.2.5 不同引物组合对种质的区分 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 4.3.1 SSR用于构建分子身份证 |
| 4.3.2 核心引物的选择与评价 |
| 4.3.3 DNA指纹图谱的构建方法 |
| 4.3.4 分子身份证的可扩充性 |
| 5. 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（6）亚麻分子标记的开发及产量相关性状的关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 图表目录 |
| 英文缩略表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 亚麻概况 |
| 1.1.1 亚麻的起源与分布 |
| 1.1.2 亚麻的重要价值及其生产现状 |
| 1.2 亚麻种质资源研究进展 |
| 1.2.1 我国亚麻种质资源的种类及分布 |
| 1.2.2 亚麻种质资源的收集与保存 |
| 1.2.3 亚麻种质资源的利用和创新 |
| 1.2.4 我国亚麻种质资源研究的不足和建议 |
| 1.3 亚麻分子标记的应用研究进展 |
| 1.3.1 亚麻分子标记的开发现状 |
| 1.3.2 亚麻种质资源遗传多样性研究 |
| 1.3.3 亚麻基因定位与辅助育种研究 |
| 1.3.4 亚麻分子遗传连锁图谱的构建 |
| 1.4 关联分析 |
| 1.4.1 关联分析的原理 |
| 1.4.2 关联分析的策略 |
| 1.4.3 影响关联分析的因素 |
| 1.4.4 作物关联分析的研究现状 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 本研究的研究内容及技术路线 |
| 1.6.1 研究内容 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 第二章 基于亚麻基因组序列的SSR标记的开发 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 SSR位点信息的搜索 |
| 2.1.3 SSR引物设计及挑选 |
| 2.1.4 SSR标记的筛选验证 |
| 2.1.5 SSR特征与其多态性的相关分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 微卫星在亚麻EST序列和基因组序列中的分布频率 |
| 2.2.2 不同重复单位微卫星的SSR类型分布频率分析 |
| 2.2.3 微卫星重复单位拷贝数分布比较分析 |
| 2.2.4 亚麻候选SSR引物数据库的建立及SSR标记的筛选验证 |
| 2.2.5 SSR特征与其多态性的相关分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 亚麻基因组SSR和EST-SSR特征比较分析 |
| 2.3.2 亚麻基因组SSR引物开发 |
| 第三章 亚麻农艺性状与产量形成关系的多重分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 亚麻各性状间的相关系数 |
| 3.2.2 多元线性回归分析 |
| 3.2.3 亚麻产量构成性状的通径分析 |
| 3.2.4 亚麻各性状对种子及纤维产量的决定程度分析 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 3.3.1 亚麻产量相关性状解析 |
| 3.3.2 亚麻产量形成的主要影响因素 |
| 第四章 基于农艺性状的亚麻遗传多样性分析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 质量性状遗传多样性 |
| 4.2.2 数量性状遗传多样性 |
| 4.2.3 不同地区种质资源遗传多样性 |
| 4.2.4 不同地区亚麻种质资源的表型聚类分析 |
| 4.2.5 亚麻表型性状主成分分析 |
| 4.2.6 亚麻初级核心种质的建立及检验 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 4.3.1 亚麻种质资源的表型变异水平及其多样性评价 |
| 4.3.2 亚麻种质资源表型变异主成分分析 |
| 4.3.3 亚麻初级核心种质的构建 |
| 第五章 基于SSR标记的亚麻遗传多样性研究 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 遗传变异分析 |
| 5.2.2 种质群地区间的遗传多样性差异 |
| 5.2.3 不同地理来源群体间聚类分析 |
| 5.2.4 基于SSR标记的主成分分析 |
| 5.2.5 群组结构分析 |
| 5.2.6 遗传相似系数及聚类分析 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 5.3.1 SSR标记的对亚麻资源的检测能力 |
| 5.3.2 基于SSR标记分析的不同地区亚麻种质遗传多样性的比较 |
| 5.3.3 基于SSR标记的亚麻种质资源的聚类和群组结构分析 |
| 第六章 亚麻产量相关性状与分子标记的关联分析 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 亚麻SSR位点间的连锁不平衡分析 |
| 6.2.2 群体结构分析 |
| 6.2.3 SSR位点与亚麻表型性状关联分析 |
| 6.2.4 优异位点及优异等位变异的确定 |
| 6.3 小结与讨论 |
| 6.3.1 关联分析群体的构建 |
| 6.3.2 关联分析的群体结构 |
| 6.3.3 优异关联位点及优异等位变异 |
| 第七章 全文结论 |
| 7.1 基于亚麻基因组序列的SSR标记的开发 |
| 7.2 亚麻农艺性状与产量形成的关系 |
| 7.3 基于农艺性状的亚麻遗传多样性分析 |
| 7.4 基于SSR标记的亚麻遗传多样性研究 |
| 7.5 亚麻产量相关性状与分子标记的关联分析 |
| 本文创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附表 |
| 附图 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（7）花生抗青枯病种质微卫星DNA的分离（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 花生材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DNA提取 |
| 1.2.2 衔接子制备 |
| 1.2.3 一步法酶切连接 |
| 1.2.4 磁珠平衡 |
| 1.2.5 杂交富集 |
| 1.2.6 连接、转化与测序 |
| 1.2.7 微卫星引物设计与评价 |
| 2 结果与分析 |
| 3 讨论 |
（8）基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略表 |
| 第一章 序言 |
| 1.1 表达序列标签（ESTs）概述 |
| 1.1.1 EST 序列的获取 |
| 1.1.2 Unigene 数据库 |
| 1.1.3 EST 序列的提交 |
| 1.1.4 ESTs 研究的存在的问题与展望 |
| 1.2 基于新一代高通量测序技术的转录组测序（RNA-seq） |
| 1.2.1 新一代高通量测序技术 |
| 1.2.2 转录组测序（RNA-seq） |
| 1.2.3 基因表达系列标签（Serial analysis of gene expression，SAGE） |
| 1.3 SSR 分子标记研究进展 |
| 1.3.1 基于文库构建的 SSR 分子标记的开发 |
| 1.3.2 基于 EST 数据的 SSR 分子标记的开发 |
| 1.3.3 SSR 引物的可转移性 |
| 1.3.4 SSR 标记的应用 |
| 1.4 SNP 分子标记的研究进展 |
| 1.4.1 SNP 分子标记的概述 |
| 1.4.2 SNP 位点的发现 |
| 1.4.3 SNP 分型方法 |
| 1.4.4 SNP 标记在林木研究中的应用 |
| 1.5 茶树 SSR 和 SNP 分子标记开发研究进展 |
| 1.6 立题意义与技术路线 |
| 1.6.1 立题意义 |
| 1.6.2 研究内容 |
| 1.6.3 技术路线 |
| 第二章 茶树 EST 聚类及 Unigene 数据库构建 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 序列来源及下载 |
| 2.1.2 序列格式转换 |
| 2.1.3 EST 序列预处理 |
| 2.1.4 茶树EST 聚类 |
| 2.1.5 茶树Unigene 数据库构建 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 茶树表达序列标签（ESTs）数据 |
| 2.2.2 EST 预处理结果 |
| 2.2.3 EST 聚类拼接 |
| 2.2.4 茶树 Unigene 数据库构建 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 公共茶树 EST 数据的冗余性 |
| 2.3.2 茶树 Unigene 数据库 |
| 第三章 茶树 EST-SSRs 分布特征及标记开发 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 EST-SSRs 的搜索 |
| 3.1.2 EST-SSRs 的引物设计 |
| 3.1.3 试验材料 |
| 3.1.4 EST-SSR 引物的初步筛选 |
| 3.1.5 DNA 提取和检测 |
| 3.1.6 SSR 扩增和电泳 |
| 3.1.7 数据处理 |
| 3.2 结果和分析 |
| 3.2.1 软件 SSRIT 对茶树 Unigene 序列的 SSR 搜寻结果 |
| 3.2.2 茶树 EST-SSRs 的分布特征 |
| 3.2.3 茶树 EST-SSR 引物的筛选 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 基于 SSR 分子标记的茶树地方品种遗传多样性取样策略研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 DNA 的提取 |
| 4.1.3 SSR 引物的来源 |
| 4.1.4 PCR 扩增和产物检测 |
| 4.1.5 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 样本量对茶树地方品种遗传多样性参数值估算的影响 |
| 4.2.2 SSR 引物的等位基因数差异对遗传多样性参数值估算的影响 |
| 4.2.3 遗传多样性参数和SSR 引物等位基因数对达到90%总体遗传多样性所需样本量的影响 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 样本量对茶树地方品种遗传多样性参数值估算的影响 |
| 4.3.2 SSR 引物的等位基因数差异对遗传多样性参数值估算的影响 |
| 4.3.3 遗传多样性参数和SSR 引物等位基因数对达到90%总体遗传多样性所需样本量的影响 |
| 第五章 基于 SSR 分子标记的龙井群体种遗传多样性及遗传分化研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 DNA 的提取 |
| 5.1.3 SSR 引物来源 |
| 5.1.4 PCR 扩增和产物检测 |
| 5.1.5 数据处理 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 遗传多样性分析 |
| 5.2.2 龙井群体种的哈迪-温伯格平衡检验 |
| 5.2.3 龙井群体种的遗传分化研究 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 茶树 EST-SNP 分布特征及标记开发 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 DNA 的提取 |
| 6.1.3 EST 序列来源及处理 |
| 6.1.4 EST-SNP 位点搜索 |
| 6.1.5 PCR 扩增及检测 |
| 6.1.6 PCR 产物的切胶纯化 |
| 6.1.7 EST-SNP 位点的分型检测 |
| 6.1.8 DNA 测序结果分析 |
| 6.2 结果和分析 |
| 6.2.1 茶树 EST-SNP 分布特征 |
| 6.2.2 EST-SNP 位点的PCR 引物设计 |
| 6.2.3 EST-SNP 引物的筛选 |
| 6.2.4 EST-SNP 位点的验证 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 茶树 EST-SNP 出现的频率及突变类型 |
| 6.3.2 茶树基因组DNA 的杂合率的推算 |
| 6.3.3 茶树EST-SNP 的分型 |
| 第七章 茶树花的转录组测序及基于 Perl 语言的 SSR 引物开发 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 材料及处理 |
| 7.1.2 总RNA 提取及检测 |
| 7.1.3 mRNA 的分离 |
| 7.1.4 转录组测序 |
| 7.1.5 序列拼接 |
| 7.1.6 基因表达量计算方法 |
| 7.1.7 功能注释、分类和代谢途径分析 |
| 7.1.8 预测编码蛋白框 |
| 7.1.9 基于perl 语言的简单重复序列分析(SSR) 搜索 |
| 7.1.10 基于perl 的SSR 引物设计 |
| 7.2 结果和分析 |
| 7.2.1 RNA 提取及检测 |
| 7.2.2 转录组测序产量及组装 |
| 7.2.3 茶树花转录组的基因表达量分布 |
| 7.2.4 茶树花转录组的功能注释 |
| 7.2.5 茶树花转录组的 GO 分类 |
| 7.2.6 茶树花转录组的 COG 分类 |
| 7.2.7 茶树花转录组的代谢通路分析 |
| 7.2.8 预测编码蛋白框（Coding sequence, CDS） |
| 7.2.9 茶树花转录组序列中SSR 分布特征 |
| 7.2.10 SSR 引物批量设计 |
| 7.3 讨论 |
| 7.3.1 茶树花转录组测序及功能注释 |
| 7.3.2 茶树花转录组中 SSR 位点的分布特征 |
| 7.3.3 基于 Perl 语言的 SSR 位点批量挖掘 |
| 第八章 全文结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
| 在读期间发表的主要学术论文 |
（9）半滑舌鳎等九种海水鱼微卫星分子标记的开发和应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 常用DNA分子标记概述 |
| 1.1 限制性内切酶片段长度多态性标记 |
| 1.2 随机扩增多态DNA |
| 1.3 扩增片段长度多态性 |
| 1.4 简单序列重复 |
| 1.5 线粒体DNA标记 |
| 1.6 单链构像多态性 |
| 1.7 单核苷酸多态 |
| 2 微卫星分子标记及其在鱼类遗传学中的应用 |
| 2.1 微卫星分子标记的起源、分类及结构特点 |
| 2.2 微卫星的多态性及其产生机制 |
| 2.3 微卫星标记的优缺点 |
| 2.3.1 微卫星标记的优点 |
| 2.3.2 微卫星标记存在的问题 |
| 2.4 微卫星标记的获得方法 |
| 2.4.1 构建小插入片段基因组文库筛选微卫星DNA |
| 2.4.2 通过含有重复序列的AFLP的快速分离法 |
| 2.4.3 公共核酸序列数据库检索 |
| 2.4.4 同源转移法 |
| 2.5 微卫星分子标记在鱼类遗传学中的应用 |
| 2.5.1 进行种群遗传多样性分析 |
| 2.5.2 分析群体遗传结构 |
| 2.5.3 个体识别和亲自鉴定 |
| 2.5.4 遗传连锁图谱的构建和标记辅助育种 |
| 第二章 七种海水鱼部分基因组DNA微卫星富集文库的构建 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料 |
| 2.1 实验鱼 |
| 2.2 实验仪器设备 |
| 2.3 实验试剂 |
| 3 实验方法 |
| 3.1 基因组DNA提取 |
| 3.2 限制性内切酶酶切 |
| 3.3 双链接头的制备 |
| 3.4 双链接头与DNA酶切片段连接及检测 |
| 3.5 含有微卫星DNA片段的富集 |
| 3.6 目的片段的扩增和TA克隆 |
| 3.7 微卫星DNA序列筛查 |
| 4 实验结果 |
| 4.1 基因组DNA提取结果 |
| 4.2 基因组DNA酶切结果 |
| 4.3 双链接头连接后的PCR扩增结果 |
| 4.4 磁珠杂交后目的洗脱片段的扩增结果 |
| 4.5 微卫星阳性克隆的筛选结果 |
| 4.6 测序结果与序列分析 |
| 5 讨论 |
| 5.1 构建文库基因组DNA的质量 |
| 5.2 限制性内切酶的选择 |
| 5.3 生物素微卫星探针的选择 |
| 5.4 TA克隆前PCR反应条件的优化 |
| 5.5 小结 |
| 第三章 绿鳍马面触、皮氏叫姑鱼和梭鱼微卫星多态性检测 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料 |
| 2.1 实验鱼 |
| 2.2 实验仪器及试剂 |
| 3 实验方法 |
| 3.1 基因组DNA提取 |
| 3.2 微卫星PCR引物获得 |
| 3.3 多态微卫星引物的初筛 |
| 3.4 PCR产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.4.1 变性聚丙烯酰胺凝胶的制备方法 |
| 3.4.2 电泳 |
| 3.4.3 硝酸银染色 |
| 3.5 三个群体的PCR扩增与多态位点确定 |
| 3.6 统计与数据分析 #40· |
| 4 实验结果 |
| 4.1 引物初筛结果 |
| 4.2 三个群体的PCR扩增结果 |
| 4.3 三个群体的遗传多样性分析 |
| 4.3.1 绿鳍马面魨群体的遗传多样性分析结果 |
| 4.3.2 皮氏叫姑鱼群体的遗传多样性分析结果 |
| 4.3.3 梭鱼群体的遗传多样性分析结果 |
| 5 讨论 |
| 5.1 实验方法分析 |
| 5.2 种群遗传多样性分析 |
| 5.3 小结 |
| 第四章 半滑舌鳎连锁图谱微卫星分离标记的获得 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 作图策略 |
| 2.2 微卫星标记的来源 |
| 2.3 DNA提取、PCR反应和PAGE电泳检测 |
| 2.4 分离标记数据统计 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 第五章 半滑舌鳎人工诱导减数雌核发育后代的SSR分析 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2 PCR反应和PAGE电泳检测 |
| 2.3 统计分析方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 第六章 半滑舌鳎雌雄群体遗传差异分析的SSR初探 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 微卫星标记的来源 |
| 2.2 DNA提取、PCR反应和PAGE电泳检测 |
| 2.3 数据统计 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 雌雄群体遗传差异分析 |
| 3.2 性别特异微卫星标记筛选结果 |
| 4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 |
（10）微卫星位点获取方法的研究进展（论文提纲范文）
| 1 从数据库或有关文章中查询 |
| 2 从近缘物种中筛选微卫星位点 |
| 3 从基因组中筛选微卫星位点 |
| 3.1 传统分离策略 |
| 3.2 富集法分离策略 |
| 3.2.1 利用选择杂交进行微卫星位点的分离 |
| 1) 尼龙膜富集法。 |
| 2) 磁珠富集法。 |
| 3.2.2 基于RAPD的分离方法 |
| 3.2.3 引物延伸法分离SSR位点 |
| 3.2.4 ISSR-PCR法分离SSR位点 |
| 4 近年出现的新方法 |
| 4.1 TOMMI法 |
| 4.2 FIASCO法 |
| 5 小 结 |
四、花生微卫星分子标记研究策略（论文参考文献）
- [1]竹节参的遗传多样性研究[D]. 徐哲超. 陕西理工大学, 2020(12)
- [2]中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘、养殖性能和品质评价[D]. 王世会. 上海海洋大学, 2020(01)
- [3]烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图[D]. 赖瑞强. 广州大学, 2019(01)
- [4]斜纹夜蛾诱集种群动态及不同地理种群遗传结构分析的研究[D]. 武怀恒. 华中农业大学, 2018(01)
- [5]基于形态学特性和SSR分子标记的文冠果种质资源评价与选优研究[D]. 申展. 北京林业大学, 2017
- [6]亚麻分子标记的开发及产量相关性状的关联分析[D]. 邓欣. 中国农业科学院, 2013(03)
- [7]花生抗青枯病种质微卫星DNA的分离[J]. 于树涛,王传堂,禹山林,于洪波,张建成,唐月异,王秀贞,苏君伟. 核农学报, 2011(04)
- [8]基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究[D]. 王丽鸳. 中国农业科学院, 2011(10)
- [9]半滑舌鳎等九种海水鱼微卫星分子标记的开发和应用[D]. 徐亘博. 中国海洋大学, 2010(02)
- [10]微卫星位点获取方法的研究进展[J]. 孙波,鲍毅新,赵庆洋,张龙龙,胡知渊. 生态学杂志, 2009(10)